PDB-6ays: Crystal structure of Campylobacter jejuni 5'-methylthioadenosine/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ays

タイトル

Crystal structure of Campylobacter jejuni 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with hexylthio-DADMe-Immucillin-A

要素

5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

キーワード

HYDROLASE / TRANSFERASE / MTAN enzyme / Foodborne Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Transition-State Analogues of Campylobacter jejuni 5'-Methylthioadenosine Nucleosidase.
著者: Ducati, R.G. / Harijan, R.K. / Cameron, S.A. / Tyler, P.C. / Evans, G.B. / Schramm, V.L.

履歴

登録	2017年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ays.cif.gz	397.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ays.ent.gz	321.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ays.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ays_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ays_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6ays_validation.xml.gz	83.7 KB	表示
CIF形式データ	6ays_validation.cif.gz	119.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/6ays ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/6ays	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aymC 6ayoC 6ayqC 6ayrC 6aytC 4wknS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ayt-1 6ayt-2 3eei-d 3m41-d 4f2p-d 4o8r-2 5k1z-1 7c49-1 3v5f-d 3nm5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

C: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

D: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

E: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

F: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

G: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

H: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

214 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

G: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

H: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

F: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.367, 75.288, 90.437
Angle α, β, γ (deg.)	87.54, 89.05, 71.13
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 228 / Label seq-ID: 10 - 238

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase 分子量: 26312.426 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: A0M70_07260, AJY53_05400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1E7P7U4, UniProt: Q0PC20*PLUS, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-HT6 / (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-[(hexylsulfanyl)methyl]pyrrolidin-3-ol / Hexylthio-DADMe-Immucillin-A 分子量: 363.521 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₉N₅OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 200 mM Magnesium Chloride, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日
放射	モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→90.35 Å / Num. obs: 179940 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8786 / CC_1/2: 0.84 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WKN

4wkn

解像度: 1.7→90.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.881 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 2.715 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24786	8797	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23033	-	-	-
obs	0.23119	171111	97.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	-0.64 Å²	0.06 Å²
2-	-	0.19 Å²	0.07 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→90.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14049	0	220	1710	15979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	14599
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.334	1.995	19721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.894	3	32533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.253	5	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.144	25.966	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.647	15	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.054	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	16096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.034	2.153	7360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.034	2.152	7359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.796	3.221	9196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.796	3.221	9197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.256	2.37	7239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.256	2.37	7240
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.103	3.477	10506
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.375	26.962	16510
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.375	26.961	16511
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14590	0.05
1	2	B	14590	0.05
2	1	A	14590	0.06
2	2	C	14590	0.06
3	1	A	14516	0.06
3	2	D	14516	0.06
4	1	A	14608	0.05
4	2	E	14608	0.05
5	1	A	14554	0.06
5	2	F	14554	0.06
6	1	A	14566	0.07
6	2	G	14566	0.07
7	1	A	14566	0.06
7	2	H	14566	0.06
8	1	B	14612	0.05
8	2	C	14612	0.05
9	1	B	14500	0.06
9	2	D	14500	0.06
10	1	B	14606	0.05
10	2	E	14606	0.05
11	1	B	14644	0.05
11	2	F	14644	0.05
12	1	B	14650	0.05
12	2	G	14650	0.05
13	1	B	14616	0.05
13	2	H	14616	0.05
14	1	C	14440	0.07
14	2	D	14440	0.07
15	1	C	14584	0.06
15	2	E	14584	0.06
16	1	C	14576	0.06
16	2	F	14576	0.06
17	1	C	14594	0.06
17	2	G	14594	0.06
18	1	C	14598	0.05
18	2	H	14598	0.05
19	1	D	14464	0.06
19	2	E	14464	0.06
20	1	D	14538	0.05
20	2	F	14538	0.05
21	1	D	14498	0.07
21	2	G	14498	0.07
22	1	D	14478	0.06
22	2	H	14478	0.06
23	1	E	14568	0.06
23	2	F	14568	0.06
24	1	E	14614	0.06
24	2	G	14614	0.06
25	1	E	14602	0.05
25	2	H	14602	0.05
26	1	F	14592	0.06
26	2	G	14592	0.06
27	1	F	14580	0.05
27	2	H	14580	0.05
28	1	G	14574	0.06
28	2	H	14574	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	657	-
R_work	0.233	12455	-
obs	-	-	95.82 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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