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- PDB-6bch: I-LtrI E29D bound to cognate substrate (nicked complex) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bch
タイトルI-LtrI E29D bound to cognate substrate (nicked complex)
要素
  • DNA (26-MER)
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')
  • Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
キーワードHYDROLASE/DNA / Nucleid Acid / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / ribosome / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptographium truncatum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Brown, C. / Zhang, K. / McMurrough, T.A. / Gloor, G.B. / Edgell, D.R. / Junop, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: I-LtrI E29D bound to cognate substrate (nicked complex)
著者: McMurrough, T.A. / Brown, C. / Zhang, K. / Junop, M. / Gloor, G.B. / Edgell, D.R.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
C: DNA (26-MER)
X: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')
D: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
F: DNA (26-MER)
G: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')
H: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
I: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
J: DNA (26-MER)
K: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')
L: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
N: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
O: DNA (26-MER)
P: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,93516
ポリマ－208,93516
非ポリマー00
水18010
1
A: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
C: DNA (26-MER)
X: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2344
ポリマ－52,2344
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
2
D: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
F: DNA (26-MER)
G: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2344
ポリマ－52,2344
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
3
H: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
I: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
J: DNA (26-MER)
K: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2344
ポリマ－52,2344
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
4
L: Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein
N: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
O: DNA (26-MER)
P: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2344
ポリマ－52,2344
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.760, 66.315, 169.924
Angle α, β, γ (deg.)90.03, 90.03, 90.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ribosomal protein 3/homing endonuclease-like fusion protein


分子量: 36001.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leptographium truncatum (菌類) / 遺伝子: HEG fusion, rps3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7SWF3
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 4913.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Leptographium truncatum (菌類)
#3: DNA鎖
DNA (26-MER)


分子量: 7931.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Leptographium truncatum (菌類)
#4: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3388.233 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Leptographium truncatum (菌類)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M TRIS pH 7.0 20% W/V PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→66.21 Å / Num. obs: 14038 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 3→3.0492 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3→38.913 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 38.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3065 1850 5 %
Rwork0.2543 --
obs0.257 14038 77.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.913 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8593 4252 0 10 12855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00519251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9545003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.04920.39651400.3632756X-RAY DIFFRACTION77
3.0492-3.10170.50631760.35652568X-RAY DIFFRACTION76
3.1017-3.15810.46841070.36872683X-RAY DIFFRACTION75
3.1581-3.21880.52531220.30382302X-RAY DIFFRACTION70
3.2188-3.28450.34661660.29742348X-RAY DIFFRACTION69
3.2845-3.35590.50521020.28592505X-RAY DIFFRACTION70
3.3559-3.43390.37171940.28752551X-RAY DIFFRACTION76
3.4339-3.51970.53041100.28622637X-RAY DIFFRACTION77
3.5197-3.61480.35481010.29062569X-RAY DIFFRACTION71
3.6148-3.72110.28541550.27272445X-RAY DIFFRACTION73
3.7211-3.84110.38371290.29542828X-RAY DIFFRACTION81
3.8411-3.97830.38761650.29853029X-RAY DIFFRACTION85
3.9783-4.13740.36221420.2782855X-RAY DIFFRACTION84
4.1374-4.32540.27841250.24732951X-RAY DIFFRACTION85
4.3254-4.55320.27341420.24522877X-RAY DIFFRACTION84
4.5532-4.83790.3152120.23412840X-RAY DIFFRACTION82
4.8379-5.21070.27741590.2282769X-RAY DIFFRACTION80
5.2107-5.73360.29761340.2382617X-RAY DIFFRACTION77
5.7336-6.55980.26291010.25022551X-RAY DIFFRACTION72
6.5598-8.25170.21471170.22422776X-RAY DIFFRACTION80
8.2517-38.91580.16761850.18383219X-RAY DIFFRACTION93

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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