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- PDB-6b8a: Crystal structure of MvfR ligand binding domain in complex with M64 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b8a
タイトルCrystal structure of MvfR ligand binding domain in complex with M64
要素DNA-binding transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / MVFR TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PQSR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transmembrane transport / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZG / COBALT HEXAMMINE(III) / DNA-binding transcriptional regulator / Multiple virulence factor regulator MvfR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kitao, T. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Blaesse, M. / Rahme, L.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI105902 and AI063433 米国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: Molecular Insights into Function and Competitive Inhibition ofPseudomonas aeruginosaMultiple Virulence Factor Regulator.
著者: Kitao, T. / Lepine, F. / Babloudi, S. / Walte, F. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Blaesse, M. / Negri, M. / Pucci, M. / Zahler, B. / Felici, A. / Rahme, L.G.
履歴
登録2017年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding transcriptional regulator
B: DNA-binding transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7136
ポリマ－45,5502
非ポリマー1,1634
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.556, 121.524, 112.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional regulator / Transcriptional regulator MvfR


分子量: 22774.854 Da / 分子数: 2 / 断片: COINDUCER BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: mvfR, AO964_20870, AOY09_01875, B0B20_09895, PAERUG_E15_London_28_01_14_10887, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_05492, PAMH19_4335
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZLE6, UniProt: Q9I4X0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CZG / 2-[(5-nitro-1H-benzimidazol-2-yl)sulfanyl]-N-(4-phenoxyphenyl)acetamide


分子量: 420.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16N4O4S
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.35 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 31% MPD, 90 mM imidazole pH 8.0, 180mM MgCl2, 10mM Co(NH3)6Cl3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→81.78 Å / Num. obs: 21542 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.46
反射 シェル解像度: 2.65→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 4980 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
REFMAC5.2.0005位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JVD

4jvd


解像度: 2.65→81.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 21.897 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.273 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25113 863 4 %RANDOM
Rwork0.21637 ---
obs0.2178 20678 96.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 85.283 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.34 Å20 Å20 Å2
2--2.16 Å20 Å2
3----6.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→81.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3195 0 74 17 3286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223333
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.9954540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9437030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5635403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33123.506154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22415551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6451528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02703
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.170.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1360.22904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.22001
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1710.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.89622602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3082816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.40933271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.45241522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.98261263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.653→2.722 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.531 57 -
Rwork0.447 1477 -
obs--94.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.67071.3211-0.33165.39810.73985.4644-0.0112-0.108-0.13550.3145-0.1206-0.76150.11420.76010.1317-0.17850.0664-0.0149-0.00170.09950.049534.719-10.1977.643
25.43921.3181-0.40685.05890.8776.3321-0.37750.3667-0.3162-0.66670.1595-0.09670.4973-0.15680.2180.04670.0760.1019-0.0212-0.01750.038219.606-25.88-4.806
35.98613.57540.81234.7535-1.78296.9220.03530.33290.02890.11050.03130.50230.3098-0.754-0.0665-0.00370.0740.07550.05870.01270.06597.39-31.11718.25
44.27020.46221.36286.8567-1.70915.55880.1472-0.3932-0.13890.8999-0.3415-0.2968-0.34310.46680.19440.06170.0292-0.0269-0.01840.08430.019927.638-22.67729.873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A93 - 166
2X-RAY DIFFRACTION1A265 - 295
3X-RAY DIFFRACTION2A167 - 264
4X-RAY DIFFRACTION3B94 - 166
5X-RAY DIFFRACTION3B265 - 295
6X-RAY DIFFRACTION4B167 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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