PDB-6asl: Crystal Structure of Flavin monooxygenase CmoJ (earlier YtnJ) bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6asl

タイトル

Crystal Structure of Flavin monooxygenase CmoJ (earlier YtnJ) bound with FMN

要素

Putative monooxygenase MoxC

キーワード

FLAVOPROTEIN / Flavin monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bhandari, D.M. / Zhao, B. / Li, P. / Begley, T.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Flavin mediated Pummerer type rearrangement in cysteine salvage pathway
著者: Bhandari, D.M. / Krishnamoorthy, K. / Zhao, B. / Li, P. / Begley, T.P.

履歴

登録	2017年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6asl.cif.gz	264.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6asl.ent.gz	215.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6asl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6asl_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6asl_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6asl_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	6asl_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6askC 1yw1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u95-3 1vjt-1 3u95-1 3u95-2 6lfn-d 2nqq-1 6ask-1 2nqv-d 7br4-1 7brf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative monooxygenase MoxC

ヘテロ分子

50.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative monooxygenase MoxC

ヘテロ分子

A: Putative monooxygenase MoxC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.079, 87.079, 194.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Putative monooxygenase MoxC 分子量: 49669.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: moxC, ytnJ, BSU29310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34974
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-LFN / LUMIFLAVIN / 7,8,10-TRIMETHYLBENZO[G]PTERIDINE-2,4(3H,10H)-DIONE / 2,4-ジオキソ-7,8,10-トリメチル-1,2,3,4,5,10-ヘキサヒドロベンゾ[g]プテリジン-1,5-ジイ(以下略) 分子量: 256.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂N₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50mM HEPES pH 7.5, 200 mM KCl, 29%-33% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.925 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→38.943 Å / Num. obs: 59542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 16.14
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 1.029 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: 000)	精密化
PHENIX	(1.10.1_2155: 000)	位相決定
Coot		モデル構築
iMOSFLM	7.2.1	データ削減
PHENIX	(1.10.1_2155: 000)	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YW1

1yw1

解像度: 1.9→38.94 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	1998	3.36 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.173	59542	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3400	0	50	216	3666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3545
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.952	4810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.118	2080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	508
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	630

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9032-1.9508	0.3063	138	0.2717	4006	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9508-2.0035	0.2556	140	0.2273	4011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0035-2.0625	0.2134	141	0.2083	4046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0625-2.129	0.2277	140	0.1967	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.2051	0.2323	141	0.1787	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2051-2.2934	0.2021	142	0.1773	4094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2934-2.3978	0.2032	141	0.1729	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3978-2.5241	0.2068	141	0.176	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5241-2.6823	0.212	143	0.1779	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6823-2.8893	0.2112	142	0.184	4113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8893-3.1799	0.1915	144	0.1775	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1799-3.6398	0.2151	145	0.164	4175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6398-4.5846	0.1581	146	0.1466	4227	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5846-38.951	0.2115	154	0.1706	4407	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7309	-0.2497	0.1317	1.1444	-0.2805	2.3313	-0.0294	-0.0923	-0.1077	0.0249	-0.0068	-0.0283	0.2673	0.0882	0.0282	0.2543	-0.015	0.0256	0.2474	0.0092	0.2802	-12.8005	6.3941	-38.078
2	1.1204	0.0575	-0.4629	1.3293	0.3776	1.6007	-0.0409	0.118	-0.0793	0.0321	-0.0548	0.2032	0.2231	-0.4168	0.1651	0.308	-0.0675	-0.0212	0.3507	0.0176	0.3355	-28.0545	12.1191	-53.7942
3	0.6575	-0.1421	0.4903	1.2982	-0.7356	2.9991	-0.0569	-0.2382	-0.084	0.053	0.1794	0.2379	0.2112	-0.4175	-0.1323	0.3379	-0.0925	0.0079	0.4102	0.03	0.3923	-31.2011	0.923	-35.1472
4	2.7667	0.6317	1.2096	1.5096	-0.3008	3.938	0.1191	-0.2257	0.1953	0.4934	-0.039	0.0139	-0.3654	0.2309	0.0626	0.5101	-0.0844	0.0865	0.3412	0.05	0.3804	-16.3885	5.7532	-14.8557
5	3.1511	-3.4161	1.5079	4.1881	0.3355	8.6663	0.2718	-0.7463	0.0839	0.6203	0.0755	1.1511	-0.884	-1.5535	-0.1259	0.8919	0.0476	0.2309	0.7017	0.0951	0.9485	-26.1178	8.7143	-2.9727
6	1.5576	1.086	-0.0651	2.8845	-0.315	4.3906	0.0551	-0.0558	0.0894	0.151	-0.0172	-0.0402	0.2027	0.109	-0.0657	0.3407	0.0271	0.0363	0.2558	0.0564	0.3326	-15.7241	-3.8685	-19.9543
7	3.2435	-1.011	0.6571	4.802	-2.6471	7.8133	0.1151	0.2305	-0.2424	-0.6105	0.0606	0.3159	1.1305	0.0293	-0.2461	0.5601	-0.0635	0.0326	0.2486	-0.0159	0.3936	-18.4455	-12.8404	-39.8546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 126 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 127 THROUGH 205 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 206 THROUGH 257 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 258 THROUGH 318 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 319 THROUGH 345 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 346 THROUGH 402 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 403 THROUGH 432 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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