PDB-6ari: Crystal structure of a dephospho-CoA kinase from Escherichia coli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ari

タイトル

Crystal structure of a dephospho-CoA kinase from Escherichia coli in complex with inhibitor CM078

要素

Dephospho-CoA kinase

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / SSGCID / dephospho-CoA kinase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a dephospho-CoA kinase from Escherichia coli in complex with inhibitor CM078
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4i1uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h3c-d 5pyw-1 3o36-1 5py1-1 3o33-2 1uf9-3 5pxf-1 5pxd-1 5pxu-1 5pxi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dephospho-CoA kinase

B: Dephospho-CoA kinase

ヘテロ分子

48.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dephospho-CoA kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dephospho-CoA kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.720, 63.720, 221.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Dephospho-CoA kinase / Dephosphocoenzyme A kinase 分子量: 23620.672 Da / 分子数: 2 / 断片: EscoA.00139.a.JV1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: coaE, yacE, b0103, JW0100 / プラスミド: EscoA.00139.a.JV1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6I9, dephospho-CoA kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-BQV / N-(methylsulfonyl)-3-{[(thiophen-2-yl)sulfanyl]methyl}benzamide 分子量: 327.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃NO₃S₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: JCSG_A3_Opt A11 (288528a11): 190 mM ammonium citrate dibasic, 21.23% (w/v) PEG3350: EscoA.00139.a.JV1 at 12mg/mL: bsi107694 10mM o/n soak: 20% eg: iku6-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月24日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 36249 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.477 % / B_iso Wilson estimate: 26.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 16.49

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	8.615	0.591	3.95	2617	0.928	0.628	99.9
2.05-2.11	8.628	0.443	5.25	2556	0.952	0.47	100
2.11-2.17	8.623	0.357	6.36	2500	0.97	0.38	100
2.17-2.24	8.609	0.287	7.7	2408	0.979	0.305	100
2.24-2.31	8.598	0.245	8.75	2373	0.983	0.261	100
2.31-2.39	8.645	0.209	10.06	2265	0.989	0.222	100
2.39-2.48	8.597	0.176	11.69	2230	0.988	0.188	100
2.48-2.58	8.582	0.157	12.97	2131	0.99	0.167	100
2.58-2.7	8.579	0.134	14.73	2037	0.993	0.142	100
2.7-2.83	8.549	0.115	16.81	1964	0.994	0.122	100
2.83-2.98	8.532	0.095	19.93	1894	0.996	0.101	100
2.98-3.16	8.498	0.081	22.78	1759	0.997	0.086	99.9
3.16-3.38	8.427	0.07	26.13	1687	0.997	0.074	100
3.38-3.65	8.356	0.059	29.39	1566	0.998	0.063	100
3.65-4	8.307	0.053	31.97	1450	0.998	0.056	99.9
4-4.47	8.257	0.049	33.94	1316	0.998	0.053	100
4.47-5.16	8.157	0.047	35.6	1174	0.998	0.05	99.9
5.16-6.32	8.03	0.05	32.67	1028	0.998	0.054	99.8
6.32-8.94	7.759	0.045	34.42	808	0.999	0.048	100
8.94-44.171	6.726	0.04	35.19	486	0.998	0.044	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.12rc0_2798: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4i1u

4i1u

解像度: 2→44.171 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2083	1948	5.38 %
R_work	0.1665	-	-
obs	0.1687	36241	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.17 Å² / B_iso mean: 33.625 Å² / B_iso min: 12.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→44.171 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3002	0	118	305	3425
B_iso mean	-	-	60.87	41.38	-
残基数	-	-	-	-	403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.759	4401
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.897	1910

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2-2.05	0.2679	112	0.1987	2406	2518
2.05-2.1054	0.2066	151	0.1739	2380	2531
2.1054-2.1674	0.2353	149	0.169	2401	2550
2.1674-2.2374	0.2197	146	0.1619	2374	2520
2.2374-2.3173	0.2262	133	0.1655	2440	2573
2.3173-2.4101	0.2083	128	0.1615	2429	2557
2.4101-2.5198	0.1918	136	0.1672	2439	2575
2.5198-2.6526	0.2503	132	0.1733	2443	2575
2.6526-2.8188	0.2556	137	0.1799	2413	2550
2.8188-3.0364	0.2727	147	0.176	2461	2608
3.0364-3.3418	0.2001	137	0.1752	2469	2606
3.3418-3.8252	0.1833	174	0.158	2422	2596
3.8252-4.8183	0.1805	140	0.1419	2530	2670
4.8183-44.1822	0.1834	126	0.1764	2686	2812

