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- PDB-6ar1: Structure of a Thermostable Group II Intron Reverse Transcriptase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ar1
タイトルStructure of a Thermostable Group II Intron Reverse Transcriptase with Template-Primer and Its Functional and Evolutionary Implications (RT/Duplex (Nat))
要素
  • DNA
  • GsI-IIC RT
  • RNA
キーワードRNA binding protein/RNA/DNA / Polymerase / RNA binding protein-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Group II intron, maturase-specific / Group II intron reverse transcriptase/maturase / Group II intron, maturase-specific domain / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Stamos, J.L. / Lentzsch, A.M. / Lambowitz, A.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM 37949 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM 37951 米国
Robert A. Welch FoundationF-1607 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of a Thermostable Group II Intron Reverse Transcriptase with Template-Primer and Its Functional and Evolutionary Implications.
著者: Stamos, J.L. / Lentzsch, A.M. / Lambowitz, A.M.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GsI-IIC RT
B: DNA
C: RNA
D: GsI-IIC RT
E: DNA
F: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,35612
ポリマ－115,1336
非ポリマー1,2236
水00
1
A: GsI-IIC RT
B: DNA
C: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1786
ポリマ－57,5673
非ポリマー6123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
2
D: GsI-IIC RT
E: DNA
F: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1786
ポリマ－57,5673
非ポリマー6123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.151, 95.052, 71.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12C
22F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAARGARGAA2 - 4182 - 418
21ALAALAARGARGDD2 - 4182 - 418
12UUGGCC1 - 141 - 14
22UUGGFF1 - 141 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 / RNA鎖 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 GsI-IIC RT


分子量: 49805.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: trt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2GM63
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 3303.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA


分子量: 4457.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.498
11H+4/2L, -K, -L20.502
反射解像度: 3.01→47.53 Å / Num. obs: 21941 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 166560 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.01-3.197.60.85234970.8860.330.91499.1
9.03-47.537.30.02383910.0090.02599.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSMay 1, 2016データ削減
PHASER2.7.16位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AR3

6ar3


解像度: 3.01→47.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 45.567 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED Twin refinement in Refmac5 with twin fraction = 0.5, twin operator = h+2*l, -k, -l.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 1092 5 %RANDOM
Rwork0.2164 ---
obs0.2184 20847 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 189.72 Å2 / Biso mean: 87.267 Å2 / Biso min: 49.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--48.14 Å2-0 Å2-29.17 Å2
2--66.15 Å20 Å2
3----18.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.01→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6796 1005 72 0 7873
Biso mean--81.72 --
残基数----881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0188132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.171.85211182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0085829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20221.791335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1151302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5551598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215827
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A268280.08
12D268280.08
21C25040.01
22F25040.01
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.088 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 75 -
Rwork0.318 1517 -
all-1592 -
obs--98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1449-0.60631.31381.4272-0.02133.24280.1942-0.0861-0.1461-0.2087-0.08180.57190.4083-0.5761-0.11250.374-0.1504-0.10150.2560.01840.25244.1087-42.320231.1723
22.2145-0.4661.02651.70440.11072.4883-0.2683-0.20570.7654-0.17960.10630.5582-0.4303-0.88850.16210.3718-0.0216-0.16830.43870.10.65067.002-21.434623.5013
34.8164-0.63192.17350.76940.43262.8377-0.0803-0.4251-0.15490.13910.1896-0.10580.01670.2975-0.10930.3642-0.1163-0.00540.24070.08290.283441.6028-25.010233.9807
43.20080.75581.33758.2072.14542.98820.19880.3952-1.0198-0.1676-0.16470.45310.77760.0236-0.03410.38080.00620.03890.2249-0.05820.483523.2298-38.109324.4221
54.8548-0.06351.97833.823-1.94853.47920.2353-0.0162-0.7031-0.1029-0.0905-0.49290.67020.3665-0.14480.3417-0.0272-0.04440.1664-0.00620.269222.9314-39.339125.0978
63.7996-0.7635-0.22621.53191.15272.9629-0.0123-0.5855-0.1210.28640.1258-0.45870.17430.4936-0.11350.2328-0.0807-0.03870.2717-0.01960.317266.0505-17.882914.7309
74.75370.4580.85423.75841.211.36830.1799-0.2046-2.11230.8291-0.1374-0.26080.81950.4335-0.04240.70550.21170.11520.40360.22191.164763.5415-38.01856.4202
86.9884-0.14471.2410.0664-0.20681.0840.1107-0.15330.5109-0.05180.04850.1133-0.085-0.429-0.15930.37650.0287-0.04090.357-0.1040.40231.5799-22.9338-8.8563
96.7535-1.3453-0.72028.0804-1.76550.74140.9889-0.14911.31160.9768-1.0925-0.0581-0.63530.22990.10360.6242-0.1281-0.130.2461-0.12620.655953.9169-12.70630.3452
104.901-2.72520.86473.49580.79986.22380.07560.38020.8555-0.8201-0.09560.2204-0.7876-0.67360.020.4796-0.1713-0.16190.36670.12210.486354.9476-11.19480.1362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 249
3X-RAY DIFFRACTION2A501
4X-RAY DIFFRACTION2A503
5X-RAY DIFFRACTION3A250 - 418
6X-RAY DIFFRACTION4B1 - 11
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 14
8X-RAY DIFFRACTION6D2 - 188
9X-RAY DIFFRACTION7D189 - 282
10X-RAY DIFFRACTION7D501
11X-RAY DIFFRACTION7D503
12X-RAY DIFFRACTION8D283 - 418
13X-RAY DIFFRACTION9E2 - 11
14X-RAY DIFFRACTION10F1 - 14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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