PDB-2n6r: NMR structure of spider toxin U4-hexatoxin-Hi1a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n6r

タイトル

NMR structure of spider toxin U4-hexatoxin-Hi1a

要素

U4-hexatoxin-Hi1a

キーワード

TOXIN (毒素) /

Spider toxin /

Inhibitor cystine knot

機能・相同性

Cystine knot toxin / Cystine knot toxins /

toxin activity / extracellular region / U4-hexatoxin-Hi1a

機能・相同性情報

生物種

Hadronyche infensa (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Pineda, S.S. / Chin, Y.K.-Y. / King, G.F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural venomics reveals evolution of a complex venom by duplication and diversification of an ancient peptide-encoding gene.
著者: Pineda, S.S. / Chin, Y.K. / Undheim, E.A.B. / Senff, S. / Mobli, M. / Dauly, C. / Escoubas, P. / Nicholson, G.M. / Kaas, Q. / Guo, S. / Herzig, V. / Mattick, J.S. / King, G.F.

履歴

登録	2015年8月28日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n6r.cif.gz	531.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n6r.ent.gz	458.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n6r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/2n6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/2n6r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n6nC 2n8kC 6ba3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1txb-d 2yal-d 5m4w-d 1z0m-2 1z0n-2 1rfh-d 1h0j-2 3mi7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25778

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: U4-hexatoxin-Hi1a

8.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	Lowest energy and best stereochemical properties
代表モデル	モデル #1	l

#1: タンパク質	U4-hexatoxin-Hi1a 分子量: 8821.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hadronyche infensa (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D0C027*PLUS

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D 1H-15N NOESY
1	7	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	9	1	4D HCC(CO)NH-TOCSY

-
試料調製

詳細

内容: 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] U4-hexatoxin-Hi1a, 10 uM DSS, 20 mM MES, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
300 uM	U4-hexatoxin-Hi1a-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
10 uM	DSS-2		1
20 mM	MES-3		1
0.02 %	sodium azide-4		1

試料状態

pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance II+ / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin		Bruker Biospin	collection
TopSpin		Bruker Biospin	解析
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
Rowland_NMR_Toolkit		Hoch JC	processing nus data
TALOS	talos+	Cornilescu, Delaglio and Bax	dihedral angle prediction
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: l

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: Lowest energy and best stereochemical properties
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)