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- PDB-6b24: Crystal structure of fluoride channel Fluc Ec2 F80Y Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b24
タイトルCrystal structure of fluoride channel Fluc Ec2 F80Y Mutant
要素
  • Fluoride ion transporter CrcB
  • monobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha helix / ion channel / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Putative fluoride ion transporter CrcB / CrcB-like protein, Camphor Resistance (CrcB) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / Fluoride-specific ion channel FluC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Last, N.B. / Sun, S. / Pham, M.C. / Miller, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107023 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Molecular determinants of permeation in a fluoride-specific ion channel.
著者: Last, N.B. / Sun, S. / Pham, M.C. / Miller, C.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluoride ion transporter CrcB
B: Fluoride ion transporter CrcB
C: monobody
D: monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,44612
ポリマ－47,9004
非ポリマー1,5478
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.400, 88.400, 146.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILELEULEUAA2 - 1242 - 124
21ILEILELEULEUBB2 - 1242 - 124
12SERSERTHRTHRCC1 - 961 - 96
22SERSERTHRTHRDD1 - 961 - 96

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Fluoride ion transporter CrcB


分子量: 13631.307 Da / 分子数: 2 / 変異: R25K, F80Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: crcB, A4T40_27000, AC789_145pl00540, AKG99_27195, BET08_05210, BK251_13005, BK292_28205, BK334_22235, BK373_23795, BUE82_27975, ECONIH1_26550, ECS286_0026, MJ49_27125, pCTXM15_EC8_00123, pO103_22
プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6J5N4
#2: タンパク質 monobody


分子量: 10318.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHFT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
糖 , 1種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 3種, 16分子

#4: 化合物
ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.42 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 30% PEG 600, 100 mM ADA, 10 mM HEPES, 100 mM NaF, 50 mM LiNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月2日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→42.65 Å / Num. obs: 27945 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 282249 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.75-2.99.51.32541110.7140.441.39997.2
8.7-42.6510.30.0448690.9970.0140.04691.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KBN

5kbn


解像度: 2.75→42.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 30.446 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.258
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 1382 4.9 %RANDOM
Rwork0.2253 ---
obs0.2267 26553 95.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.59 Å2 / Biso mean: 93.517 Å2 / Biso min: 68.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.89 Å20 Å20 Å2
2---4.89 Å20 Å2
3---9.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→42.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 104 11 3477
Biso mean--109.25 92.34 -
残基数----441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1041.9674869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84737859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6425437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.80922.745102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04815523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.191156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02711
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A77120.03
12B77120.03
21C55120.05
22D55120.05
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 105 -
Rwork0.372 1972 -
all-2077 -
obs--97.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.44140.08260.35121.5549-0.3471.5283-0.07090.41170.71250.00070.09490.1705-0.0763-0.0667-0.0240.02080.03760.02550.22790.03970.183238.3334184.54619.1005
27.13470.4852-1.4322.1112-0.2592.581-0.26421.0369-0.6096-0.27760.1722-0.1470.13510.07750.09210.06560.02160.05230.3983-0.07080.12544.8132173.50283.5263
36.98032.1772-4.40932.4718-2.01995.8885-0.11070.4533-0.35080.10740.09730.10190.2266-0.25120.01340.04550.00820.02730.07190.04570.2128.7242168.15720.7013
411.5712-0.95841.69990.8478-0.89171.7381-0.0933-0.05730.26990.03990.0596-0.0422-0.1393-0.02750.03370.0240.02390.03030.1502-0.0170.195978.4796183.76369.461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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