PDB-6b4t: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b4t

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 4-methylpyridin-2-ol

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine Nucleoside Phosphorylase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 4-methylpyridin-2-ol
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b4t.cif.gz	175.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b4t.ent.gz	142.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bif-1 2a0w-1 6bi9-1 6b7i-1 6bhb-1 6b4q-1 5ko5-1 5cxs-1 5tbs-1 6bfv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.950, 99.950, 99.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CQJ / 4-methylpyridin-2-ol / 4-メチルピリジン-2-オ-ル分子量: 109.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇NO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→57.71 Å / Num. obs: 52353 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.51→1.55 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3856 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.51→57.706 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1823	2575	4.92 %
R_work	0.1657	-	-
obs	0.1665	52318	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→57.706 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2143	0	36	211	2390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2217
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.228	2999
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.408	1329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5104-1.5395	0.3111	150	0.2896	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5395-1.5709	0.2702	145	0.246	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5709-1.605	0.2596	131	0.2336	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.605-1.6424	0.2261	148	0.219	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6424-1.6835	0.2269	122	0.2049	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6835-1.729	0.2002	151	0.1957	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.729-1.7799	0.2123	170	0.1833	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7799-1.8373	0.2094	136	0.171	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8373-1.903	0.1821	174	0.1617	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.903-1.9792	0.1816	138	0.1618	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9792-2.0693	0.2002	142	0.1599	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0693-2.1784	0.1743	143	0.1564	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1784-2.3148	0.1754	150	0.1595	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3148-2.4936	0.1692	128	0.1509	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4936-2.7445	0.175	128	0.1555	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7445-3.1416	0.16	138	0.1602	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1416-3.958	0.2041	155	0.1611	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.958-57.7483	0.1499	126	0.1611	2936	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3036	4.1407	1.7905	6.6502	2.9874	4.8127	0.0778	0.1568	-1.0582	0.2823	0.1545	-0.7419	0.912	0.386	-0.2723	0.3552	0.0297	0.0491	0.1873	-0.0328	0.3697	27.9569	11.9088	53.1244
2	2.251	-0.0962	0.7988	1.0466	-0.4127	3.3112	0.0811	0.0851	-0.5071	-0.1576	0.008	0.0039	0.6766	-0.3293	-0.0893	0.4347	-0.0875	0.0418	0.2223	-0.0421	0.3811	13.1029	9.3921	49.3389
3	6.4815	-3.8195	-6.2603	2.3519	3.985	7.3295	0.0033	0.1461	-0.3194	-0.1724	-0.1174	0.1093	0.0216	-0.2487	0.1363	0.2564	-0.0319	0.0237	0.15	-0.0001	0.205	16.9669	20.5458	55.3253
4	3.0196	-4.0468	-1.9536	5.5606	2.3072	2.0774	0.0849	0.2632	0.0297	-0.3458	-0.1446	0.2841	0.0143	-0.2715	0.1269	0.2487	-0.0486	-0.0372	0.2336	-0.0102	0.1768	1.7417	26.169	44.201
5	1.5201	-0.0006	-0.0809	0.9603	0.2116	0.7191	-0.0418	0.2077	0.0258	-0.2538	0.0225	0.0479	0.0516	-0.136	0.0175	0.2404	-0.0518	0.0055	0.1898	-0.0037	0.14	8.3124	30.8051	46.5641
6	7.5186	-3.7924	-1.8474	3.4932	1.886	1.5346	0.054	-0.073	-0.1657	-0.1084	-0.1881	0.3928	-0.007	-0.2379	0.1576	0.2472	-0.0574	-0.0242	0.2512	-0.0172	0.1859	-3.0885	29.1102	49.7682
7	8.806	-2.5862	-8.1869	4.203	3.0938	9.6583	-0.281	0.2035	-0.3681	0.0918	0.1002	0.0355	0.3495	-0.0439	0.2526	0.3157	-0.0887	-0.0651	0.2812	-0.0492	0.2395	-0.8052	15.9904	42.2248

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 232 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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