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- PDB-6b1d: Structure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 with Quercetin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b1d
タイトルStructure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 with Quercetin
要素Ara h 8 allergen
キーワードPROTEIN BINDING / PLANT PROTEIN / PEANUT / ALLERGEN / QUERCETIN
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / Ara h 8 allergen
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 with Quercetin
著者: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.
履歴
登録2017年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ara h 8 allergen
B: Ara h 8 allergen
C: Ara h 8 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3116
ポリマ－50,5263
非ポリマー7853
水1,20767
1
A: Ara h 8 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1442
ポリマ－16,8421
非ポリマー3021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ara h 8 allergen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8421
ポリマ－16,8421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ara h 8 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3243
ポリマ－16,8421
非ポリマー4822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.938, 52.000, 55.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 1 - 156

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Ara h 8 allergen


分子量: 16842.014 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物 ChemComp-QUE / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / QUERCETIN / クエルセチン


分子量: 302.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O7
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 16565 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 836 / Rpim(I) all: 0.371 / Rrim(I) all: 0.677 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MAP

4map


解像度: 2.51→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.027 / ESU R Free: 0.338 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27278 814 4.9 %RANDOM
Rwork0.23532 ---
obs0.23726 15747 96.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.495 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å23.6 Å2
2---4.71 Å2-0 Å2
3---3.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3497 0 56 67 3620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193623
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6432.0084925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7737929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3785465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92826.471136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93615597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.914153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8483.5451869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8483.5441868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1895.3122331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1895.3132332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6563.7871754
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6543.7871754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8145.622595
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.1130.8183900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.09630.7983894
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A147180.16
12B147180.16
21A154420.14
22C154420.14
31B157440.17
32C157440.17
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.575 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 50 -
Rwork0.319 1097 -
obs--91.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.98010.1729-0.85033.33470.54441.86820.1565-0.453-0.2494-0.0103-0.1622-0.4654-0.22540.34030.00570.0422-0.0590.01960.2580.00930.164846.2419.568-16.078
21.51151.0026-1.3092.54510.02651.67550.0834-0.1485-0.13060.5046-0.1024-0.3574-0.02610.06920.01910.38190.0022-0.1440.34080.03740.07492.9820.07813.826
32.295-0.0091-0.95982.7644-0.17031.91790.0241-0.0977-0.10560.0699-0.0806-0.2257-0.22440.32240.05650.1387-0.035-0.05670.17630.01820.047719.08223.793-1.482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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