PDB-6awv: Ara h 8.01 in complex with epicatechin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6awv

タイトル

Ara h 8.01 in complex with epicatechin

要素

Ara h 8 allergen

キーワード

PROTEIN BINDING / PLANT PROTEIN / PEANUT / ALLERGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / Perdue, M. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01.
著者: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6awv.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6awv.ent.gz	154 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6awv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6awv_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6awv_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6awv_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	6awv_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6awv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6awv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6awrC 6awsC 6awtC 6awuC 6awwC 6awxC 6awyC 6awzC 6ax0C 4mapS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ax0-2 6ax0-1 4m9w-1 6aws-3 6b1d-1 6awt-4 6awz-1 6awt-2 6b1d-3 6awt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ara h 8 allergen

B: Ara h 8 allergen

C: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

51.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.519, 52.232, 56.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	3 - 156	2 - 155
2	1	VAL	VAL	GLN	GLN	B	B	3 - 156	2 - 155
1	2	GLY	GLY	TYR	TYR	A	A	2 - 157	1 - 156
2	2	GLY	GLY	TYR	TYR	C	C	2 - 157	1 - 156
1	3	VAL	VAL	GLN	GLN	B	B	3 - 156	2 - 155
2	3	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	3 - 156	2 - 155

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Ara h 8 allergen 分子量: 16842.014 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物	ChemComp-28E / (2R,3R)-2-(3,4-dihydroxyphenyl)-3,4-dihydro-2H-chromene-3,5,7-triol / Epicatechin / エピカテキン分子量: 290.268 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM magnesium chloride hexahydrate, 100 mM HEPES, pH 7.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→40 Å / Num. obs: 16860 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.071 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 817 / R_pim(I) all: 0.324 / R_rim(I) all: 0.633 / R_sym value: 0.45 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MAP

4map

解像度: 2.55→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.855 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2622	820	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21896	-	-	-
obs	0.22115	16040	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.461 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	-0 Å²	3.24 Å²
2-	-	-3.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.55→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3488	0	95	27	3610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	3655
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	2.02	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.993	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.553	26.444	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.132	15	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.953	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.213	4.399	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.807	6.587	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.171	4.735	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.825	42.005	14598
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	378	0.17
1	2	B	378	0.17
2	1	A	396	0.2
2	2	C	396	0.2
3	1	B	364	0.2
3	2	C	364	0.2

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	46	-
R_work	0.354	1052	-
obs	-	-	89.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6757	0.4856	-0.8522	1.678	0.4258	1.7343	0.111	0.0369	-0.0056	0.0634	-0.2307	0.2311	0.0503	-0.2772	0.1198	0.1727	0.002	0.1318	0.2577	-0.063	0.1451	-20.556	-3.933	2.687
2	1.9223	1.0207	-0.5232	3.5766	0.7245	4.2535	0.1386	0.1554	0.1562	-0.1715	-0.0419	-0.1807	-0.0571	-0.2267	-0.0966	0.1337	0.0741	0.1008	0.1413	0.0061	0.1361	-14.879	4.207	-1.437
3	5.2017	4.6997	-2.6058	7.9736	-2.5571	2.3364	0.3637	-0.0401	0.1005	-0.347	-0.415	0.4768	0.2615	0.031	0.0513	0.4088	0.0207	0.111	0.3787	-0.0431	0.2231	-27.1	0.115	10.765
4	2.9579	0.3259	-0.9636	3.3126	-1.2954	2.7447	-0.0212	0.3088	-0.2429	-0.1382	-0.2007	-0.2431	-0.1146	0.1351	0.2219	0.2596	0.0293	0.0655	0.2325	-0.0359	0.0609	1.348	-23.793	-17.373
5	0.9342	-0.7287	-1.5813	3.0664	0.9397	2.7458	-0.0064	0.1097	-0.1274	-0.0759	-0.1977	0.1284	-0.0398	-0.1175	0.2042	0.2159	0.0074	0.039	0.2271	-0.0563	0.1048	-4.904	-22.117	-10.924
6	9.0304	1.5584	-5.1032	2	-1.8064	3.436	0.1245	0.1917	0.1539	0.0428	-0.0559	0.157	-0.1204	-0.0667	-0.0686	0.1632	-0.0147	-0.0061	0.2762	-0.0029	0.1677	-4.261	-27.279	-18.251
7	4.4419	-0.3302	-3.9551	3.2667	0.0352	4.6144	-0.0154	0.7905	-0.0881	-0.1206	0.0996	0.0677	-0.0428	-0.853	-0.0842	0.0472	-0.061	0.0764	0.434	-0.0842	0.1502	-43.558	-1.701	12.43
8	3.4941	-0.3967	-1.4714	3.5205	0.1307	2.1007	-0.1301	0.5045	-0.345	0.2856	0.1723	0.782	0.0295	-0.682	-0.0423	0.1445	-0.0487	0.2267	0.4645	0.0036	0.4151	-49.826	-3.422	19.864
9	3.9927	-1.7759	-2.6088	2.494	2.4917	2.7605	-0.0363	0.0819	-0.0686	0.4674	0.0422	0.0039	0.4156	0.0529	-0.0058	0.4399	0.0032	0.079	0.4557	-0.0167	0.278	-37.915	0.593	11.243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	138 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 41
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	42 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	121 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 43
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	44 - 133
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	134 - 157

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関連情報:EMDBヘッダ

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