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- PDB-6bbo: Crystal structure of human APOBEC3H/RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbo
タイトルCrystal structure of human APOBEC3H/RNA complex
要素
  • APOBEC3H
  • MCherry fluorescent protein
  • RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / APOBEC / deaminase. / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macromolecule biosynthetic process / mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / host-mediated suppression of viral genome replication / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity ...regulation of macromolecule biosynthetic process / mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / host-mediated suppression of viral genome replication / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / P-body / defense response to virus / hydrolase activity / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC3H / APOBEC3 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related ...APOBEC3H / APOBEC3 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / single-stranded DNA cytosine deaminase / PAmCherry1 protein / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H / MCherry fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Discosoma sp. (イソギンチャク)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.428 Å
データ登録者Shaban, N.M. / Shi, K. / Banerjee, S. / Harris, R.S. / Aihara, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118000 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206309 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: The Antiviral and Cancer Genomic DNA Deaminase APOBEC3H Is Regulated by an RNA-Mediated Dimerization Mechanism.
著者: Shaban, N.M. / Shi, K. / Lauer, K.V. / Carpenter, M.A. / Richards, C.M. / Salamango, D. / Wang, J. / Lopresti, M.W. / Banerjee, S. / Levin-Klein, R. / Brown, W.L. / Aihara, H. / Harris, R.S.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOBEC3H
B: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: MCherry fluorescent protein
E: APOBEC3H
F: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
G: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
H: MCherry fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,86112
ポリマ－102,5468
非ポリマー3154
水00
1
A: APOBEC3H
B: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: MCherry fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4306
ポリマ－51,2734
非ポリマー1582
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: APOBEC3H
F: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
G: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
H: MCherry fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4306
ポリマ－51,2734
非ポリマー1582
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.293, 101.293, 211.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: -y,-x,-z+2/3
#5: -x+y,y,-z+1/3
#6: x,x-y,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-4-

A

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AEDH

#1: タンパク質 APOBEC3H


分子量: 21415.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7TQM6, UniProt: Q6NTF7*PLUS
#4: タンパク質 MCherry fluorescent protein


分子量: 24887.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5DSL3, UniProt: D1MPT3*PLUS

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 BFCG

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2565.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2404.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaI, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42822287772→49.2504239036 Å / Num. obs: 16797 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 110.026451622 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rrim(I) all: 0.241 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.45→3.78 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3988 / CC1/2: 0.494 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2926精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6b0b

6b0b


解像度: 3.428→49.25 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3921 866 5.3 %
Rwork0.3637 --
obs0.3652 16346 96.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.428→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6264 656 14 0 6934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5659784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0764224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391050
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4282-3.64290.44721080.43422163X-RAY DIFFRACTION81
3.6429-3.92410.46451600.4052614X-RAY DIFFRACTION99
3.9241-4.31880.42891310.37972646X-RAY DIFFRACTION99
4.3188-4.94320.39531590.36332640X-RAY DIFFRACTION99
4.9432-6.2260.37751590.39612670X-RAY DIFFRACTION100
6.226-49.25550.35671490.32292747X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.8962 Å / Origin y: 20.6338 Å / Origin z: 17.5858 Å
111213212223313233
T0.0387 Å20.0978 Å2-0.2447 Å2--0.2701 Å20.2371 Å2---0.3469 Å2
L1.891 °20.2607 °2-0.4439 °2-1.8233 °20.275 °2--2.0731 °2
S0.2536 Å °-0.1781 Å °0.3506 Å °-0.0431 Å °0.3727 Å °-0.3572 Å °-0.2073 Å °0.4559 Å °0.64 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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