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- PDB-6b7k: GH43 Endo-Arabinanase from Bacillus licheniformis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b7k
タイトルGH43 Endo-Arabinanase from Bacillus licheniformis
要素Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
キーワードHYDROLASE / Arabinanase / Bacillus licheniformis / GH43
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase / arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 43, endo-1, 5-alpha-L-arabinosidase / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Farro, E.G.S. / Nascimento, A.S.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/03768-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/06565-2 ブラジル
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2018
タイトル: GH43 endo-arabinanase from Bacillus licheniformis: Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis.
著者: Farro, E.G.S. / Leite, A.E.T. / Silva, I.A. / Filgueiras, J.G. / de Azevedo, E.R. / Polikarpov, I. / Nascimento, A.S.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
B: Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
C: Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
D: Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,32112
ポリマ－134,0004
非ポリマー3218
水1,76598
1
A: Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5803
ポリマ－33,5001
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5803
ポリマ－33,5001
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5803
ポリマ－33,5001
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5803
ポリマ－33,5001
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.558, 124.178, 69.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase


分子量: 33499.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (strain ATCC 14580 / DSM 13 / JCM 2505 / NBRC 12200 / NCIMB 9375 / NRRL NRS-1264 / Gibson 46) (バクテリア)
株: ATCC 14580 / DSM 13 / JCM 2505 / NBRC 12200 / NCIMB 9375 / NRRL NRS-1264 / Gibson 46
遺伝子: abnA, BL00353
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q65GB9, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.05
詳細: 0.1 mM HEPES pH 7.05, 10% PEG 4000 (w/v), 5% 2-propanol (v/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月20日 / 詳細: Mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→46.74 Å / Num. obs: 27463 / % possible obs: 77.3 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 37.388 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3271 / CC1/2: 0.756 / Rpim(I) all: 0.322 / Rrim(I) all: 0.457 / % possible all: 75.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12rc1_2807精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UV4

