PDB-6b56: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b56

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 5-butylpyridine-2-carboxylic acid

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine Nucleoside Phosphorylase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 5-butylpyridine-2-carboxylic acid
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b56.cif.gz	173.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b56.ent.gz	140.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b56_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b56_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	6b56_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	6b56_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bb7-1 6b3l-1 6awe-1 6bi1-1 5tbu-1 1td1-d 5cxs-1 2a0y-1 6bhb-1 6b6k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

31.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.990, 99.990, 99.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-534- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CQV / 5-butylpyridine-2-carboxylic acid / フザリン酸分子量: 179.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃NO₂ / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→57.729 Å / Num. obs: 62908 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.42→1.46 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4854 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.42→57.729 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	3126	4.97 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.1814	62877	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→57.729 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2138	0	25	164	2327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	2986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.077	812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4202-1.4424	0.3383	168	0.3092	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4424-1.466	0.305	145	0.2881	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.466-1.4913	0.315	147	0.2658	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4913-1.5184	0.2638	137	0.252	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5184-1.5476	0.2507	132	0.2326	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5476-1.5792	0.2575	154	0.2208	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5792-1.6136	0.23	116	0.2112	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6136-1.6511	0.2438	142	0.203	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6511-1.6924	0.2356	142	0.1927	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6924-1.7382	0.2406	139	0.1933	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7382-1.7893	0.2322	171	0.1836	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7893-1.8471	0.2219	126	0.1834	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8471-1.9131	0.1994	181	0.1786	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9131-1.9897	0.2347	128	0.1771	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9897-2.0803	0.1889	140	0.1667	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0803-2.1899	0.2118	143	0.1662	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1899-2.3271	0.1769	158	0.1647	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3271-2.5068	0.1999	112	0.1676	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5068-2.7591	0.2435	132	0.1694	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7591-3.1583	0.1971	134	0.1716	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1583-3.979	0.183	155	0.1781	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.979-57.777	0.1911	124	0.1716	2896	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8604	2.7356	-0.3053	9.1146	2.743	3.5261	-0.1626	-0.0849	-0.8895	0.0032	0.1963	-0.2571	0.6774	0.2647	-0.1561	0.2717	0.0399	0.0217	0.1377	-0.0048	0.2996	28.7606	11.9066	52.8835
2	3.066	-0.1302	2.029	2.3624	-1.5085	2.3576	0.2073	-0.141	-0.7233	0.0806	0.1038	0.3317	0.5346	-0.3439	-0.2606	0.3551	-0.0325	0.0167	0.2273	-0.005	0.4141	13.9035	9.4263	51.0616
3	5.0355	0.6924	0.8625	3.5222	-0.0525	2.0147	-0.166	0.1803	-0.4632	0.1718	-0.008	0.0709	0.2088	-0.2218	0.1377	0.3084	-0.0181	0.0088	0.1995	-0.0774	0.3333	14.185	9.1798	44.4481
4	3.4998	-2.5792	-3.3711	1.9618	2.8689	5.5408	-0.073	0.1126	-0.3866	0.0043	-0.0752	0.2053	0.1296	-0.1289	0.1486	0.205	-0.0175	0.0304	0.1484	-0.0098	0.215	17.3938	20.6512	55.8988
5	7.0258	-2.1422	-1.0004	3.0794	1.1802	1.9801	-0.0405	0.3482	-0.0707	-0.1661	-0.0718	0.2286	-0.0543	-0.2831	0.1004	0.1771	-0.0238	-0.0344	0.1892	0.0076	0.1042	2.1391	26.0949	44.3136
6	1.6688	0.1301	0.1245	1.0027	0.3343	1.1562	-0.029	0.2946	0.0008	-0.2409	0.0283	0.0684	0.0086	-0.1471	0.0031	0.166	-0.0297	-0.001	0.1644	0.0062	0.0964	10.993	29.5832	43.2689
7	1.4219	-0.5328	-0.7986	0.5388	0.7268	1.2682	0.0255	0.0377	0.094	-0.1112	-0.0369	0.0124	-0.0517	-0.1073	0.0155	0.1831	-0.0241	-0.0056	0.1833	-0.0075	0.1653	4.5766	33.128	53.4171
8	4.762	-2.4841	-1.0798	2.2022	1.4682	1.269	-0.048	-0.0643	-0.2755	0.0207	-0.1799	0.3613	0.0478	-0.254	0.2458	0.1494	-0.0501	0.0021	0.219	-0.0304	0.1576	-2.5762	28.9126	49.8925
9	8.9376	-1.8565	-7.5762	3.0218	2.0503	9.2756	-0.0088	-0.164	-0.3978	0.0476	0.018	0.0747	0.1326	0.199	-0.0085	0.2263	-0.0894	-0.1156	0.2411	-0.0241	0.2319	-0.1389	16.1761	42.109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 196 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 197 through 232 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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