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- PDB-6aph: Crystal structure of Adenosylhomocysteinase from Elizabethkingia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aph
タイトルCrystal structure of Adenosylhomocysteinase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 in complex with NAD and Adenosine
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia anophelis / Adenosylhomocysteinase / ahcY / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain ...Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Adenosylhomocysteinase from Elizabethkingia anophelis NUHP1 in complex with NAD and Adenosine
著者: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5434
ポリマ－49,4941
非ポリマー1,0493
水7,566420
1
A: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,17216
ポリマ－197,9774
非ポリマー4,19512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/31
Buried area28940 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area50500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.590, 132.590, 102.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-697-

HOH

21A-744-

HOH

31A-952-

HOH

41A-997-

HOH

51A-1012-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase


分子量: 49494.133 Da / 分子数: 1 / 断片: ElanA.00032.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: ahcY, BD94_1936 / プラスミド: ElanA.00032.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EDS4, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: RigakuReagents screen JCSG+ b5 (40% MPD, 5% PEG8000, 100 mM sodium cacodylate / HCl, pH 6.5), 20 mg/mL ElanA.00032.a.B1.PS38147 + 2 mM magnesium chloride + 2 mM ATP (added by mistake due to ...詳細: RigakuReagents screen JCSG+ b5 (40% MPD, 5% PEG8000, 100 mM sodium cacodylate / HCl, pH 6.5), 20 mg/mL ElanA.00032.a.B1.PS38147 + 2 mM magnesium chloride + 2 mM ATP (added by mistake due to sample mix-up), cryoprotection: direct, puck: GLC4-2, for phasing, a crystal from the same well was incubated in 10% ethylene glycol + 5 M potassium iodide (final concentration 500 mM), data collected in-house

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-3001CCD2016年8月4日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2016年8月4日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond[111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Diamond[111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.65→43.4 Å / Num. obs: 63783 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.984 % / Biso Wilson estimate: 20.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 24.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.6911.0160.474.6646890.940.49399.9
1.69-1.7410.9960.3655.9545460.9630.383100
1.74-1.7911.0610.2987.2844420.9760.31299.9
1.79-1.8411.050.2239.7143140.9850.23499.9
1.84-1.9111.0520.17212.3341770.9910.18199.8
1.91-1.9711.0610.13715.2440650.9940.14499.9
1.97-2.0511.0950.11418.5639070.9960.1299.7
2.05-2.1311.0770.09322.4637480.9970.09799.6
2.13-2.2211.0540.0826.0536210.9980.08399.6
2.22-2.3311.0850.06929.6234570.9980.07399.3
2.33-2.4611.0770.06332.7732820.9980.06699.2
2.46-2.6111.040.05735.9231270.9990.05999.3
2.61-2.7911.0210.05239.4829280.9990.05498.7
2.79-3.0110.9540.04743.0627310.9990.04998.8
3.01-3.310.9210.04246.7225260.9990.04498.3
3.3-3.6910.8160.03950.4222930.9990.04198
3.69-4.2610.7360.03652.3120290.9990.03897.7
4.26-5.2210.6640.03453.2817340.9990.03697.2
5.22-7.3810.570.03452.0613690.9990.03696.2
7.38-509.5050.03451.547980.9990.03692.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX精密化
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→43.4 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1695 2017 3.16 %
Rwork0.1476 --
obs0.1483 63773 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.41 Å2 / Biso mean: 29.7084 Å2 / Biso min: 11.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→43.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3309 0 71 427 3807
Biso mean--19.58 37.41 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0374854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7732156
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.69130.26891620.204443514513100
1.6913-1.7370.22281450.195843744519100
1.737-1.78810.22121600.180543584518100
1.7881-1.84580.17481380.164943984536100
1.8458-1.91180.17221450.152143604505100
1.9118-1.98840.17591520.146943654517100
1.9884-2.07890.18271370.155143944531100
2.0789-2.18850.18391220.151444204542100
2.1885-2.32560.18591490.149344014550100
2.3256-2.50510.14521450.14544412455799
2.5051-2.75720.17961270.15144414454199
2.7572-3.1560.15741520.14394434458699
3.156-3.97580.16181300.13344456458698
3.9758-43.41530.15111530.13974619477297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2972-0.10690.9712.5535-0.26762.3901-0.1025-0.4781-0.19580.4681-0.0420.08590.23970.04250.02080.25050.01760.05390.36140.10660.2156-36.494336.181512.3412
21.0625-0.03790.4911.06290.51071.4882-0.0792-0.4118-0.27620.4120.1334-0.20740.3890.5049-0.04690.36310.0986-0.05590.50750.12420.3291-20.769933.140310.019
30.7307-0.0584-0.20740.61310.24440.866-0.0088-0.14890.02920.07650.0422-0.0820.01030.0374-0.030.0889-0.0074-0.02720.1643-0.0060.1203-17.558357.7327-2.0067
41.0298-0.0402-0.33710.7650.52681.7995-0.0242-0.1612-0.25560.11070.0631-0.05890.30930.2076-0.05070.17860.0081-0.00980.15310.04440.2255-30.572828.1637-10.3901
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 45 )A6 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 194 )A46 - 194
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 195 through 359 )A195 - 359
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 360 through 437 )A360 - 437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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