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万見
- PDB-6ba6: Solution structure of Rap1b/talin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ba6
タイトルSolution structure of Rap1b/talin complex
要素
  • Ras-related protein Rap-1b
  • Talin-1
キーワードCELL ADHESION / Complex / Small GTPase / ubiquitin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Rap protein signal transduction / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / regulation of cell junction assembly / LIM domain binding / modification of postsynaptic structure / Smooth Muscle Contraction ...Rap protein signal transduction / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / regulation of cell junction assembly / LIM domain binding / modification of postsynaptic structure / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / calcium-ion regulated exocytosis / cortical microtubule organization / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / vinculin binding / integrin activation / Rap1 signalling / cell-substrate junction assembly / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of establishment of cell polarity / azurophil granule membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / phosphatidylserine binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / ruffle / cellular response to cAMP / lipid droplet / Integrin signaling / phosphatidylinositol binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / small monomeric GTPase / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / structural constituent of cytoskeleton / ruffle membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / actin filament binding / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / cell-cell junction / G protein activity / cytoskeleton / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / focal adhesion / GTPase activity / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / glutamatergic synapse / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rap1 / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain ...Ras-related protein Rap1 / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Talin-1 / Ras-related protein Rap-1b
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zhu, L. / Yang, J. / Qin, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL073311 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of Rap1b bound to talin reveals a pathway for triggering integrin activation.
著者: Zhu, L. / Yang, J. / Bromberger, T. / Holly, A. / Lu, F. / Liu, H. / Sun, K. / Klapproth, S. / Hirbawi, J. / Byzova, T.V. / Plow, E.F. / Moser, M. / Qin, J.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Talin-1
B: Ras-related protein Rap-1b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8082
ポリマ－29,8082
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1680 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12500 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 5020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Talin-1


分子量: 10607.293 Da / 分子数: 1 / 断片: F0 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26039
#2: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19200.734 Da / 分子数: 1 / Mutation: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61224

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 15N/13C-edited NOESY
132isotropic13D 15N/13C-edited NOESY
143isotropic13D 15N-edited NOESY
254isotropic13D 15N/13C-filtered NOESY
165isotropic3Standard triple-resonance experiments

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 0.9 mM talin-F0, 95% H2O/5% D2O15N/13C-labeled Rap1b in the presence of unlabeled talin-F015N 13C95% H2O/5% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O15N/13C- labeled talin-F0 in the presence of unlabeled Rap1b15N 13C95% H20, 5% D2O
solution30.5 mM [U-15N; U-2H] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O15N/100% 2H-labeled talin-F0 in the presence of unlabeled Rap1b15N 2H95% H20, 5% D2O
solution40.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 0.2% H20, 99.8% D2015N/13C-labeled talin-F0 in the presence of unlabeled Rap1b prepared in 99.8% D2O15N 13C0.2% H20, 99.8% D20
solution50.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 95% H2O/5% D2O15N/13C-labeled Rap1b15N 13C95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMRap1b[U-13C; U-15N]1
0.9 mMtalin-F0natural abundance1
0.5 mMtalin-F0[U-13C; U-15N]2
0.7 mMRap1bnatural abundance2
0.5 mMtalin-F0[U-15N; U-2H]3
0.7 mMRap1bnatural abundance3
0.5 mMtalin-F0[U-13C; U-15N]4
0.7 mMRap1bnatural abundance4
0.6 mMRap1b[U-13C; U-15N]5
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM NaH2PO4/Na2HPO4 (pH 6.6), 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 2 mM d-DTT, and 5% D2O50mM NaCl, 5mM MgCl2 mMconditions_16.6101325 Pa301 K
220 mM NaH2PO4/Na2HPO4 (pH 6.6), 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 2 mM d-DTT, and 99.8% D2O50mM NaCl, 5mM MgCl2 mMconditions_26.6101325 Pa301 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PASAXu, Wang, Yang, Vaynberg, Qinchemical shift assignment
PIPPGarrettpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: X-PLOR
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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