+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6azc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Physcomitrella patens KAI2-like E S166A | ||||||
![]() | Pp-KAI2-like E | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / strigolactone binding | ||||||
機能・相同性 | alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / AB hydrolase-1 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Burger, M. / Lee, H.J. / Chory, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Karrikin and Non-natural Strigolactone Perception in Physcomitrella patens. 著者: Burger, M. / Mashiguchi, K. / Lee, H.J. / Nakano, M. / Takemoto, K. / Seto, Y. / Yamaguchi, S. / Chory, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 88.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 443.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29879.115 Da / 分子数: 2 / 変異: S166A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PHYPADRAFT_215526 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.9 Å / Num. obs: 35204 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.07743 / Rpim(I) all: 0.04693 / Net I/σ(I): 11.52 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Mean I/σ(I) obs: 8.12 / Num. unique obs: 3382 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.07907 / % possible all: 97.66 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 6AZB 解像度: 2.00001213332→46.8922764945 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 5.13869702 / 位相誤差: 36.7910091517
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.358351877 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.00001213332→46.8922764945 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|