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万見
- PDB-6aq1: The crystal structure of human FABP3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aq1
タイトルThe crystal structure of human FABP3
要素Fatty acid-binding protein, heart
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human / FABP3
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport ...positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Fatty acid-binding protein, heart
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.40000091001 Å
データ登録者Hsu, H.C. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01 DA035923 米国
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: SAR studies on truxillic acid mono esters as a new class of antinociceptive agents targeting fatty acid binding proteins.
著者: Yan, S. / Elmes, M.W. / Tong, S. / Hu, K. / Awwa, M. / Teng, G.Y.H. / Jing, Y. / Freitag, M. / Gan, Q. / Clement, T. / Wei, L. / Sweeney, J.M. / Joseph, O.M. / Che, J. / Carbonetti, G.S. / ...著者: Yan, S. / Elmes, M.W. / Tong, S. / Hu, K. / Awwa, M. / Teng, G.Y.H. / Jing, Y. / Freitag, M. / Gan, Q. / Clement, T. / Wei, L. / Sweeney, J.M. / Joseph, O.M. / Che, J. / Carbonetti, G.S. / Wang, L. / Bogdan, D.M. / Falcone, J. / Smietalo, N. / Zhou, Y. / Ralph, B. / Hsu, H.C. / Li, H. / Rizzo, R.C. / Deutsch, D.G. / Kaczocha, M. / Ojima, I.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, heart
B: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2208
ポリマ－30,3232
非ポリマー8976
水6,521362
1
A: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5143
ポリマ－15,1611
非ポリマー3522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7065
ポリマ－15,1611
非ポリマー5454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.504, 52.904, 55.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.453, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALLYSLYS(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA2 - 225 - 25
12LEULEUVALVAL(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA24 - 2627 - 29
13ALAALAARGARG(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA29 - 3132 - 34
14VALVALVALVAL(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA3336
15METMETILEILE(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA36 - 6339 - 66
16PHEPHEGLNGLN(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA65 - 10168 - 104
17THRTHRARGARG(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA103 - 107106 - 110
18LEULEUTYRTYR(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA109 - 129112 - 132
19ALAALAALAALA(chain A and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...AA133136
21VALVALLYSLYS(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB2 - 225 - 25
22LEULEUVALVAL(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB24 - 2627 - 29
23ALAALAARGARG(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB29 - 3132 - 34
24VALVALVALVAL(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB3336
25METMETILEILE(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB36 - 6339 - 66
26PHEPHEGLNGLN(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB65 - 10168 - 104
27THRTHRARGARG(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB103 - 107106 - 110
28LEULEUTYRTYR(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB109 - 129112 - 132
29ALAALAALAALA(chain B and (resseq 2:22 or resseq 24:27 or resseq...BB133136

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI / Muscle fatty acid-binding protein / M-FABP


分子量: 15161.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3, FABP11, MDGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05413
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.0, 2.3 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月10日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20.39 Å / Num. obs: 47516 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 10.974793779 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 6777 / CC1/2: 0.895 / Rpim(I) all: 0.174 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HMS

1hms


解像度: 1.40000091001→19.5420560352 Å / SU ML: 0.13276625966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33939847886 / 位相誤差: 18.0709695924
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197909732024 2364 4.97705166533 %
Rwork0.170195559929 --
obs0.171525378539 47498 96.3878404156 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.3235135462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.40000091001→19.5420560352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2108 0 56 362 2526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005070734610572307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7806736961053115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792924183924361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00496432555509388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4361804191867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.42860.2090896852331350.2048528930572577X-RAY DIFFRACTION94.297635605
1.4286-1.45960.2430255693611250.201891550572618X-RAY DIFFRACTION94.9134948097
1.4596-1.49360.232029041721540.1935861529172585X-RAY DIFFRACTION94.9064449064
1.4936-1.53090.239597664211560.1932249347182578X-RAY DIFFRACTION95.228143504
1.5309-1.57230.1940719317761380.1780823468042600X-RAY DIFFRACTION95.3342618384
1.5723-1.61850.2079483375531450.1835673314842636X-RAY DIFFRACTION95.8965517241
1.6185-1.67070.2067667716931240.1724314893812666X-RAY DIFFRACTION96.0743801653
1.6707-1.73040.2209273954881430.1720996290872631X-RAY DIFFRACTION96.0526315789
1.7304-1.79960.1850692871541340.169910006312638X-RAY DIFFRACTION96.5517241379
1.7996-1.88150.2082053959071450.1747056364422647X-RAY DIFFRACTION96.5088143795
1.8815-1.98060.2144361826731420.1707699355192668X-RAY DIFFRACTION97.23183391
1.9806-2.10460.2080419164571560.1747081326282663X-RAY DIFFRACTION97.3747841105
2.1046-2.26680.1665086951531210.1622054591312711X-RAY DIFFRACTION97.4200206398
2.2668-2.49450.2090172606911360.1723195690322717X-RAY DIFFRACTION98.1424148607
2.4945-2.85450.194075938911500.1771398122192706X-RAY DIFFRACTION98.0769230769
2.8545-3.59280.1699542204551380.1586745771012749X-RAY DIFFRACTION98.5324232082
3.5928-19.5440.1945330029371220.1563376180962744X-RAY DIFFRACTION96.077774053

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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