PDB-6b83: Crystal structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b83

タイトル

Crystal structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed to Caproic acid

要素

Basic phospholipase A2 homolog 2

キーワード

TOXIN (毒素) /

Myotoxin II /

Bothrops moojeni /

Phospholipase A2-like (ホスホリパーゼA2)

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / defense response to fungus / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation /

phospholipid binding /

toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops moojeni (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Salvador, G.H.M. / dos Santos, J.I. / Fontes, M.R.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2018
タイトル: Structural evidence for a fatty acid-independent myotoxic mechanism for a phospholipase A2-like toxin.
著者: Salvador, G.H.M. / Dos Santos, J.I. / Borges, R.J. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2017年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b83.cif.gz	120.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b83.ent.gz	93.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b83	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6b80C 6b81C 6b84C 4kf3S 4yv5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wtb-d 6b80-d 4yu7-d 3hzd-d 6d9f-1 4k09-d 6e2t-d 4u49-2 6wif-1 5ttg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

B: Basic phospholipase A2 homolog 2

A: Basic phospholipase A2 homolog 2

ヘテロ分子

28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.238, 62.991, 88.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 homolog 2 / svPLA2 homolog / M-VI / MjTX-II / Myotoxin II 分子量: 13836.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9I834
#2: 化合物	ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸 / カプロン酸分子量: 116.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 24% PEG4000, 0.1 M Tris HCl, 0.2 M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月25日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.425 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 31375 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 17.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.78	4.6	0.396	3872	0.912	0.201	0.446	0.845	98.2
1.78-1.87	4.6	0.237	3916	0.966	0.121	0.268	1.014	99
1.87-1.99	4.7	0.155	3919	0.981	0.078	0.174	1.063	98.8
1.99-2.14	4.7	0.1	3958	0.989	0.05	0.112	1.014	99.4
2.14-2.36	4.8	0.076	3962	0.993	0.038	0.085	0.992	99.4
2.36-2.7	4.8	0.06	3972	0.995	0.029	0.067	1.029	98.6
2.7-3.4	4.9	0.048	3928	0.997	0.023	0.054	0.912	96.7
3.4-40	5	0.04	3848	0.998	0.019	0.045	1.013	90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
Coot	0.8.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KF3

4kf3

解像度: 1.7→26.832 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	1568	5 %
R_work	0.1887	-	-
obs	0.1895	31342	97.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.07 Å² / B_iso mean: 37.9 Å² / B_iso min: 16.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→26.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1890	0	43	304	2237
B_iso mean	-	-	69.87	41.13	-
残基数	-	-	-	-	244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1978
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.946	2640
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.417	743

