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- PDB-6awy: Structure of peanut allergen Ara h 8.01. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6awy
タイトルStructure of peanut allergen Ara h 8.01.
要素Ara h 8 allergen
キーワードPROTEIN BINDING / PLANT PROTEIN / PEANUT / ALLERGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01.
著者: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ara h 8 allergen
B: Ara h 8 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0917
ポリマ－33,6842
非ポリマー4075
水2,468137
1
A: Ara h 8 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0343
ポリマ－16,8421
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ara h 8 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0574
ポリマ－16,8421
非ポリマー2153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.858, 103.209, 49.292
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 1 - 156

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Ara h 8 allergen


分子量: 16842.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, 34% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 20403 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1022 / Rpim(I) all: 0.31 / Rrim(I) all: 0.598 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MAP

4map


解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 990 4.9 %RANDOM
Rwork0.20635 ---
obs0.20879 19340 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å2-0 Å20.83 Å2
2---2 Å2-0 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2354 0 21 137 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61423271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4455310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94526.44490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91915421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.539152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4593.6271246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8595.4261554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3154.1671168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.17234.6369693
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 374 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 82 -
Rwork0.274 1403 -
obs--99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.521-0.7976-0.31514.33570.82651.38740.0637-0.057-0.1820.1121-0.06650.2234-0.02690.03370.00270.06660.00540.00190.1328-0.00570.10911.03-3.13221.623
20.54410.9260.33993.7452-1.27692.8124-0.08480.0268-0.0667-0.30990.25050.01040.1254-0.1356-0.16580.04520.01080.02090.1790.00990.04891.937-0.7683.012
35.3282-5.66913.13829.1485-3.43562.17950.07030.5523-0.01170.188-0.3544-0.2421-0.07820.28570.28420.09210.0659-0.09040.2339-0.02540.28126.063.65613.44
42.2221-3.99273.182710.9459-7.28545.79550.02760.1726-0.12310.3707-0.11850.167-0.17880.07760.09090.07840.0358-0.00320.1299-0.03940.1281-0.1312.03118.811
50.3142-0.8907-0.02164.56110.14131.19-0.0193-0.0259-0.0979-0.07520.11590.26990.0287-0.0597-0.09670.02560.0158-0.0130.1199-0.04390.1192-4.318-0.29214.299
60.3055-1.00610.56246.2044-0.48942.495-0.0917-0.03180.08610.5457-0.11380.1546-0.1178-0.05020.20550.0555-0.00790.03050.1387-0.01340.1488-10.953-25.85718.698
72.54291.47970.22516.96460.8040.3612-0.220.13440.1333-0.45560.2825-0.1081-0.03540.0457-0.06240.1079-0.03110.00640.1299-0.02010.028-3.567-29.1951.805
83.0022-2.6502-1.59867.9292.29991.0682-0.32510.1821-0.11720.37130.10660.59790.1825-0.00890.21850.05050.0170.01050.15090.04920.1292-9.769-31.90814.59
90.25851.1097-0.51136.0681-1.6821.2436-0.0345-0.0514-0.0738-0.0915-0.1008-0.46930.09290.13190.13530.05520.03020.00020.1260.03180.1612-1.637-31.90716.531
1022.5493-17.0792-2.960313.21212.18570.4123-0.4321-0.27730.13690.19480.4092-0.07360.081-0.00150.02290.1447-0.0763-0.05930.15060.02470.1994-14.626-4.1879.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3A71 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4A89 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5A118 - 157
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7B23 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8B72 - 115
9X-RAY DIFFRACTION9B116 - 152
10X-RAY DIFFRACTION10B153 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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