[日本語] English
万見
- PDB-6b7h: Structure of mGluR3 with an agonist -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b7h
タイトルStructure of mGluR3 with an agonist
要素Metabotropic glutamate receptor 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN/AGONIST / mGluR3 Glutamate / MEMBRANE PROTEIN-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / cellular response to stress / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / calcium channel regulator activity ...group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / cellular response to stress / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / calcium channel regulator activity / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / scaffold protein binding / G alpha (i) signalling events / gene expression / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynaptic density / axon / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CWY / Metabotropic glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Monn, J.A. / Clawson, D.K.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Synthesis and Pharmacological Characterization of C4beta-Amide-Substituted 2-Aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylates. Identification of (1 S,2 S,4 S,5 R,6 S)-2-Amino-4-[(3- ...タイトル: Synthesis and Pharmacological Characterization of C4beta-Amide-Substituted 2-Aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylates. Identification of (1 S,2 S,4 S,5 R,6 S)-2-Amino-4-[(3-methoxybenzoyl)amino]bicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic Acid (LY2794193), a Highly Potent and Selective mGlu3Receptor Agonist.
著者: Monn, J.A. / Henry, S.S. / Massey, S.M. / Clawson, D.K. / Chen, Q. / Diseroad, B.A. / Bhardwaj, R.M. / Atwell, S. / Lu, F. / Wang, J. / Russell, M. / Heinz, B.A. / Wang, X.S. / Carter, J.H. / ...著者: Monn, J.A. / Henry, S.S. / Massey, S.M. / Clawson, D.K. / Chen, Q. / Diseroad, B.A. / Bhardwaj, R.M. / Atwell, S. / Lu, F. / Wang, J. / Russell, M. / Heinz, B.A. / Wang, X.S. / Carter, J.H. / Getman, B.G. / Adragni, K. / Broad, L.M. / Sanger, H.E. / Ursu, D. / Catlow, J.T. / Swanson, S. / Johnson, B.G. / Shaw, D.B. / McKinzie, D.L. / Hao, J.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2216
ポリマ－58,7771
非ポリマー1,4445
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.081, 80.081, 161.887
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 3 / mGluR3


分子量: 58776.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM3, GPRC1C, MGLUR3 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q14832

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-CWY / (1S,2S,4S,5R,6S)-2-amino-4-[(3-methoxybenzene-1-carbonyl)amino]bicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid


分子量: 334.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N2O6
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000, 100 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97973 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→25.28 Å / Num. obs: 15043 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 82.11 Å2 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル最高解像度: 2.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SCALAデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.82→25.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9137 / SU R Cruickshank DPI: 1.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.188 / SU Rfree Blow DPI: 0.302 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.306
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 468 3.11 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.1852 15043 99.84 %-
原子変位パラメータBiso max: 212.27 Å2 / Biso mean: 80.41 Å2 / Biso min: 19.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0787 Å20 Å20 Å2
2--6.0787 Å20 Å2
3----12.1575 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.325 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→25.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 95 14 3567
Biso mean--127.58 57.28 -
残基数----441
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1267SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes537HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3632HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion491SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4119SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3632HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4928HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.69
LS精密化 シェル解像度: 2.82→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2865 73 2.75 %
Rwork0.1892 2582 -
all0.1919 2655 -
obs--99.14 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.6981 Å / Origin y: 95.1272 Å / Origin z: 10.5489 Å
111213212223313233
T-0.1441 Å2-0.0057 Å2-0.1131 Å2--0.321 Å20.022 Å2---0.2587 Å2
L3.3861 °20.0343 °20.225 °2-2.7134 °2-0.3737 °2--2.0126 °2
S0.0066 Å °-0.1802 Å °-0.2214 Å °0.4922 Å °-0.0543 Å °-0.2785 Å °0.1518 Å °0.3059 Å °0.0478 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る