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- PDB-6b3k: Crystal structure of mutant Spinach RNA aptamer in complex with F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b3k
タイトルCrystal structure of mutant Spinach RNA aptamer in complex with Fab BL3-6
要素
  • Heavy chain of Fab BL3-6
  • Light chain of Fab BL3-6
  • RNA (83-MER),RNA (83-MER)
キーワードimmune system/rna (免疫系) / RNA aptamer / Fragment of antibody / Chaperone-assisted RNA Crystallography / immune system-rna complex (免疫系)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者DasGupta, S. / Koirala, D. / Shelke, S.A. / Piccirilli, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI081987 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM102489 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Affinity maturation of a portable Fab-RNA module for chaperone-assisted RNA crystallography.
著者: Koirala, D. / Shelke, S.A. / Dupont, M. / Ruiz, S. / DasGupta, S. / Bailey, L.J. / Benner, S.A. / Piccirilli, J.A.
履歴
登録2017年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_audit_support / struct / struct_keywords
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct.title / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of Fab BL3-6
L: Light chain of Fab BL3-6
R: RNA (83-MER),RNA (83-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2054
ポリマ－74,1813
非ポリマー241
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area33040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.216, 80.019, 93.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of Fab BL3-6


分子量: 23852.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Light chain of Fab BL3-6


分子量: 23394.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 RNA (83-MER),RNA (83-MER)


分子量: 26933.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 8% Tacsimate (pH 7.0), 20% Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M HEPES (pH 7.2)

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→69.1 Å / Num. obs: 58291 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.09→2.165 Å / Rmerge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.996 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KZE

4kze


解像度: 2.09→69.097 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 2000 3.43 %
Rwork0.1926 --
obs0.1938 58275 97.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→69.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 1786 1 256 5364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8847744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1763020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048933
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.14230.31221410.29153990X-RAY DIFFRACTION97
2.1423-2.20020.29331440.26834020X-RAY DIFFRACTION98
2.2002-2.2650.28071420.2634010X-RAY DIFFRACTION98
2.265-2.33810.2461430.25043997X-RAY DIFFRACTION97
2.3381-2.42170.30351410.24343994X-RAY DIFFRACTION97
2.4217-2.51860.2891390.24893895X-RAY DIFFRACTION94
2.5186-2.63320.26611420.23293996X-RAY DIFFRACTION98
2.6332-2.77210.24851450.23414064X-RAY DIFFRACTION98
2.7721-2.94580.27821430.21854054X-RAY DIFFRACTION98
2.9458-3.17320.23091440.21064034X-RAY DIFFRACTION98
3.1732-3.49250.22481410.18663990X-RAY DIFFRACTION96
3.4925-3.99790.22421460.17274093X-RAY DIFFRACTION99
3.9979-5.03670.1891430.14954009X-RAY DIFFRACTION97
5.0367-69.13470.1831460.16754129X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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