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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b8w | ||||||
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タイトル | 1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of Cupin_2 Domain (pfam 07883) of XRE Family Transcriptional Regulator from Enterobacter cloacae. | ||||||
要素 | XRE family transcriptional regulator | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / XRE Family Transcriptional Regulator. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae subsp. cloacae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / McChesney, C. / Grimshaw, S. / Sandoval, J. / Satchell, K.J.F. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of Cupin_2 Domain (pfam 07883) of XRE Family Transcriptional Regulator from Enterobacter cloacae. 著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / McChesney, C. / Grimshaw, S. / Sandoval, J. / Satchell, K.J.F. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b8w.cif.gz | 100.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b8w.ent.gz | 76.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b8w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b8w_validation.pdf.gz | 428.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b8w_full_validation.pdf.gz | 428.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6b8w_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b8w_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1y9qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10807.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56) (バクテリア) 株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_02024 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: A0A0H3CJW2 #2: 化合物 | ChemComp-SCN / | #3: 化合物 | ChemComp-MN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Authors state that the full length protein used in study was hydrolyzed during crystallization ...Authors state that the full length protein used in study was hydrolyzed during crystallization experiments, the model starts at 81th residue GLN of UniProt reference, but it is not known exactly where the protein was hydrolyzed. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 12.0 mg/ml, 0.3M Sodium chloride, 0.01M HEPES pH 7.5; Screen: 0.2M Sodium thiocyan, 20% (w/v) PEG 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月12日 / 詳細: C(111) |
放射 | モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 21115 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1019 / CC1/2: 0.678 / Rpim(I) all: 0.381 / Rrim(I) all: 0.87 / Rsym value: 0.779 / Χ2: 1.029 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Y9Q 解像度: 1.9→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.538 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.6 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.197 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.87 Å
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拘束条件 |
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