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万見
- PDB-6as4: Structure of a phage anti-CRISPR protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6as4
タイトルStructure of a phage anti-CRISPR protein
要素NHis AcrE1 anti-crispr protein
キーワードVIRAL PROTEIN / phage protein
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shah, M. / Calmettes, C. / Pawluk, A. / Mejdani, M. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. / Moraes, T.F.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-130482 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-136845 カナダ
引用ジャーナル: MBio / 年: 2017
タイトル: Disabling a Type I-E CRISPR-Cas Nuclease with a Bacteriophage-Encoded Anti-CRISPR Protein.
著者: Pawluk, A. / Shah, M. / Mejdani, M. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L.
履歴
登録2017年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NHis AcrE1 anti-crispr protein
B: NHis AcrE1 anti-crispr protein
C: NHis AcrE1 anti-crispr protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3653
ポリマ－36,3653
非ポリマー00
水2,702150
1
A: NHis AcrE1 anti-crispr protein
B: NHis AcrE1 anti-crispr protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2432
ポリマ－24,2432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
2
C: NHis AcrE1 anti-crispr protein

C: NHis AcrE1 anti-crispr protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2432
ポリマ－24,2432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.740, 63.530, 59.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NHis AcrE1 anti-crispr protein / phage anti-CRISPR protein


分子量: 12121.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phage
由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
遺伝子: JBD5_034 / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7P7L6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M ammonium citrate dibasic, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.585 Å / Num. obs: 23742 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 37.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1033 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.596 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / CC1/2: 0.529 / % possible all: 97.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AcrE1_CHis

解像度: 2→47.585 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 1188 5.01 %
Rwork0.1895 --
obs0.1915 23721 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.89 Å2 / Biso mean: 48.1355 Å2 / Biso min: 22.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2198 0 0 150 2348
Biso mean---45.34 -
残基数----278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9283117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.901868
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0910.34371450.30682741288697
2.091-2.20130.26861470.25462799294698
2.2013-2.33920.25181480.23772795294398
2.3392-2.51980.25631470.2152793294098
2.5198-2.77330.26821490.20642834298399
2.7733-3.17460.23891480.19852822297099
3.1746-3.99930.22511500.16962849299999
3.9993-47.59840.18351540.15742900305499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57861.12290.3282.69261.23071.5765-0.12720.26340.05170.02370.10460.22440.0247-0.01360.01190.22210.01330.00190.27190.06260.2541-29.68480.008822.4415
21.51650.6091-0.44962.69041.0752.2179-0.21160.43360.0333-0.36180.4099-0.0967-0.33850.2317-0.18240.2759-0.05740.02270.36880.04410.2711-18.59464.520218.9392
33.5673-0.0261.31363.14530.03792.41390.2212-0.0372-0.36770.17850.0274-0.07820.16280.1312-0.09270.2528-0.0054-0.01380.23420.00310.26745.17271.91823.6064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:96)A3 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 3:92)B3 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 2:94)C2 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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