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- PDB-6b9j: Structure of vaccinia virus D8 protein bound to human Fab vv138 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b9j
タイトルStructure of vaccinia virus D8 protein bound to human Fab vv138
要素
  • Fab vv138 Heavy chain
  • Fab vv138 Light chain
  • IMV membrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN/immune system / viral protein / antibody / Fab / Immune response / Ig fold / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonate dehydratase activity / virion membrane / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Immunoglobulins ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell surface-binding protein OPG105
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zajonc, D.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HHSN272200900048C 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function characterization of three human antibodies targeting the vaccinia virus adhesion molecule D8.
著者: Matho, M.H. / Schlossman, A. / Gilchuk, I.M. / Miller, G. / Mikulski, Z. / Hupfer, M. / Wang, J. / Bitra, A. / Meng, X. / Xiang, Y. / Kaever, T. / Doukov, T. / Ley, K. / Crotty, S. / Peters, ...著者: Matho, M.H. / Schlossman, A. / Gilchuk, I.M. / Miller, G. / Mikulski, Z. / Hupfer, M. / Wang, J. / Bitra, A. / Meng, X. / Xiang, Y. / Kaever, T. / Doukov, T. / Ley, K. / Crotty, S. / Peters, B. / Hsieh-Wilson, L.C. / Crowe, J.E. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2017年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年11月22日ID: 5USI
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: IMV membrane protein
H: Fab vv138 Heavy chain
L: Fab vv138 Light chain
Y: IMV membrane protein
A: Fab vv138 Heavy chain
B: Fab vv138 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,57015
ポリマ－149,2256
非ポリマー3459
水86548
1
X: IMV membrane protein
H: Fab vv138 Heavy chain
L: Fab vv138 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8199
ポリマ－74,6123
非ポリマー2076
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Y: IMV membrane protein
A: Fab vv138 Heavy chain
B: Fab vv138 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7506
ポリマ－74,6123
非ポリマー1383
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)234.282, 253.842, 73.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11X
21Y
12H
22A
13H
23A
14L
24B
15L
25B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111X2 - 236
2111Y2 - 236
1121H1 - 116
2121A1 - 116
1131H117 - 217
2131A117 - 217
1141L1 - 91
2141B1 - 91
1241L97 - 105
2241B97 - 105
1151L110 - 215
2151B110 - 215

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.005768, 0.999939, -0.009427), (0.999969, 0.005817, 0.005269), (0.005324, -0.009396, -0.999942)-0.16465, 0.06071, -18.57748

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 XY

#1: タンパク質 IMV membrane protein


分子量: 27965.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 遺伝子: VAC_DPP17_124, VACAC2_124, VACCL3_124 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1M1K6

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#2: 抗体 Fab vv138 Heavy chain


分子量: 23209.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab vv138 Light chain


分子量: 23436.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 57分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 3350, 200mM sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月19日
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.905→172.163 Å / Num. all: 48731 / Num. obs: 48731 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.179 / Rsym value: 0.163 / Net I/av σ(I): 4.3 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 301272
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.066.41.4330.54545470890.6071.5591.4331.499.8
3.06-3.256.20.8360.94144766480.3610.9120.8362.399.7
3.25-3.4760.4591.73716262370.2030.5030.4593.899
3.47-3.756.40.2982.53783458780.1260.3240.298699.9
3.75-4.115.90.193.93160753630.0850.2090.198.398.7
4.11-4.596.30.1196.13094149040.0510.130.11912.899.6
4.59-5.36.20.097.72679443380.0390.0980.0915.499.6
5.3-6.56.20.0877.92283836960.0380.0950.08715.299.2
6.5-9.1960.0758.41724128960.0330.0820.07517.599.2
9.19-117.1415.90.04812.1995416820.0210.0530.04824.399

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E9O, 1RZ7

4e9o

1rz7


解像度: 2.9→117.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 20.14 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.901 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2689 2466 5.1 %RANDOM
Rwork0.2412 ---
obs0.2426 46251 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 185.8 Å2 / Biso mean: 87.27 Å2 / Biso min: 13.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→117.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9917 0 19 48 9984
Biso mean--68.97 61.53 -
残基数----1302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01910186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.94513888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.924321184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23751293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81624.82417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.876151539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2711523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022291
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1X35642.67
2H16554.19
3H13028.64
4L13806.82
5L123614.25
LS精密化 シェル解像度: 2.905→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 192 -
Rwork0.383 3401 -
all-3593 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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