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- PDB-6b2q: Dual Inhibition of the Essential Protein Kinases A and B in Mycob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b2q
タイトルDual Inhibition of the Essential Protein Kinases A and B in Mycobacterium tuberculosis
要素Serine/threonine-protein kinase PknA
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / drug design / tuberculosis / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-threonine autophosphorylation / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 ...peptidyl-threonine autophosphorylation / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0BD / Chem-CJJ / Serine/threonine-protein kinase PknA / Serine/threonine-protein kinase PknA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Zuccola, H.J.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Mtb PKNA/PKNB Dual Inhibition Provides Selectivity Advantages for Inhibitor Design To Minimize Host Kinase Interactions.
著者: Wang, T. / Bemis, G. / Hanzelka, B. / Zuccola, H. / Wynn, M. / Moody, C.S. / Green, J. / Locher, C. / Liu, A. / Gao, H. / Xu, Y. / Wang, S. / Wang, J. / Bennani, Y.L. / Thomson, J.A. / Muh, U.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PknA
B: Serine/threonine-protein kinase PknA
C: Serine/threonine-protein kinase PknA
D: Serine/threonine-protein kinase PknA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,1239
ポリマ－136,0674
非ポリマー2,0565
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase PknA
D: Serine/threonine-protein kinase PknA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2965
ポリマ－68,0342
非ポリマー1,2623
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase PknA
C: Serine/threonine-protein kinase PknA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8274
ポリマ－68,0342
非ポリマー7942
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.065, 227.432, 158.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量: 34016.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pknA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5TY85, UniProt: P9WI83*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-CJJ / 5-{5-chloro-4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl}thiophene-2-sulfonamide


分子量: 396.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13ClN6O2S2
#3: 糖 ChemComp-0BD / 3-methyl-1-(2-methylpropyl)butyl 4-O-beta-L-gulopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / 2,6-dimethyl-4-heptyl 4-O-methyl-beta-D-glucopyranoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 468.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H40O11

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3M sodium formate, 0.1 M buffer (ADA, cacodylate, or sodium citrate) pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.548→158 Å / Num. obs: 38607 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 89.05 Å2 / Net I/σ(I): 15.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PROCESS1.1.7データ削減
PROCESS1.1.7データスケーリング
BUSTER2.11.7位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.88→113.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.383
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1601 5.15 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 31096 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 90.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.9757 Å20 Å20 Å2
2--4.3797 Å20 Å2
3----12.3554 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.88→113.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7964 0 176 0 8140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0311330HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2855SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes155HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1236HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8339HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.52
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1057SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9417SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.97 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3003 146 4.95 %
Rwork0.2558 2806 -
all0.258 2952 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.54870.51751.29152.12690.04992.9483-0.0784-0.24620.05080.0066-0.14480.11740.1215-0.07230.2231-0.114-0.0565-0.0771-0.2011-0.0247-0.304-22.9028-37.9427-21.5962
28.3124-1.39942.91041.7894-0.92063.1903-0.2663-0.06490.20860.02920.02030.02860.0393-0.07450.2460.00080.0541-0.152-0.23020.0276-0.2095-15.6071-40.209421.5964
32.95610.23981.1377.4616-2.01572.7202-0.0828-0.54240.54420.54420.127-0.53040.0655-0.0565-0.0441-0.21270.152-0.152-0.0807-0.11660.304-42.0861-17.856917.7131
42.68331.044-0.71588.3154-0.85992.7410.1594-0.28990.54420.0103-0.05680.1816-0.1810.2306-0.1026-0.1883-0.13510.0189-0.0357-0.07210.25821.0756-13.5227-18.5334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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