PDB-6b1p: Crystal Structure of Glutamate-tRNA Synthetase from Helicobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b1p

タイトル

Crystal Structure of Glutamate-tRNA Synthetase from Helicobacter pylori

要素

Glutamate--tRNA ligase 1

キーワード

LIGASE / SSGCID / Glutamate--tRNA ligase / Helicobacter pylori / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Glutamate-tRNA Synthetase from Helicobacter pylori
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b1p.cif.gz	181.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b1p.ent.gz	141.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b1p_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b1p_full_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示
XML形式データ	6b1p_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	6b1p_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bqyC 2ja2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j09-d 7k86-2 1n75-d 6jnp-1 7k86-1 3c8t-d 5h4v-2 1q5n-d 3hr6-d 3fbt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-HepyC.01187.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Glutamate--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.050, 44.600, 54.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate--tRNA ligase 1 / Glutamyl-tRNA synthetase 1 / GluRS 1 分子量: 54420.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌) 株: G27 / 遺伝子: gltX1, HPG27_434 / プラスミド: HepyC.01187.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Z6J9, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 詳細: HepyC.01187.a.B1.PW38242 at 20.6 mg/ml was mixed 1:1 with JCSG+ (a3): 0.2 M ammonium citrate dibasic, 20% (w/v) PEG-3350, cryoprotected with 15% ethylene glycol. Tray: 291377a3, puck: ben7-8.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月14日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→43.562 Å / Num. obs: 17766 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.836 % / B_iso Wilson estimate: 50.48 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.956 / Net I/σ(I): 15.19 / Num. measured all: 103691 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.56	6.146	0.526	3.18	7762	1263	1263	0.842	0.575	100
2.56-2.64	6.11	0.43	3.91	7698	1260	1260	0.897	0.471	100
2.64-2.71	6.131	0.342	5	7559	1233	1233	0.935	0.374	100
2.71-2.8	6.063	0.298	5.71	7258	1198	1197	0.949	0.326	99.9
2.8-2.89	6.069	0.24	6.92	6803	1121	1121	0.968	0.262	100
2.89-2.99	5.994	0.19	8.96	6851	1143	1143	0.977	0.208	100
2.99-3.1	5.992	0.146	11.07	6334	1057	1057	0.986	0.16	100
3.1-3.23	5.922	0.118	12.69	6242	1055	1054	0.992	0.129	99.9
3.23-3.37	5.881	0.092	16.09	5969	1015	1015	0.994	0.101	100
3.37-3.54	5.795	0.075	18.74	5494	950	948	0.995	0.083	99.8
3.54-3.73	5.67	0.061	21.55	5290	934	933	0.997	0.067	99.9
3.73-3.95	5.639	0.054	23.78	4833	858	857	0.997	0.059	99.9
3.95-4.23	5.627	0.05	25.23	4625	823	822	0.998	0.055	99.9
4.23-4.56	5.531	0.045	27.38	4331	783	783	0.997	0.05	100
4.56-5	5.587	0.045	28.58	4034	722	722	0.997	0.05	100
5-5.59	5.574	0.042	27.89	3584	643	643	0.998	0.046	100
5.59-6.46	5.614	0.044	28.41	3256	582	580	0.998	0.049	99.7
6.46-7.91	5.38	0.045	28.76	2706	504	503	0.997	0.05	99.8
7.91-11.18	5.116	0.049	30.25	2067	406	404	0.994	0.054	99.5
11.18-43.562	4.364	0.058	27.51	995	243	228	0.996	0.066	93.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JA2

2ja2

解像度: 2.5→43.562 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2809	1740	10.09 %
R_work	0.2339	-	-
obs	0.2386	17249	96.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 167.47 Å² / B_iso mean: 63.2034 Å² / B_iso min: 24.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→43.562 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3215	0	4	27	3246
B_iso mean	-	-	66.35	50.73	-
残基数	-	-	-	-	430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3287
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.502	4468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.408	1956

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5001-2.5736	0.3807	135	0.3132	1172	1307	91
2.5736-2.6567	0.3096	137	0.2802	1210	1347	93
2.6567-2.7516	0.3275	141	0.2783	1235	1376	95
2.7516-2.8618	0.3397	141	0.2828	1253	1394	95
2.8618-2.992	0.3588	141	0.2821	1282	1423	97
2.992-3.1497	0.3274	143	0.2883	1269	1412	98
3.1497-3.3469	0.2977	146	0.2797	1297	1443	98
3.3469-3.6052	0.3164	147	0.2489	1315	1462	99
3.6052-3.9678	0.2963	146	0.2181	1323	1469	99
3.9678-4.5415	0.2344	151	0.1944	1347	1498	99
4.5415-5.7197	0.265	151	0.2	1365	1516	100
5.7197-43.5681	0.2242	161	0.2173	1441	1602	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7662	1.5956	2.8131	5.9489	-1.3455	3.7623	-0.2796	0.5528	-0.2959	-0.2392	-0.2289	0.1534	-0.3865	0.3096	0.3629	0.416	0.0321	0.0161	0.3698	-0.0148	0.2772	69.4212	37.6773	29.1129
2	3.7213	-0.4095	2.8933	0.8622	-0.2958	2.4625	-0.0067	0.8596	0.6543	-0.0165	-0.1751	-0.3971	-0.2785	0.6512	0.2435	0.6181	-0.0677	0.0107	0.4294	0.0089	0.421	64.5731	48.2187	28.5481
3	6.2197	-0.6815	0.1979	6.3006	2.327	6.9146	0.0074	-0.0533	-0.2415	0.1335	-0.2987	0.6871	0.1975	-1.2235	0.1173	0.447	-0.0072	0.0662	0.3328	-0.0335	0.3439	37.5092	44.1189	30.5469
4	4.307	-0.8584	-0.5096	5.0191	-0.296	2.0864	-0.1959	-0.1762	-0.4104	0.1349	0.3924	0.147	0.1346	0.1536	-0.1798	0.4959	0.0575	-0.0267	0.3104	0.0206	0.2632	53.2584	35.3523	26.8704
5	2.0694	-0.7081	0.6515	2.1208	0.1354	3.0848	0.0827	-0.1758	-0.2493	0.1399	0.1533	-0.0946	0.6029	-0.3028	-0.2895	0.4626	-0.0003	-0.045	0.2554	-0.0286	0.5062	62.9079	30.0773	36.6318
6	3.6853	-0.8308	0.3957	2.7141	-0.088	4.3599	0.3164	0.239	-0.798	-0.1785	-0.0877	-0.2207	0.8875	0.741	-0.2251	0.5595	0.1933	-0.0735	0.4242	-0.0493	0.5177	78.9683	25.5129	37.135
7	3.2592	-0.7933	3.8652	3.3015	-2.5071	7.7294	-0.2169	0.3616	0.0675	0.0044	0.0613	0.179	-0.0217	0.6488	0.1362	0.4109	0.1305	-0.0371	0.6475	0.0415	0.4288	97.3982	33.945	55.1014
8	3.438	-0.0925	-2.3722	3.7818	0.9628	1.9428	-0.2577	1.1198	0.4552	0.498	-0.5602	-0.7084	-0.1322	1.0896	0.3104	0.4562	-0.0254	-0.3347	1.0365	0.2369	0.6469	111.1201	29.3345	66.8363

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 48 )	A	2 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 92 )	A	49 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 149 )	A	93 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 217 )	A	150 - 217
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 218 through 247 )	A	218 - 247
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 248 through 313 )	A	248 - 313
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 314 through 380 )	A	314 - 380
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 381 through 462 )	A	381 - 462

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