PDB-6apj: Crystal Structure of human ST6GALNAC2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6apj

タイトル

Crystal Structure of human ST6GALNAC2

要素

Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase / alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase activity / protein sialylation / Maturation of protein 3a / sialyltransferase activity / Maturation of protein 3a / Termination of O-glycan biosynthesis / O-glycan processing / Sialic acid metabolism / protein O-linked glycosylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Forouhar, F. / Moremen, K.W. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Tong, L.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Expression system for structural and functional studies of human glycosylation enzymes.
著者: Moremen, K.W. / Ramiah, A. / Stuart, M. / Steel, J. / Meng, L. / Forouhar, F. / Moniz, H.A. / Gahlay, G. / Gao, Z. / Chapla, D. / Wang, S. / Yang, J.Y. / Prabhakar, P.K. / Johnson, R. / Rosa, ...

履歴

登録	2017年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6apj.cif.gz	694.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6apj.ent.gz	582.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6apj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6apj_validation.pdf.gz	496.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6apj_full_validation.pdf.gz	515.2 KB	表示
XML形式データ	6apj_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	6apj_validation.cif.gz	77.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6apj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6apj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aplC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d8s-d 4tuf-4 3qho-2 3pg6-2 3t6a-3 6zej-6 3cm5-2 4j2m-d 4qa1-1 6hfr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

B: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

C: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

D: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

E: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

F: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

254 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric protein
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.346, 71.803, 134.246
Angle α, β, γ (deg.)	98.78, 101.92, 103.48
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2 / GalNAc alpha-2 / 6-sialyltransferase II / ST6GalNAc II / ST6GalNAcII / SThM / Sialyltransferase 7B / SIAT7-B

分子量: 42224.582 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ST6GALNAC2, SIAT7B, SIATL1, STHM / プラスミド: pGEn2
詳細 (発現宿主): mammalian expression vector (CMV promoter)
細胞株 (発現宿主): HEK293S GNT1- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJ37, EC: 2.4.99.-

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M Sodium Citrate (pH 4.2), 0.1M Ammonium Sulfate, and 24% (w/v) PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→128.4 Å / Num. obs: 52564 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 91 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.059 / R_sym value: 0.083 / Χ²: 1.5 / Net I/av σ(I): 11.4 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 3.1→3.24 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4117 / R_pim(I) all: 0.416 / R_sym value: 0.588 / Χ²: 0.9 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
REFMAC	精密化
CNS	精密化
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
SHELXCD	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→44.28 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2523	4185	9.99 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.2062	41880	93.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13883	0	56	0	13939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14354
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.507	19477
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.771	8332
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2098
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.1352	0.4706	148	0.3691	1292	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1352-3.1721	0.3528	147	0.3245	1257	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1721-3.2108	0.3312	153	0.2917	1280	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2108-3.2514	0.3439	148	0.28	1248	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2514-3.2942	0.35	154	0.2823	1269	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2942-3.3393	0.3278	119	0.263	1143	X-RAY DIFFRACTION	88
3.3393-3.387	0.3452	148	0.2601	1324	X-RAY DIFFRACTION	95
3.387-3.4375	0.305	150	0.2534	1309	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4375-3.4912	0.3028	125	0.2532	1282	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4912-3.5484	0.3103	144	0.2367	1349	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5484-3.6096	0.2788	134	0.2433	1275	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6096-3.6752	0.3018	125	0.239	1278	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6752-3.7458	0.2639	145	0.2288	1326	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7458-3.8223	0.2903	149	0.205	1244	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8223-3.9053	0.2587	137	0.1984	1272	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9053-3.9961	0.2651	125	0.1976	1301	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9961-4.096	0.2597	122	0.1924	1189	X-RAY DIFFRACTION	90
4.096-4.2066	0.2529	143	0.1923	1256	X-RAY DIFFRACTION	91
4.2066-4.3303	0.2718	149	0.1879	1243	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3303-4.47	0.2166	156	0.1665	1324	X-RAY DIFFRACTION	95
4.47-4.6296	0.206	131	0.161	1251	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6296-4.8147	0.1954	135	0.1541	1272	X-RAY DIFFRACTION	94
4.8147-5.0335	0.1952	137	0.1583	1238	X-RAY DIFFRACTION	92
5.0335-5.2985	0.2191	141	0.1685	1232	X-RAY DIFFRACTION	91
5.2985-5.6299	0.2378	130	0.184	1193	X-RAY DIFFRACTION	88
5.6299-6.0636	0.2256	141	0.196	1272	X-RAY DIFFRACTION	94
6.0636-6.6719	0.2444	128	0.1901	1257	X-RAY DIFFRACTION	92
6.6719-7.6331	0.2507	136	0.1926	1192	X-RAY DIFFRACTION	89
7.6331-9.6007	0.1835	138	0.1651	1172	X-RAY DIFFRACTION	87
9.6007-44.2843	0.2612	147	0.2122	1155	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.1163 Å / Origin y: 7.2187 Å / Origin z: 31.7724 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3545 Å²	-0.0489 Å²	-0.0108 Å²	-	0.3571 Å²	-0.0208 Å²	-	-	0.3639 Å²
L	0.1387 °²	-0.1249 °²	0.0022 °²	-	0.1267 °²	-0.0318 °²	-	-	0.2005 °²
S	0.0203 Å °	-0.0316 Å °	0.0089 Å °	-0.0725 Å °	0.0037 Å °	-0.0314 Å °	0.1406 Å °	-0.1567 Å °	0.018 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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