PDB-6awz: Structure of PR-10 allergen from peanut (Ara h 8.01).

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6awz

タイトル

Structure of PR-10 allergen from peanut (Ara h 8.01).

要素

Ara h 8 allergen

キーワード

PLANT PROTEIN / PEANUT / ALLERGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / Majorek, K. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01.
著者: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6awz.cif.gz	138.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6awz.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6awz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6awz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6awz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6awz_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	6awz_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6awz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6awz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6awrC 6awsC 6awtC 6awuC 6awvC 6awwC 6awxC 6awyC 6ax0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6aww-1 4m9w-2 6awv-3 6ax0-2 4y31-d 6awx-2 6aww-2 4ryv-d 3a0t-d 4m9b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ara h 8 allergen

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.869, 91.096, 55.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 1 - 156

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Ara h 8 allergen 分子量: 16842.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20 % PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M MgCl2, 20 % PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 23619 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.057 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 41.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1090 / R_pim(I) all: 0.223 / R_rim(I) all: 0.566 / R_sym value: 0.379 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		精密化

精密化

解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25649	1218	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21389	-	-	-
obs	0.21603	22375	98.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.501 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	15	169	2554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.72	1.998	3279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.808	5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.653	26.596	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.206	15	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.761	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.196	3.31	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.566	4.948	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.554	3.625	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.442	29.299	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 386 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	105	-
R_work	0.349	1416	-
obs	-	-	87.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7277	1.6102	-0.8854	11.1174	-4.2636	6.0316	0.0647	-0.1951	0.1436	0.4774	-0.0008	0.4893	0.2682	-0.0113	-0.0639	0.109	0.0455	0.0367	0.31	-0.012	0.108	-9.798	32.533	-44.698
2	4.9021	-0.8701	-1.3924	10.2652	1.2484	5.2374	0.0594	0.1935	0.3633	-1.6552	0.2703	0.1856	0.1707	-0.3893	-0.3298	0.3612	-0.0122	-0.0502	0.166	0.0334	0.049	-5.973	39.716	-60.482
3	8.4508	5.2364	0.4616	10.8319	0.41	2.229	0.4025	-0.3263	-0.2038	-2.43	-0.1935	0.1964	0.7815	-0.0768	-0.209	1.2764	-0.0537	-0.1875	0.28	0.0012	0.0433	-6.563	28.626	-65.424
4	4.2382	-3.5086	-4.1096	11.3889	5.5452	7.7894	-0.3833	0.0987	-0.0557	-0.5774	0.1323	0.6395	0.8555	-0.1965	0.2511	0.3556	-0.036	-0.0577	0.2601	0.0448	0.0505	-9.522	25.756	-55.619
5	1.8442	-3.1363	-1.7751	11.6091	0.6782	3.6942	-0.2447	0.0465	-0.0795	0.8744	0.0963	0.7352	0.6881	-0.2952	0.1484	0.46	-0.0493	0.1753	0.2951	-0.0245	0.1878	-11.076	28.943	-46.392
6	6.6387	-2.7899	0.9362	13.797	-1.5455	2.8673	-0.1338	-0.4046	-0.1402	-0.5218	0.0078	-0.4522	0.3737	0.34	0.1259	0.3275	0.1534	0.1238	0.367	0.0442	0.2529	2.123	19.722	-47.863
7	2.0744	-3.8508	1.0914	12.672	-3.1489	2.5554	-0.1789	-0.1905	0.0095	-0.299	0.1107	0.2103	0.0413	-0.1063	0.0681	0.2233	0.0216	0.0085	0.3205	0.0107	0.3001	-5.373	41.279	-52.559
8	0.5158	-1.3862	1.2985	5.8917	-3.4135	3.6707	0.2699	0.1555	-0.014	-0.8366	-0.182	0.092	0.591	0.145	-0.0878	0.2772	0.0339	0.0436	0.3074	-0.0081	0.1134	-7.638	13.318	-38.47
9	3.8771	-0.0793	1.2534	7.2591	0.8408	5.0687	-0.0352	-0.1389	-0.2143	-0.1488	0.281	0.0327	-0.0205	-0.3454	-0.2458	0.056	0.0125	0.014	0.2034	0.0215	0.136	-7.601	4.899	-23.076
10	16.2098	-1.4987	9.0859	9.4714	-1.7056	7.5355	0.1668	-0.7327	-0.2765	1.0116	-0.0018	0.5987	-0.166	-0.8072	-0.1651	0.2586	0.0727	0.1913	0.3265	0.0459	0.2101	-16.025	16.126	-15.597
11	11.6412	-2.6592	5.9148	8.5977	-1.653	4.8608	-0.389	0.3064	-0.1579	1.4479	0.5712	-0.3783	-0.7942	0.096	-0.1821	0.4203	0.0613	-0.0159	0.3043	-0.0658	0.048	-4.782	17.325	-18.088
12	1.1346	0.6386	1.4968	8.8004	0.5292	5.3232	-0.1205	-0.0852	0.063	-0.032	0.0658	0.556	-0.1568	-0.1558	0.0547	0.054	0.0327	0.0417	0.3278	0.0189	0.1261	-10.346	17.136	-29.527
13	1.6133	2.019	1.2783	16.4093	2.2446	3.241	-0.0993	0.0541	0.0655	-0.5655	0.0391	0.4412	0.0571	0.0911	0.0602	0.1974	0.0206	0.0139	0.3002	0.021	0.097	-8.315	17.78	-36.37
14	0.9764	1.6321	0.2343	11.9533	-2.8093	1.9562	-0.0339	0.0775	-0.1337	-0.5871	-0.0405	-0.5281	0.2958	0.1381	0.0743	0.081	0.0116	0.0615	0.2388	0.0059	0.2051	-2.326	10.243	-31.084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	42 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	74 - 101
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	102 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	126 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	136 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 15
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	16 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	41 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	51 - 73
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	74 - 106
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	107 - 125
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	126 - 157

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)