PDB-6at6: Crystal structure of the KFJ5 TCR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6at6

タイトル

Crystal structure of the KFJ5 TCR

要素

T-cell receptor alpha variable 4, T-cell receptor, sp3.4 alpha chain chimera
T-cell receptor beta variable 28, Human nkt tcr beta chain chimera

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunogolbulin

機能・相同性

機能・相同性情報

T cell receptor complex / immune system process / response to bacterium / peptide antigen binding / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.417 Å

データ登録者

Gully, B.S. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Divergent T-cell receptor recognition modes of a HLA-I restricted extended tumour-associated peptide.
著者: Chan, K.F. / Gully, B.S. / Gras, S. / Beringer, D.X. / Kjer-Nielsen, L. / Cebon, J. / McCluskey, J. / Chen, W. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2017年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6at6.cif.gz	116.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6at6.ent.gz	86.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6at6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6at6_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6at6_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	6at6_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	6at6_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/6at6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/6at6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6at5C 6avfC 6avgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2eys-d 2vlm-d 1kgc-d 5iw1-1 6frc-d 6uk4-2 2nw2-d 3dx9-1 4nqd-4 4gg8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1)

登録構造単位

B: T-cell receptor beta variable 28, Human nkt tcr beta chain chimera

A: T-cell receptor alpha variable 4, T-cell receptor, sp3.4 alpha chain chimera

51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.904, 73.360, 123.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	T-cell receptor beta variable 28, Human nkt tcr beta chain chimera / V_segment translation product 分子量: 28225.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCRBV3S1, TRBV28, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B6, UniProt: K7N5M4
#2: タンパク質	T-cell receptor alpha variable 4, T-cell receptor, sp3.4 alpha chain chimera / T-cell receptor / sp3.4 beta chain 分子量: 23329.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J268, UniProt: K7N5N2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 25 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.417→46.25 Å / Num. obs: 86034 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.417→1.49 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 12212 / R_pim(I) all: 0.198 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.417→39.121 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2184	4245	4.95 %
R_work	0.1975	-	-
obs	0.1985	85838	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.417→39.121 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3440	0	0	618	4058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3535
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	4788
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.393	1302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	625

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4172-1.4333	0.3238	121	0.3265	2498	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4333-1.4501	0.2527	146	0.2471	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4501-1.4678	0.3765	130	0.3042	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4678-1.4864	0.2988	156	0.2551	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4864-1.506	0.2899	132	0.2581	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.506-1.5266	0.2428	145	0.211	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5266-1.5484	0.2222	145	0.1983	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5484-1.5715	0.2076	132	0.1916	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5715-1.5961	0.2031	170	0.1829	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5961-1.6222	0.2181	151	0.1883	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6222-1.6502	0.219	144	0.1877	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6502-1.6802	0.2453	133	0.1909	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6802-1.7125	0.2006	144	0.1871	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7125-1.7475	0.206	137	0.1827	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7475-1.7855	0.2069	139	0.1897	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7855-1.827	0.2405	148	0.1959	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.827-1.8727	0.247	132	0.1976	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8727-1.9233	0.2298	127	0.2281	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9233-1.9799	0.2599	141	0.2405	2652	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9799-2.0438	0.1911	140	0.1911	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0438-2.1169	0.1946	145	0.1774	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1169-2.2016	0.2389	148	0.1873	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2016-2.3018	0.2752	133	0.2386	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3018-2.4232	0.2199	152	0.205	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4232-2.575	0.2169	153	0.1922	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.575-2.7737	0.2155	143	0.1996	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7737-3.0528	0.216	133	0.1868	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0528-3.4943	0.1915	137	0.1729	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4943-4.4014	0.1856	142	0.1764	2779	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4014-39.1357	0.171	146	0.1723	2816	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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