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8073	0.6844	1.3228	4.1184	0.0857	4.8066	-0.1381	0.1187	0.3229	-0.0923	0.0009	0.1301	-0.1405	0.1242	0.1236	0.2231	0.0435	-0.0452	0.1683	0.0075	0.1711	-26.2891	2.9522	-32.907
2	2.5473	-2.5197	2.0658	2.6439	-1.7648	2.0346	0.0715	-0.4301	-0.1206	0.3806	-0.0468	0.1138	-0.1717	-0.4145	-0.1089	0.2432	-0.0138	-0.0106	0.2291	0.0203	0.1626	-33.858	8.5328	-42.3192
3	5.4194	-1.5813	-2.2092	2.6286	-1.2489	3.7254	-0.2645	0.4003	-0.6422	-0.0439	-0.0574	0.5206	0.5946	-0.4795	0.2899	0.2619	-0.0542	0.0205	0.2258	-0.0783	0.262	-45.6032	5.6882	-55.608
4	6.8908	3.6189	5.1459	5.093	2.8377	7.4956	-0.047	0.321	-0.1832	-0.0688	0.029	-0.2202	-0.0601	0.5245	0.031	0.1901	0.0661	0.0105	0.1892	0.025	0.1614	-30.4488	8.4116	-53.2631
5	2.5729	0.6834	0.1678	3.4184	-2.6038	4.0675	-0.2499	0.5366	-0.0208	-0.6168	0.187	0.1141	0.2121	0.2334	0.0719	0.2943	-0.003	-0.0365	0.2991	-0.0164	0.1859	-24.2663	-0.4514	-39.4251
6	2.3195	-0.1938	1.6054	7.698	0.7059	7.2957	0.3131	-0.4514	0.2853	0.0215	0.0757	0.874	0.1639	-1.0102	-0.3616	0.2564	-0.0159	-0.0393	0.3848	0.0285	0.3868	-41.5743	-9.4352	-30.7546
7	6.6942	2.3484	1.8894	3.6388	0.0516	2.9363	0.0392	0.3112	-0.6229	-0.498	0.1395	0.1973	0.6455	-0.2123	-0.1467	0.4616	-0.0001	-0.0956	0.2346	-0.0459	0.3155	-33.4299	-11.175	-36.2838
8	2.6752	2.8409	1.0533	5.7293	-0.2057	4.8884	-0.0846	-0.0654	-0.0611	0.1892	-0.0365	-0.3291	0.1662	0.393	0.2272	0.2566	0.0403	-0.0499	0.2961	-0.0074	0.2178	-17.2252	1.6004	-27.4959
9	2.1138	-0.275	-1.0789	2.3988	1.4096	4.3383	-0.1146	-0.0061	-0.3133	0.0529	-0.0941	0.4238	0.3064	-0.1489	0.1884	0.1684	-0.0583	-0.0099	0.1035	0.0071	0.1728	-27.0084	10.5498	-6.8288
10	1.7411	-0.5626	0.578	3.8448	-3.4479	3.1611	-0.1101	-0.125	-0.0807	0.1359	0.1082	-0.1622	-0.1511	-0.0526	0.0056	0.2046	-0.0375	-0.031	0.1623	-0.0246	0.1817	-24.8397	-4.3331	9.4937
11	3.782	3.6752	2.5993	3.6996	2.5127	2.3596	-0.29	-0.8231	1.0255	0.5361	-0.013	0.0703	-0.2896	-0.1913	0.2612	0.3953	-0.0385	-0.1274	0.3585	-0.1075	0.3341	-25.8047	-1.3231	21.7179
12	1.9759	-0.2583	2.3111	1.0894	-0.1776	8.2388	-0.0659	0.0561	0.1359	0.1037	-0.0118	-0.3051	-0.278	0.8134	0.0234	0.1963	-0.0784	-0.038	0.1927	0.0315	0.2769	-16.5874	-2.5407	7.15
13	1.7512	-1.9014	-1.8692	4.0838	1.3794	2.4619	-0.1444	-0.2985	0.1615	0.435	0.1857	-0.2456	0.2681	0.3718	-0.0095	0.2189	-0.0344	-0.0449	0.2058	-0.0094	0.1735	-20.0866	11.3224	-3.5328
14	4.2275	-0.8801	-3.7699	0.9425	0.1893	5.3068	-0.1385	-0.1278	-0.2072	0.0441	0.0951	-0.0622	0.1613	-0.0208	0.0289	0.162	-0.0395	-0.0089	0.1167	-0.0041	0.1358	-28.9055	22.0865	8.2425
15	2.8057	-1.8858	-1.3263	3.2755	2.4212	5.1026	0.0149	0.2145	-0.1062	-0.094	-0.0595	0.1638	-0.0024	0.0943	0.0222	0.1759	-0.0696	-0.0058	0.129	0.0113	0.1535	-23.5995	15.357	-14

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )	A	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 40 )	A	28 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 77 )	A	41 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 102 )	A	78 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 133 )	A	103 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 134 through 145 )	A	134 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 146 through 178 )	A	146 - 178
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 179 through 200 )	A	179 - 200
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 27 )	B	1 - 27
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 28 through 54 )	B	28 - 54
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 55 through 77 )	B	55 - 77
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 78 through 102 )	B	78 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 103 through 133 )	B	103 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 134 through 168 )	B	134 - 168
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 169 through 203 )	B	169 - 203

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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