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- PDB-6b1g: Solution structure of TDP-43 N-terminal domain dimer. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b1g
タイトルSolution structure of TDP-43 N-terminal domain dimer.
要素
  • TAR DNA-binding protein 43, S48E Mutant
  • TAR DNA-binding protein 43, Y4R Mutant
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TDP-43 / Amyotrophic Lateral Sclerosis / Protein Aggregation / RNA binding protein / Protein self-assembly / Dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / negative regulation of protein phosphorylation / host-mediated suppression of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / RNA splicing ...nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / negative regulation of protein phosphorylation / host-mediated suppression of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / RNA splicing / response to endoplasmic reticulum stress / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / regulation of circadian rhythm / regulation of protein stability / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of protein import into nucleus / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / rhythmic process / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / lipid binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / : / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TAR DNA-binding protein 43
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Naik, M.T. / Wang, A. / Conicella, A. / Fawzi, N.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM118530 米国
ALS Association17-IIP-342 米国
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: A single N-terminal phosphomimic disrupts TDP-43 polymerization, phase separation, and RNA splicing.
著者: Wang, A. / Conicella, A.E. / Schmidt, H.B. / Martin, E.W. / Rhoads, S.N. / Reeb, A.N. / Nourse, A. / Ramirez Montero, D. / Ryan, V.H. / Rohatgi, R. / Shewmaker, F. / Naik, M.T. / Mittag, T. / ...著者: Wang, A. / Conicella, A.E. / Schmidt, H.B. / Martin, E.W. / Rhoads, S.N. / Reeb, A.N. / Nourse, A. / Ramirez Montero, D. / Ryan, V.H. / Rohatgi, R. / Shewmaker, F. / Naik, M.T. / Mittag, T. / Ayala, Y.M. / Fawzi, N.L.
履歴
登録2017年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAR DNA-binding protein 43, S48E Mutant
B: TAR DNA-binding protein 43, Y4R Mutant


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4412
ポリマ－18,4412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Please see our paper for additional details.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1490 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9140 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TAR DNA-binding protein 43, S48E Mutant / TDP-43


分子量: 9244.335 Da / 分子数: 1 / 断片: NTD domain / 変異: S48E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TARDBP, TDP43 / プラスミド: pJ411/TDP-43 S48E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13148
#2: タンパク質 TAR DNA-binding protein 43, Y4R Mutant / TDP-43


分子量: 9196.318 Da / 分子数: 1 / 断片: NTD domain / 変異: Y4R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TARDBP, TDP43 / プラスミド: pJ411/TDP-43 Y4R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13148

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC
142isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic23D HNCO
1222isotropic23D HNCO
1211isotropic23D HNCA
1202isotropic23D HNCA
1191isotropic23D CBCA(CO)NH
1182isotropic23D CBCA(CO)NH
1171isotropic23D HBHA(CO)NH
1162isotropic23D HBHA(CO)NH
1151isotropic23D (H)CCH-COSY
1242isotropic23D CCH-TOCSY
1231isotropic23D CCH-TOCSY
1142isotropic23D (H)CCH-COSY
1131isotropic2(HB)CB(CGCD)HD
1122isotropic2(HB)CB(CGCD)HD
1111isotropic2(HB)CB(CGCDCE)HE
1102isotropic2(HB)CB(CGCDCE)HE
191isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1272isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1261isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1252isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
181isotropic13D 1H-15N NOESY
172isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic23D Filtered 1H-13C NOESY
1292isotropic23D Filtered 1H-13C NOESY
1281isotropic23D Filtered 1H-15N NOESY
1302isotropic23D Filtered 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TDP-43 NTD S48E, 2.0 mM TDP-43 NTD Y4R, 20 mM HEPES, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O13C, 15N- S48E + Unlabeled Y4R (1:3)S48E Complex90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TDP-43 NTD Y4R, 2 mM TDP-43 NTD S48E, 20 mM HEPES, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O13C, 15N- Y4R + Unlabeled S48E (1:3)Y4R Complex90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMTDP-43 NTD S48E[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2.0 mMTDP-43 NTD Y4Rnatural abundance1
20 mMHEPESnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.7 mMTDP-43 NTD Y4R[U-99% 13C; U-99% 15N]2
2 mMTDP-43 NTD S48Enatural abundance2
20 mMHEPESnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
試料状態詳細: Data acquired in 5mm NMR tubes. / イオン強度: 0 mM / Ionic strength err: 0.01 / Label: Condition 1 / pH: 6.8 / PH err: 0.01 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.1 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8501TCI HCN z-gradient cryoprobe
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II5002TCI HCN z-gradient cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.45Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardpeak picking
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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