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- PDB-6b3u: Solution Structure of HIV-1 GP41 Transmembrane Domain in Bicelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b3u
タイトルSolution Structure of HIV-1 GP41 Transmembrane Domain in Bicelles
要素HIV-1 GP41 Transmembrane Domain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HIV-1 / Transmembrane domain / GP41 / solution structure / residual dipolar couplings
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chiliveri, S.C. / Louis, J.M. / Ghirlando, R. / Baber, J.L. / Bax, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK075023-08 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / : 2018
タイトル: Tilted, Uninterrupted, Monomeric HIV-1 gp41 Transmembrane Helix from Residual Dipolar Couplings.
著者: Chiliveri, S.C. / Louis, J.M. / Ghirlando, R. / Baber, J.L. / Bax, A.
履歴
登録2017年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 GP41 Transmembrane Domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6511
ポリマ-4,6511
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4320 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド HIV-1 GP41 Transmembrane Domain


分子量: 4650.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Polypeptide sequence for the solution structure corresponds to GP160 (677-716; HXB2 numbering).
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74849

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic12D TROSY
151isotropic12D ARTSY
162anisotropic12D ARTSY
173anisotropic12D ARTSY
184anisotropic22D ARTSY
195isotropic22D ARTSY
1106isotropic22D TROSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle1500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H] HIV-1 GP41 Transmembrane domain, 93% H2O/7% D2O500uM TM in 150mM DMPC/DHPC (q=0.4), 25mM MES (pH6.5)Backbone assignments93% H2O/7% D2O
gel solid2100 uM [U-100% 15N; 80%-2H] HIV-1 GP41 Transmembrane domain, 93% H2O/7% D2O100uM TM in 100mM DMPC/DHPC (q=0.4), 25mM MES (pH6.5) Polyacrylamide gel made with 1.4% (w/v) (3-Acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloridePositive charged gel93% H2O/7% D2O
gel solid3100 uM [U-100% 15N; 80%-2H] HIV-1 GP41 Transmembrane domain, 93% H2O/7% D2O100uM TM in 100mM DMPC/DHPC (q=0.4), 25mM MES (pH6.5) Neutral polyacrylamide gelNeutral charged gel93% H2O/7% D2O
bicelle440 uM [U-100% 15N; U-80% 2H] HIV-1 GP41 Transmembrane domain, 93% H2O/7% D2OTM R707C-ThuliumDOTAM8 in 100mM DMPC/DHPC (q=0.4), 25mM MES (pH6.5)TM R707C Thulium93% H2O/7% D2O
bicelle570 uM [U-100% 15N; U-80% 2H] HIV-1 GP41 Transmembrane domain, 93% H2O/7% D2OTM R707C-LutetiumDOTAM8 in 100mM DMPC/DHPC (q=0.4), 25mM MES (pH6.5)TM R707C Lutetium93% H2O/7% D2O
bicelle6300 uM [U-100% 15N; U-80% 2H] HIV-1 GP41 Transmembrane domain, 93% H2O/7% D2O100uM 15N-TM and 200uM 14NTM-R707C in 100mM DMPC/DHPC (q=0.4), 25mM MES (pH6.5)Mixed labeled TM93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMHIV-1 GP41 Transmembrane domain[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
100 uMHIV-1 GP41 Transmembrane domain[U-100% 15N; 80%-2H]2
100 uMHIV-1 GP41 Transmembrane domain[U-100% 15N; 80%-2H]3
40 uMHIV-1 GP41 Transmembrane domain[U-100% 15N; U-80% 2H]4
70 uMHIV-1 GP41 Transmembrane domain[U-100% 15N; U-80% 2H]5
300 uMHIV-1 GP41 Transmembrane domain[U-100% 15N; U-80% 2H]6
試料状態イオン強度: 25 mM / Label: ambient / pH: 6.5 / : 1 bar / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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