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万見
- PDB-6b3a: AprA Methyltransferase 1 - GNAT didomain in complex with Mn2+ and SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b3a
タイトルAprA Methyltransferase 1 - GNAT didomain in complex with Mn2+ and SAM
要素AprA Methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / apratoxin / GCN5 related N-acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYLMETHIONINE / Carrier domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Moorea bouillonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.784 Å
データ登録者Skiba, M.A. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA108874 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008353 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A Mononuclear Iron-Dependent Methyltransferase Catalyzes Initial Steps in Assembly of the Apratoxin A Polyketide Starter Unit.
著者: Skiba, M.A. / Sikkema, A.P. / Moss, N.A. / Tran, C.L. / Sturgis, R.M. / Gerwick, L. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2017年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AprA Methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3714
ポリマ－74,8261
非ポリマー5453
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area27750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.519, 87.050, 135.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AprA Methyltransferase 1


分子量: 74825.836 Da / 分子数: 1 / 変異: S274I, Q528P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moorea bouillonii (バクテリア) / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1U7N2Z8
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.15 M DL-malic acid, pH 7, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月8日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→46.671 Å / Num. obs: 65840 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.451 % / Biso Wilson estimate: 27.47 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 10.72 / Num. measured all: 227187
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.78-1.893.2780.7911.36105330.7230.94295.3
1.89-2.023.380.3912.88101750.9030.46298.5
2.02-2.183.510.2255.3494540.9620.26297.7
2.18-2.393.4560.1478.1586050.9790.17196.4
2.39-2.673.3410.10211.0577610.9880.11995.5
2.67-3.093.550.07116.1268030.9940.08294.6
3.09-3.783.670.0524.1357050.9960.05892.7
3.78-5.323.5170.03929.8843430.9970.04590.2
5.32-46.6713.6790.03232.0224610.9990.03787.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.49 Å46.67 Å
Translation6.49 Å46.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.18位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6B39

6b39


解像度: 1.784→46.671 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 1999 3.02 %
Rwork0.1802 --
obs0.1816 65829 90.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.37 Å2 / Biso mean: 39.0576 Å2 / Biso min: 15.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.784→46.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5111 0 34 401 5546
Biso mean--48.49 41.11 -
残基数----631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8587141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4533195
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7843-1.80780.43621200.36933707382777
1.8078-1.83250.36381340.33364459459389
1.8325-1.85870.37921360.32674491462792
1.8587-1.88650.36521360.30844499463591
1.8865-1.9160.34431430.27844476461991
1.916-1.94740.33921360.27734500463692
1.9474-1.98090.24411470.26444591473893
1.9809-2.0170.25261400.24044571471192
2.017-2.05580.30621440.22464483462792
2.0558-2.09770.23741460.21584598474493
2.0977-2.14330.27661440.2074525466992
2.1433-2.19320.28461370.19594537467492
2.1932-2.2480.25191490.19014550469992
2.248-2.30880.241370.19194483462092
2.3088-2.37680.22381430.18844464460791
2.3768-2.45350.27531320.18074468460090
2.4535-2.54120.23061300.18384319444988
2.5412-2.64290.21191360.18024495463191
2.6429-2.76320.20581400.1734501464191
2.7632-2.90880.21911380.17254461459991
2.9088-3.0910.24941420.17894494463692
3.091-3.32960.19711410.17224486462791
3.3296-3.66460.21381440.15244425456990
3.6646-4.19460.18431410.13984378451989
4.1946-5.28350.17111290.12884285441487
5.2835-46.6870.18041320.15784315444787
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9467-0.93110.65412.9457-0.25952.3386-0.0553-0.2348-0.19540.51830.2267-0.22310.40090.3476-0.1190.39020.0978-0.02870.2998-0.07130.24150.7391-0.9641-16.4817
21.8847-0.7849-0.59871.06380.40060.5049-0.0018-0.16640.14240.02390.0423-0.0917-0.06140.0714-0.03750.1898-0.03040.00090.1881-0.02980.181613.5065-4.5013-46.4847
30.81670.06440.47720.63260.41661.1674-0.0052-0.0371-0.01390.0232-0.00540.08480.007-0.08830.00790.1996-0.02110.04070.2038-0.02330.2419-8.8387-11.2083-52.187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -6 through 237 )A-6 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 238 through 442 )A238 - 442
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 443 through 629 )A443 - 629

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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