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- PDB-6baq: Mus musculus BPIFA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6baq
タイトルMus musculus BPIFA1
要素BPI fold-containing family A member 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / lung defense protein / surfactant protein / lipid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Antimicrobial peptides / immune response in nasopharyngeal-associated lymphoid tissue / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / regulation of sodium ion transmembrane transport / multicellular organismal-level water homeostasis / surfactant homeostasis / microvillus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / innate immune response ...Antimicrobial peptides / immune response in nasopharyngeal-associated lymphoid tissue / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / regulation of sodium ion transmembrane transport / multicellular organismal-level water homeostasis / surfactant homeostasis / microvillus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / innate immune response / lipid binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Lipid-binding serum glycoprotein, N-terminal / Bactericidal permeability-increasing protein, alpha/beta domain superfamily / LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BPI fold-containing family A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.50260996677 Å
データ登録者Little, M.S. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the mouse innate immunity factor bacterial permeability-increasing family member A1.
著者: Little, M.S. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2017年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BPI fold-containing family A member 1
B: BPI fold-containing family A member 1
C: BPI fold-containing family A member 1
D: BPI fold-containing family A member 1
E: BPI fold-containing family A member 1
F: BPI fold-containing family A member 1
G: BPI fold-containing family A member 1
H: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,64176
ポリマ－201,7898
非ポリマー1,85268
水5,855325
1
A: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,47612
ポリマ－25,2241
非ポリマー25311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3978
ポリマ－25,2241
非ポリマー1737
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,50010
ポリマ－25,2241
非ポリマー2769
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3165
ポリマ－25,2241
非ポリマー924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,43010
ポリマ－25,2241
非ポリマー2079
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3396
ポリマ－25,2241
非ポリマー1155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,61515
ポリマ－25,2241
非ポリマー39114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: BPI fold-containing family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,56910
ポリマ－25,2241
非ポリマー3459
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.200, 200.582, 89.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUILEILE(chain 'A' and ((resid 70 and (name N or name...AA72 - 10238 - 68
12LEULEUPROPRO(chain 'A' and ((resid 70 and (name N or name...AA126 - 16992 - 135
13GLYGLYASNASN(chain 'A' and ((resid 70 and (name N or name...AA172 - 217138 - 183
14THRTHRILEILE(chain 'A' and ((resid 70 and (name N or name...AA220 - 276186 - 242
21LEULEUILEILE(chain 'B' and ((resid 70 and (name N or name...BB72 - 10238 - 68
22LEULEUPROPRO(chain 'B' and ((resid 70 and (name N or name...BB126 - 16992 - 135
23GLYGLYASNASN(chain 'B' and ((resid 70 and (name N or name...BB172 - 217138 - 183
24THRTHRILEILE(chain 'B' and ((resid 70 and (name N or name...BB220 - 276186 - 242
31LEULEUILEILE(chain 'C' and ((resid 70 and (name N or name...CC72 - 10238 - 68
32LEULEUPROPRO(chain 'C' and ((resid 70 and (name N or name...CC126 - 16992 - 135
33GLYGLYASNASN(chain 'C' and ((resid 70 and (name N or name...CC172 - 217138 - 183
34THRTHRILEILE(chain 'C' and ((resid 70 and (name N or name...CC220 - 276186 - 242
41LEULEUILEILE(chain 'D' and ((resid 70 and (name N or name...DD72 - 10238 - 68
42LEULEUPROPRO(chain 'D' and ((resid 70 and (name N or name...DD126 - 16992 - 135
43GLYGLYASNASN(chain 'D' and ((resid 70 and (name N or name...DD172 - 217138 - 183
44THRTHRILEILE(chain 'D' and ((resid 70 and (name N or name...DD220 - 276186 - 242
51LEULEUILEILE(chain 'E' and ((resid 70 and (name N or name...EE72 - 10238 - 68
52LEULEUPROPRO(chain 'E' and ((resid 70 and (name N or name...EE126 - 16992 - 135
53GLYGLYASNASN(chain 'E' and ((resid 70 and (name N or name...EE172 - 217138 - 183
54THRTHRILEILE(chain 'E' and ((resid 70 and (name N or name...EE220 - 276186 - 242
61LEULEUILEILE(chain 'F' and ((resid 70 and (name N or name...FF72 - 10238 - 68
62LEULEUPROPRO(chain 'F' and ((resid 70 and (name N or name...FF126 - 16992 - 135
63GLYGLYASNASN(chain 'F' and ((resid 70 and (name N or name...FF172 - 217138 - 183
64THRTHRILEILE(chain 'F' and ((resid 70 and (name N or name...FF220 - 276186 - 242
71LEULEUILEILE(chain 'G' and ((resid 70 and (name N or name...GG72 - 10238 - 68
72LEULEUPROPRO(chain 'G' and ((resid 70 and (name N or name...GG126 - 16992 - 135
73GLYGLYASNASN(chain 'G' and ((resid 70 and (name N or name...GG172 - 217138 - 183
74THRTHRILEILE(chain 'G' and ((resid 70 and (name N or name...GG220 - 276186 - 242
81LEULEUILEILE(chain 'H' and (resid 70 or resid 72 through 94...HH72 - 10238 - 68
82LEULEUPROPRO(chain 'H' and (resid 70 or resid 72 through 94...HH126 - 16992 - 135
83GLYGLYASNASN(chain 'H' and (resid 70 or resid 72 through 94...HH172 - 217138 - 183
84THRTHRILEILE(chain 'H' and (resid 70 or resid 72 through 94...HH220 - 276186 - 242

