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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6asu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with 4-methyl-phenyldiketoacid | ||||||
要素 | Malate synthase G | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / Acetyltransferase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate catabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding ...host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate catabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding / laminin binding / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.316 Å | ||||||
データ登録者 | Krieger, I.V. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Chem Inf Model / 年: 2018 タイトル: Anion-pi Interactions in Computer-Aided Drug Design: Modeling the Inhibition of Malate Synthase by Phenyl-Diketo Acids. 著者: Ellenbarger, J.F. / Krieger, I.V. / Huang, H.L. / Gomez-Coca, S. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Wheeler, S.E. / Dunbar, K.R. #1: ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2012 タイトル: Structure-guided discovery of phenyl-diketo acids as potent inhibitors of M. tuberculosis malate synthase. 著者: Krieger, I.V. / Freundlich, J.S. / Gawandi, V.B. / Roberts, J.P. / Sun, Q. / Owen, J.L. / Fraile, M.T. / Huss, S.I. / Lavandera, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6asu.cif.gz | 153.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6asu.ent.gz | 117.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6asu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6apzC 6as6C 6au9C 6axbC 6ba7C 6bu1C 6c2xC 6c6oC 6c7bC 6c8pC 6dkoC 6dl9C 6dljC 6dnpC 1n8iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80456.734 Da / 分子数: 1 / 変異: C619A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U3K4, UniProt: P9WK17*PLUS, malate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-BVS / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-NI / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, MgCl2, TRIS-HCl / PH範囲: 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.316→99 Å / Num. obs: 32534 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 5.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1N8I 解像度: 2.316→37.812 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.49
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.316→37.812 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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