PDB-6b8v: Crystal structure of adenylyl-sulfate kinase from Cryptococcus ne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b8v

タイトル

Crystal structure of adenylyl-sulfate kinase from Cryptococcus neoformans

要素

Adenylylsulfate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Adenylyl-sulfate kinase / hydrogen sulfide biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of adenylyl-sulfate kinase from Cryptococcus neoformans
著者: Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b8v.cif.gz	207.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b8v.ent.gz	165.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b8v_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b8v_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	6b8v_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	6b8v_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2peyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tng-d 6tk4-d 6rvm-1 6rvm-4 3ot3-d 6rfc-d 6nsi-d 3ori-1 3vo9-3 1toa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Adenylylsulfate kinase

B: Adenylylsulfate kinase

C: Adenylylsulfate kinase

ヘテロ分子

70.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylylsulfate kinase

B: Adenylylsulfate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Adenylylsulfate kinase

ヘテロ分子

C: Adenylylsulfate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.680, 87.680, 173.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-404- HOH

#1: タンパク質	Adenylylsulfate kinase 分子量: 23297.422 Da / 分子数: 3 / 断片: CrneC.00830.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 遺伝子: C362_03154 / Variant: grubii serotype A / プラスミド: CrneC.00830.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A212GZX6, UniProt: J9VMZ3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.38 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 18.6 mg/mL PS38292 against Morpheus A11: 10% w/v PEG4000, 20% v/v glycerol, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5, cryoprotection: direct, CrneC. ...詳細: 18.6 mg/mL PS38292 against Morpheus A11: 10% w/v PEG4000, 20% v/v glycerol, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5, cryoprotection: direct, CrneC.00830.a.B1, tray 293001, puck ltv3-1

結晶

マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.38 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18.6 mg/mL PS38292 against Morpheus A11: 10% w/v PEG4000, 20% v/v glycerol, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5, cryoprotection: direct, CrneC. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月4日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→43.84 Å / Num. obs: 25257 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.79 % / B_iso Wilson estimate: 41.28 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 14.76 / Num. measured all: 222005 / Scaling rejects: 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.62	8.844	0.56	3.94	1862	0.968	0.595	100
2.62-2.69	8.902	0.461	4.59	1797	0.975	0.489	99.9
2.69-2.77	8.853	0.385	5.35	1767	0.983	0.409	99.8
2.77-2.85	8.923	0.307	6.61	1694	0.987	0.325	99.9
2.85-2.94	8.815	0.282	6.91	1658	0.988	0.299	99.9
2.94-3.05	8.896	0.208	8.75	1613	0.994	0.22	100
3.05-3.16	8.859	0.169	10.42	1545	0.996	0.179	100
3.16-3.29	8.854	0.149	11.75	1496	0.996	0.158	100
3.29-3.44	8.827	0.116	14.46	1415	0.997	0.123	99.9
3.44-3.61	8.802	0.097	16.83	1372	0.998	0.103	99.9
3.61-3.8	8.861	0.075	21.07	1319	0.998	0.079	99.8
3.8-4.03	8.732	0.068	22.36	1222	0.999	0.072	99.8
4.03-4.31	8.829	0.061	25.02	1158	0.999	0.065	99.7
4.31-4.66	8.757	0.055	26.59	1087	0.999	0.058	99.7
4.66-5.1	8.722	0.053	27.3	1001	0.999	0.056	99.7
5.1-5.7	8.737	0.055	26.29	899	0.999	0.058	99.6
5.7-6.58	8.667	0.055	26.2	819	0.999	0.059	99.5
6.58-8.06	8.534	0.047	27.68	684	0.999	0.05	99.3
8.06-11.4	8.191	0.038	34.97	539	0.999	0.041	98.9
11.4-43.84	7.348	0.041	33.75	310	0.999	0.044	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2499: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MoRDa		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2PEY

2pey

解像度: 2.55→43.84 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	1849	7.36 %
R_work	0.1841	-	-
obs	0.1881	25133	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→43.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3771	0	12	139	3922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	5234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.77	2311
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	618
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	674

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5502-2.6191	0.3512	121	0.244	1807	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6191-2.6962	0.3603	153	0.249	1763	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6962-2.7832	0.3048	142	0.2286	1764	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7832-2.8827	0.3016	131	0.2158	1780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8827-2.9981	0.3069	131	0.2319	1797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9981-3.1345	0.284	154	0.2181	1781	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1345-3.2997	0.2806	137	0.2424	1774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2997-3.5063	0.2694	151	0.2134	1780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5063-3.7769	0.2528	167	0.1821	1751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7769-4.1567	0.2128	115	0.1641	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1567-4.7576	0.1897	165	0.1349	1780	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7576-5.9916	0.1933	143	0.1482	1807	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9916-43.8465	0.177	139	0.1589	1869	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.7226 Å / Origin y: 18.8312 Å / Origin z: -25.3298 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3595 Å²	-0.0507 Å²	-0.0003 Å²	-	0.2499 Å²	-0.0379 Å²	-	-	0.4424 Å²
L	1.5869 °²	-0.0328 °²	-0.1427 °²	-	0.189 °²	-0.0738 °²	-	-	0.4925 °²
S	0.0359 Å °	-0.1162 Å °	0.1048 Å °	0.039 Å °	0.0152 Å °	-0.0377 Å °	-0.1362 Å °	0.0608 Å °	-0.0599 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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