-
要素

#1: タンパク質
BPI fold-containing family A member 1 / Palate lung and nasal epithelium clone protein


分子量: 25223.580 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bpifa1, Plunc, Splunc1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P97361
#2: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 310.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG 1000, 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.8 Å / Num. obs: 64175 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 32.4327951628 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 24.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.12_2829精密化
PHENIX1.12_2829精密化
PHENIXモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KGH

4kgh


解像度: 2.50260996677→41.7889790055 Å / SU ML: 0.352170988553 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35927248893 / 位相誤差: 34.392262867
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27823603791 1992 3.11927467468 %
Rwork0.221085685215 --
obs0.222884893344 63861 98.8361475245 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.4376978181 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.50260996677→41.7889790055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11049 0 88 325 11462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0080723298231111229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1457828333315372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06527316605582051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008885357942781932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.543466392926994
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5026-2.56520.3416761859571330.2783505255324112X-RAY DIFFRACTION92.5239755885
2.5652-2.63450.3419609733521430.2550430978234437X-RAY DIFFRACTION99.1986138185
2.6345-2.7120.2891608505511420.2461489691054429X-RAY DIFFRACTION99.5643650621
2.712-2.79960.3348581771091430.2402927523874464X-RAY DIFFRACTION99.7402035073
2.7996-2.89960.319994876541430.2474657325364420X-RAY DIFFRACTION99.8249835922
2.8996-3.01570.2830076298981430.2431804575114472X-RAY DIFFRACTION99.8269521955
3.0157-3.15290.3174806876681430.2379389887694454X-RAY DIFFRACTION99.7612847222
3.1529-3.3190.2867884970651440.225467676284470X-RAY DIFFRACTION99.8485176369
3.319-3.52690.2828199666921420.2252509124174465X-RAY DIFFRACTION99.9132509217
3.5269-3.7990.274578709891440.2200755289244444X-RAY DIFFRACTION99.9128919861
3.799-4.1810.2676064614731440.1994417170764479X-RAY DIFFRACTION99.9783737024
4.181-4.78530.2221118226831440.1756804694654481X-RAY DIFFRACTION99.8704383502
4.7853-6.0260.2465665047471440.2123232737244490X-RAY DIFFRACTION99.6987951807
6.026-41.79480.2673971194591400.2171657003414252X-RAY DIFFRACTION94.087403599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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