1uv4


解像度: 2.55→44.518 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 1286 4.71 %
Rwork0.2295 --
obs0.2317 27311 76.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→44.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9085 0 8 98 9191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57712809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.4725289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.65210.41081730.33683087X-RAY DIFFRACTION93
2.6521-2.77280.4115840.31542037X-RAY DIFFRACTION94
2.7728-2.91890.32291710.28823704X-RAY DIFFRACTION98
2.9189-3.10180.3431830.30393694X-RAY DIFFRACTION98
3.1018-3.34120.29781970.27413658X-RAY DIFFRACTION98
3.3412-3.67730.3392340.2661809X-RAY DIFFRACTION91
3.6773-4.20910.3034680.22571542X-RAY DIFFRACTION90
4.2091-5.30160.21091980.16693743X-RAY DIFFRACTION99
5.3016-44.5250.21671780.18193751X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3617-0.7271-4.52092.75351.2636.3166-0.1807-0.2566-0.76980.4574-0.50110.55210.695-0.76840.57280.4298-0.0537-0.00360.4482-0.07720.4343-12.0474-7.801177.3613
22.79280.69830.9192.0227-0.53743.3403-0.0262-0.42650.3950.02140.24140.4128-0.8172-0.3994-0.31060.42030.04390.05780.444-0.10730.4302-4.2227-1.507174.7811
35.11732.4297-4.91372.8567-0.82278.08110.3194-0.16461.014-0.09390.48710.4264-0.6039-0.1511-0.79720.32360.1293-0.08890.3878-0.04720.4324-8.16230.629773.1554
43.8329-0.31520.05693.0316-0.80542.6216-0.05540.447-0.0121-0.56710.2395-0.09630.36840.4397-0.22090.46-0.00510.09140.2975-0.02320.41944.1428-6.272163.4761
54.4041-0.04980.93282.8304-0.58682.6646-0.0950.2830.0059-0.41620.0779-0.49480.23440.2921-0.00650.275-0.00560.08430.2861-0.01080.29247.3377-9.891367.5942
61.3030.10080.62072.21840.03910.2496-0.47020.1739-0.6477-0.7390.5857-0.3683-0.18510.2269-0.13420.2966-0.00680.10140.3612-0.02730.47412.2682-17.55369.6737
73.85871.01290.74983.94340.14556.16070.2469-0.0547-0.191-0.1134-0.0437-0.4690.5337-0.1947-0.160.3894-0.05730.01580.32680.07810.4552.179-23.474277.6458
83.18380.031-2.88385.9886-3.49714.6548-0.2919-1.13310.0373-0.26860.14220.1414-0.75872.19910.21480.4362-0.1207-0.04070.6195-0.13370.844-15.8616-22.301668.8043
91.4295-1.77050.50863.19630.09082.76290.1673-0.4759-0.5160.0089-0.05730.11110.0791-0.0348-0.12070.2926-0.03240.00930.45290.09380.475-1.8441-22.757181.0144
100.11920.43860.41821.9791.53551.3958-0.1364-0.7101-0.34220.1027-0.05060.1673-0.3304-0.55260.10710.2379-0.01710.03080.66060.08040.4751-9.8593-16.265882.6903
112.5399-0.9055-1.79331.60170.55822.3676-0.0421-0.537-0.18160.02340.04550.36020.32950.15480.00980.3410.0249-0.02960.3496-0.06810.5051-21.9056-18.841355.2995
121.7709-1.45570.73721.8097-0.71272.68860.13260.19270.26930.0883-0.28950.0005-0.43530.23440.14310.3206-0.0711-0.0230.3445-0.04020.3326-19.4544-6.923448.1853
131.32221.53651.69815.2101-0.18513.48720.01940.4791-0.0068-0.32070.15630.8013-0.43130.1674-0.20730.60960.04880.05130.41490.11440.3237-22.4941-4.803840.4003
140.78022.1290.30398.78632.94272.9663-0.6009-0.0229-0.148-0.07470.4681-2.7245-0.8031.88420.11850.4883-0.0407-0.07680.5878-0.00710.6792-7.0099-10.828749.5642
151.83260.08320.13424.11560.1381.9896-0.03110.36280.4489-0.9645-0.05930.4512-0.18160.00780.0670.56510.0779-0.03970.40290.05840.3189-26.3889-11.330332.9295
163.5357-0.106-0.21921.130.96361.79770.05790.29440.0272-0.32530.12660.256-0.1556-0.0783-0.20590.46310.0807-0.08330.45670.04760.3065-33.4954-22.247538.057
171.55351.71370.71891.7639-0.21945.02670.0857-0.0981-0.3431-0.0984-0.09270.2036-0.4071-0.4736-0.01730.3650.04470.00060.45060.01010.6088-38.8925-22.879343.5057
181.36632.0364-0.07753.78571.90795.8793-0.46670.63520.3146-0.02980.02070.51390.47840.24250.27210.30220.02320.01530.338-0.06410.5763-23.5595-24.472745.0183
193.2321.1794-1.19743.47641.425.7033-0.28090.11440.27140.43580.57431.17720.95620.0457-0.15260.36580.05290.07810.35770.15280.4361-33.1946-16.45857.2551
204.2566-1.83140.48395.0717-0.43841.9356-0.05310.423-0.5953-0.35480.46130.70740.04460.2642-0.57730.2175-0.06470.00130.5012-0.0830.5083-30.2409-33.090643.5425
214.2217-2.4540.38043.3175-0.04714.95610.1124-0.14150.52030.2615-0.1659-0.13390.0202-0.0880.05220.2888-0.06750.02790.36680.0380.3386-14.5409-43.667955.6097
221.6533-0.8286-1.39863.2456-0.94911.96590.01350.1901-0.5686-0.1417-0.08330.50640.4046-0.10880.06310.4296-0.07-0.05840.4214-0.03790.4256-15.7228-55.486342.3152
231.18811.42360.92822.3328-0.11932.7930.28440.1942-0.1327-0.58930.010.21530.09570.1373-0.23550.5767-0.0250.0480.2545-0.01820.2364-16.0202-53.81442.9637
246.8052-0.5053-0.09091.94361.39031.9133-0.31730.14520.5123-0.1490.3471-0.38910.31160.28380.02230.45160.0407-0.07680.37560.04160.3781-9.5822-54.745234.4142
254.2541-0.99790.06293.8141-0.18963.2526-0.0950.0958-0.2551-0.78110.04380.03360.0106-0.20450.01570.55390.0185-0.01540.3944-0.01590.2635-9.7095-44.574131.2825
261.79542.47420.33875.8248-0.36813.3131-0.2940.6967-0.0617-0.90330.26470.63770.0099-0.15920.00910.4431-0.01040.00640.6112-0.10720.3771-14.2425-47.505727.1643
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333.28110.49411.27952.6599-0.16784.21360.05260.03680.0043-0.5403-0.0312-0.44320.635-0.2313-0.02380.3698-0.01170.09350.27390.00410.4679-31.978-55.596864.7738
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381.7206-1.0273-0.83671.41130.3132.42480.4111-0.72180.4199-0.2985-0.0526-0.22950.00310.069-0.31110.247-0.0337-0.07810.464-0.06670.6331-30.4849-33.452678.9147
392.1465-1.45821.27152.1136-2.22496.70330.6686-0.6765-0.1505-0.50350.0768-0.15520.71870.4265-0.70920.4320.0150.05930.4374-0.01390.5406-33.4145-46.954782.5707
401.92540.7192-1.28031.2079-1.24711.45970.0644-0.55810.05620.2507-0.0789-0.1370.02220.15110.05590.4666-0.0727-0.06230.575-0.03080.4211-26.1029-42.498182.4522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:16)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 17:34)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 35:54)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 55:82)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 83:143)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 144:170)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 171:202)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 203:209)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 210:262)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 263:291)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 2:23)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 24:82)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 83:104)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 105:110)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 111:187)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 188:225)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 226:252)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 253:261)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 262:278)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 279:291)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 2:49)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 50:88)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 89:111)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 112:133)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 134:158)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 159:171)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 172:231)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 232:261)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 262:276)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 277:291)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 2:22)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 23:34)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 35:74)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 75:123)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 124:200)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 201:211)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 212:224)
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 225:252)
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 253:263)
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 264:291)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る