PDB-6b6k: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b6k

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 6-methyl-2,3-dihydropyridazin-3-one

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine Nucleoside Phosphorylase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 3-methylpyridazin-1-ium-6-olate
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b6k.cif.gz	180.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b6k.ent.gz	147.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b6k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b6k_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b6k_full_validation.pdf.gz	441 KB	表示
XML形式データ	6b6k_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	6b6k_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/6b6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/6b6k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bb7-1 1td1-d 6axa-1 3bgs-1 5cxs-1 6b3l-1 3k8q-1 5cxq-1 6b7i-1 5tbu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.700, 99.700, 99.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-541- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CVG / 6-methylpyridazin-3-ol / 6-メチルピリダジン-3(2H)-オン分子量: 110.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆N₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→70.5 Å / Num. obs: 57441 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.46→1.5 Å / 冗長度: 10.7 % / Num. unique obs: 4464 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.46→70.499 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1842	2824	4.92 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1642	57400	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→70.499 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2150	0	36	209	2395

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2216
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	2997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.986	808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4603-1.4855	0.3491	153	0.3042	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4855-1.5125	0.2985	137	0.271	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5125-1.5416	0.2642	121	0.2442	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5416-1.5731	0.2306	163	0.2141	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5731-1.6073	0.2272	116	0.2104	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6073-1.6447	0.2067	145	0.199	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6447-1.6858	0.2041	135	0.1906	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6858-1.7314	0.235	149	0.1776	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7314-1.7824	0.1829	169	0.1729	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7824-1.8399	0.1991	122	0.1598	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8399-1.9057	0.1876	182	0.152	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9057-1.982	0.1996	131	0.1653	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.982-2.0722	0.1858	142	0.1526	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1815	0.1895	143	0.1537	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1815-2.3181	0.1657	159	0.149	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3181-2.4971	0.1679	111	0.1449	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4971-2.7484	0.1725	131	0.1521	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7484-3.1461	0.1862	136	0.1588	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1461-3.9638	0.1867	155	0.1555	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9638-70.5808	0.1561	124	0.1631	2903	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6129	3.8447	2.1043	8.1009	2.5987	4.6976	0.1425	0.096	-1.0115	0.6805	0.0984	-0.4951	0.882	0.3044	-0.1636	0.3203	0.0355	0.0238	0.1793	-0.035	0.3678	28.178	12.5565	53.9442
2	2.4763	-0.0751	0.9491	1.5653	-0.3728	3.6122	0.1321	0.0595	-0.6061	-0.0283	0.0373	0.078	0.6617	-0.3687	-0.1345	0.3766	-0.0827	0.0379	0.2067	-0.0459	0.4067	13.1114	9.2637	49.2978
3	5.8366	-2.7403	-5.4087	1.3075	2.6223	5.7361	-0.0305	0.183	-0.352	-0.0605	-0.1529	0.1567	0.0951	-0.2917	0.152	0.2327	-0.0252	0.0318	0.145	-0.0081	0.2189	17.0944	20.434	55.2427
4	6.675	-1.4172	-0.5704	2.9315	1.3408	2.3605	-0.0376	0.4387	-0.0145	-0.1868	-0.1839	0.2519	-0.0526	-0.3834	0.1964	0.22	-0.0401	-0.0244	0.2312	-0.0093	0.1329	2.2118	25.9862	44.083
5	1.3975	0.0983	0.1736	0.9999	0.2902	0.7729	-0.0369	0.2445	0.0159	-0.2191	0.0068	0.0782	0.0207	-0.1384	0.029	0.1977	-0.0395	0.0011	0.1812	-0.0066	0.1205	8.4315	30.6845	46.4293
6	8.217	-2.5493	-0.7439	2.9326	1.1603	0.8761	0.0051	-0.2531	-0.0858	-0.0431	-0.1632	0.4325	0.0377	-0.2293	0.1709	0.1855	-0.0514	-0.0032	0.2478	-0.046	0.1648	-2.9065	29.0937	49.4652
7	6.0295	-1.8857	-5.1419	2.4758	1.7574	4.4337	-0.1462	0.0451	-0.4296	0.014	-0.0172	0.0815	0.3313	-0.1049	0.1418	0.3171	-0.0977	-0.0536	0.3362	-0.0582	0.2527	0.0451	15.842	41.5811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 232 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 286 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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