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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ayr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Campylobacter jejuni 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with butylthio-DADMe-Immucillin-A | ||||||
要素 | 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TRANSFERASE / MTAN enzyme / Foodborne Diseases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018 タイトル: Transition-State Analogues of Campylobacter jejuni 5'-Methylthioadenosine Nucleosidase. 著者: Ducati, R.G. / Harijan, R.K. / Cameron, S.A. / Tyler, P.C. / Evans, G.B. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ayr.cif.gz | 194.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ayr.ent.gz | 154.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ayr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ayr_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ayr_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ayr_validation.xml.gz | 36.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ayr_validation.cif.gz | 49.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/6ayr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/6ayr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 228 / Label seq-ID: 10 - 238
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26312.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: A0M70_07260, AJY53_05400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1E7P7U4, UniProt: Q0PC20*PLUS, adenosylhomocysteine nucleosidase #2: 化合物 | ChemComp-BIG / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 800 mM Lithium Chloride, 32% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→73.72 Å / Num. obs: 65501 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4607 / CC1/2: 0.66 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WKN 解像度: 1.95→73.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.012 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→73.72 Å
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拘束条件 |
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