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- PDB-6awp: X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6awp
タイトルX-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with fluvoxamine at the central site
要素
  • (8B6 antibody FAB ...) x 2
  • Sodium-dependent serotonin transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Neurotransmitter transporter / antidepressant
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / Serotonin clearance from the synaptic cleft / serotonergic synapse / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / serotonin:sodium:chloride symporter activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / sperm ejaculation / enteric nervous system development ...negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / Serotonin clearance from the synaptic cleft / serotonergic synapse / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / serotonin:sodium:chloride symporter activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / sperm ejaculation / enteric nervous system development / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin uptake / cellular response to cGMP / negative regulation of organ growth / sodium ion binding / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / conditioned place preference / serotonin binding / vasoconstriction / brain morphogenesis / neurotransmitter transport / antiporter activity / syntaxin-1 binding / amino acid transport / nitric-oxide synthase binding / membrane depolarization / social behavior / behavioral response to cocaine / negative regulation of neuron differentiation / sodium ion transmembrane transport / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / response to nutrient / complement activation, classical pathway / antigen binding / response to toxic substance / memory / platelet aggregation / circadian rhythm / actin filament binding / integrin binding / response to estradiol / presynaptic membrane / antibacterial humoral response / postsynaptic membrane / blood microparticle / endosome membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / neuron projection / immune response / membrane raft / focal adhesion / synapse / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, serotonin, N-terminal / Serotonin (5-HT) neurotransmitter transporter, N-terminus / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...Sodium:neurotransmitter symporter, serotonin, N-terminal / Serotonin (5-HT) neurotransmitter transporter, N-terminus / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Fluvoxamine / MAb 106 heavy chain / MAb 110 light chain / Sodium-dependent serotonin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Coleman, J.A. / Gouaux, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)5R37MH070039 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for recognition of diverse antidepressants by the human serotonin transporter.
著者: Coleman, J.A. / Gouaux, E.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium-dependent serotonin transporter
B: 8B6 antibody FAB heavy chain
C: 8B6 antibody FAB light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,49010
ポリマ－110,2623
非ポリマー1,2297
水181
1
A: Sodium-dependent serotonin transporter
ヘテロ分子

B: 8B6 antibody FAB heavy chain
C: 8B6 antibody FAB light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,49010
ポリマ－110,2623
非ポリマー1,2297
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+5/21
Buried area6600 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area41320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.490, 163.860, 140.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 8B6 antibody FAB heavy chain


分子量: 24853.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: HC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0F7R1P3
#3: 抗体 8B6 antibody FAB light chain


分子量: 23718.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: LC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0F7R5U8

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Sodium-dependent serotonin transporter / SERT / 5HT transporter / 5HTT / Solute carrier family 6 member 4


分子量: 61689.766 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 76-618 / 変異: Y110A, I291A, T439S, C554A, C580A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A4, HTT, SERT / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31645
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-FVX / Fluvoxamine / 2-[({(1E)-5-methoxy-1-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pentylidene}amino)oxy]ethanamine


分子量: 318.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21F3N2O2 / コメント: 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 75 mM Li2SO4, 75 mM Na2SO4, 34% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→30 Å / Num. obs: 24814 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 8.36
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 1328 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2597)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i6x

5i6x


解像度: 3.8→29.443 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 35.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 1253 5.05 %
Rwork0.2453 --
obs0.2466 24814 87.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7598 0 81 1 7680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98210800
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8432742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2191220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8001-3.95190.43581140.40682206X-RAY DIFFRACTION74
3.9519-4.13130.40651350.36312396X-RAY DIFFRACTION80
4.1313-4.34840.35451310.3042536X-RAY DIFFRACTION83
4.3484-4.61990.29111420.25922627X-RAY DIFFRACTION88
4.6199-4.9750.29151400.24492684X-RAY DIFFRACTION90
4.975-5.47280.3111370.2352654X-RAY DIFFRACTION88
5.4728-6.25810.29891500.24092785X-RAY DIFFRACTION94
6.2581-7.85960.27741500.27322871X-RAY DIFFRACTION95
7.8596-29.44410.21781540.20932802X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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