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6993-1.7542	0.2887	141	0.2658	2677	2818	98
1.7542-1.8168	0.2294	141	0.2281	2687	2828	99
1.8168-1.8896	0.2293	143	0.2025	2708	2851	99
1.8896-1.9755	0.2365	142	0.2063	2707	2849	99
1.9755-2.0797	0.2494	144	0.1967	2720	2864	100
2.0797-2.2099	0.1922	143	0.1972	2741	2884	100
2.2099-2.3804	0.2153	144	0.1877	2728	2872	99
2.3804-2.6198	0.2125	145	0.191	2752	2897	99
2.6198-2.9985	0.267	143	0.1968	2722	2865	98
2.9985-3.7761	0.1857	142	0.1768	2686	2828	96
3.7761-26.835	0.167	140	0.1755	2646	2786	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2045	0.2673	0.0379	3.2677	0.9501	4.1294	-0.2101	0.1085	0.0409	-0.4732	0.5516	-0.313	-0.1953	0.7815	-0.3083	0.2412	-0.0778	0.038	0.3492	-0.0554	0.2128	13.9176	7.8	-23.0854
2	2.6832	-0.8056	-2.2274	4.8328	0.888	2.4644	-0.2579	0.5268	-0.3828	-0.2692	0.8903	-0.8799	0.0928	0.7735	-0.5133	0.1941	0.0158	0.0193	0.4393	-0.1519	0.3531	17.1644	-3.9822	-22.1326
3	2.8945	-0.4596	0.1282	3.304	0.4215	2.1857	-0.2329	0.1834	-0.1895	-0.3343	0.2887	0.4322	-0.0154	0.0606	-0.1119	0.2347	-0.0365	-0.0525	0.223	-0.0372	0.2795	6.2952	-7.2719	-23.9767
4	1.6911	0.03	0.1533	2.2412	1.3547	3.8589	-0.1532	0.395	0.0038	-0.8524	0.31	0.2061	-0.0732	0.1386	-0.1794	0.5007	-0.0793	-0.0448	0.2572	0.0353	0.1757	7.499	10.949	-27.3814
5	0.3506	-0.0945	0.5125	0.0301	-0.2243	4.5184	-0.3875	0.3921	0.3694	-1.29	0.1789	0.9542	-0.8787	-1.0152	-0.0875	0.682	-0.0067	-0.2341	0.3774	0.0869	0.3912	2.395	14.6517	-27.3313
6	2.4527	0.0456	0.5097	4.5684	-0.568	5.5986	-0.115	0.1845	-0.0204	-0.5684	0.3877	0.6544	-0.2064	-0.1516	-0.3238	0.2499	-0.04	-0.0571	0.1947	-0.0016	0.281	4.4815	5.361	-23.3332
7	6.2356	-2.7328	0.4932	7.6302	-3.221	4.0807	0.4153	0.0985	-0.8632	0.474	0.0471	-0.3106	0.9486	1.1683	-0.2149	0.3025	0.1813	-0.1611	0.3781	-0.1398	0.3679	15.987	-7.7154	-12.8619
8	4.5552	-2.5224	-0.677	1.3964	0.4518	0.3698	-0.2132	-0.3723	-0.4984	0.0951	0.447	-0.3649	0.453	0.9067	0.0977	0.4966	0.0959	0.1303	0.6593	-0.0548	0.6807	19.7971	-12.3436	-24.3967
9	6.4272	-2.0008	1.3069	2.7092	-0.6686	1.0764	-0.2429	0.502	-0.4337	-0.419	0.397	-0.1611	-0.0055	0.2771	-0.1416	0.2823	-0.0209	0.003	0.272	-0.0804	0.4247	3.5086	-15.2657	-27.7668
10	4.6379	0.2928	1.5677	1.4794	0.3374	3.7235	0.1227	-0.7122	0.1679	0.1298	-0.0781	-0.0307	0.3276	-0.2686	0.0294	0.1982	-0.0183	0.0217	0.3465	-0.0591	0.2017	28.6215	-14.2308	-33.287
11	2.4853	-1.1001	-1.6781	3.5029	0.6361	1.2163	0.1059	-1.0319	0.1074	0.4049	-0.0498	0.528	-0.1825	0.1663	-0.0006	0.2248	0.0058	0.0385	0.5134	-0.1334	0.3544	30.7825	-7.2198	-26.3926
12	2.0531	-0.0052	1.0674	2.0049	-0.365	2.6789	0.1425	-0.1288	0.7135	-0.3999	-0.0017	0.1949	-0.974	-0.0602	-0.1352	0.4391	0.0286	0.0319	0.2878	-0.1399	0.4989	28.8993	3.654	-35.2292
13	0.2544	0.0943	-0.0551	1.2069	0.8893	3.9004	-0.0909	0.2641	0.4079	-0.6493	0.1664	-0.1389	-0.6561	0.3872	-0.0656	0.3576	0.0026	0.0136	0.2127	-0.0282	0.3472	29.8749	-1.652	-42.0779
14	3.8649	-0.4174	-0.1871	2.3885	-0.0587	3.841	-0.1266	-0.2707	-0.0561	0.1083	0.049	0.2549	-0.3626	-0.5549	0.1454	0.2105	0.013	-0.0257	0.2699	-0.0186	0.2041	19.2357	-13.1369	-42.9578
15	4.9466	-0.6684	3.1045	1.5493	-0.2552	3.8176	0.182	0.1288	-0.3657	-0.1963	-0.0662	0.0467	0.3652	-0.0016	-0.0376	0.2198	0.0008	-0.0077	0.2144	-0.0104	0.2358	32.1874	-21.9115	-40.6594
16	3.5278	0.2734	0.405	2.5393	1.4267	2.7354	0.0502	-0.1828	0.1599	-0.1831	0.0634	-0.2833	-0.2595	0.2186	-0.1472	0.1808	-0.0029	0.0374	0.2356	-0.0169	0.2375	33.0863	-10.2791	-40.3415
17	4.9831	-1.761	-0.2291	2.7524	1.3325	2.8981	-0.3571	-1.3067	0.4748	0.449	0.3228	-0.4404	-0.679	0.5588	-0.2352	0.4185	-0.0763	-0.0216	0.5296	-0.2568	0.4817	35.9123	3.4428	-26.3379
18	6.7206	-1.1929	1.2179	6.1159	-3.6209	8.0865	0.5385	-1.0486	1.5231	-0.4657	0.7879	0.7823	-1.5521	-0.8043	0.1278	1.0373	-0.153	0.3376	0.943	-0.1746	0.8304	25.8596	6.3011	-27.4721
19	2.7892	0.7471	2.6912	3.9281	1.0012	2.641	-0.0066	-0.0304	1.1045	-0.8181	0.3846	0.4083	-0.3988	0.1609	-0.6373	0.901	-0.009	0.0784	0.2933	-0.0431	0.808	27.9155	8.8258	-44.3842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 13 )	B	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 14 through 31 )	B	14 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 32 through 53 )	B	32 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 54 through 72 )	B	54 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 79 )	B	73 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 80 through 98 )	B	80 - 98
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 99 through 107 )	B	99 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 108 through 115 )	B	108 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 116 through 122 )	B	116 - 122
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 1 through 13 )	A	1 - 13
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 14 through 21 )	A	14 - 21
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 22 through 38 )	A	22 - 38
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 39 through 53 )	A	39 - 53
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 54 through 65 )	A	54 - 65
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 66 through 79 )	A	66 - 79
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 80 through 102 )	A	80 - 102
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 103 through 107 )	A	103 - 107
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 108 through 115 )	A	108 - 115
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 116 through 122 )	A	116 - 122

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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