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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6asf
タイトルNMR and Restrained Molecular Dynamics Determination of the Structure of an Aza-Benzimidazole Derivative Complex with the DNA Minor Groove of an -AAGATA- Sequence
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Mixed base pair sequence / Minor groove / single GC base pair recognition
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Harika, N.K. / Germann, M.W. / Boykin, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111749 米国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2017
タイトル: First Structure of a Designed Minor Groove Binding Heterocyclic Cation that Specifically Recognizes Mixed DNA Base Pair Sequences.
著者: Harika, N.K. / Germann, M.W. / Wilson, W.D.
履歴
登録2017年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4712
ポリマ－5,4712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: AAGATA DNA hairpin was used for NMR calculations with loop region CTCT. For molecular dynamic (MD) calculations the hairpin loop was not used and calculations were done on a double strand DNA. ...根拠: AAGATA DNA hairpin was used for NMR calculations with loop region CTCT. For molecular dynamic (MD) calculations the hairpin loop was not used and calculations were done on a double strand DNA. Hairpin loop does not interfere in the complex formation.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area830 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3630 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 11all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3')


分子量: 2748.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 2721.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY 100MS
121isotropic22D 1H-1H NOESY 100MS
131isotropic12D 1H-1H NOESY 50MS
141isotropic22D 1H-1H NOESY 50MS
151isotropic12D 1H-1H NOESY 150MS
161isotropic12D 1H-1H NOESY 300MS
171isotropic12D 1H-1H CONSTANT TIME NOESY
181isotropic11D 31P
191isotropic11H, 31P-correlated 2D spectra (HPCOR)
1101isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.54 mM DNA hairpin, 10 mM Tris-d11 buffer, 10 mM sodium chloride, 0.14 mM EDTA, 0.4 mM DSS, 100% D2O
Label: 1H_sample / 溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.54 mMDNA hairpinnatural abundance1
10 mMTris-d11 buffernatural abundance1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
0.14 mMEDTAnatural abundance1
0.4 mMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.5 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.3 pH* / 圧: AMBIENT / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddard,T.D.; Kneller,D.G.chemical shift assignment
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
SparkyGoddard,T.D.; Kneller,D.G.chemical shift assignment
SparkyGoddard,T.D.; Kneller,D.G.peak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 11 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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