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万見
- PDB-6ba3: NMR structure of U21-hexatoxin-Hi1a toxin from Australian Funnel-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ba3
タイトルNMR structure of U21-hexatoxin-Hi1a toxin from Australian Funnel-web spider Hadronyche infensa
要素U21-hexatoxin-Hi1a
キーワードTOXIN / Spider toxin Inhibitor cystine knot
機能・相同性Cystine knot toxin / Cystine knot toxins / toxin activity / extracellular region / U21-hexatoxin-Hi1a
機能・相同性情報
生物種Hadronyche infensa (クモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chin, Y.K.-Y. / Pineda, S.S. / King, G.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural venomics reveals evolution of a complex venom by duplication and diversification of an ancient peptide-encoding gene.
著者: Pineda, S.S. / Chin, Y.K. / Undheim, E.A.B. / Senff, S. / Mobli, M. / Dauly, C. / Escoubas, P. / Nicholson, G.M. / Kaas, Q. / Guo, S. / Herzig, V. / Mattick, J.S. / King, G.F.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U21-hexatoxin-Hi1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1971
ポリマ－8,1971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5850 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30Cyana target function and stereochemical properties by Molprobity
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 U21-hexatoxin-Hi1a


分子量: 8197.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hadronyche infensa (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A452CSQ9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HBHA(CO)NH
181isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
161isotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM Sodium citrate, 5 % D2O, 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] sf26, 95% H2O/5% D2O
Label: sf26 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMSodium citratenatural abundance1
5 %D2Onatural abundance1
300 uMsf26[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: 1 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
AnalysisCCPNpeak picking
TopSpinBruker Biospin解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
Rowland_NMR_ToolkitFor processing NUS data解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Cyana target function and stereochemical properties by Molprobity
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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