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万見
- PDB-6ap5: H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments and structure of Thior... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ap5
タイトルH, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments and structure of Thioredoxin from Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 and NCTC 10409
要素Thioredoxin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 3.97 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tang, C.T. / Yang, F.Y. / Varani, G.V. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments and structure of Thioredoxin from Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 and NCTC 10409
著者: Tang, C.T. / Yang, F.Y. / Varani, G.V.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5081
ポリマ－12,5081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 12508.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (strain ATCC 19527 / DSM 44167 / CIP 105390 / JCM 6362 / NCTC 10409 / 316) (バクテリア)
株: ATCC 19527 / DSM 44167 / CIP 105390 / JCM 6362 / NCTC 10409 / 316
遺伝子: KEK_10718 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CIN2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HBHA(CO)NH
162isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Thioredoxin, 100 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 10 % v/v D20, 90% H2O/10% D2O15N13C_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Thioredoxin, 100 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 100 % v/v D2O, 100% D2O13C15N_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMThioredoxin[U-95% 13C; U-95% 15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
10 % v/vD20natural abundance1
1 mMThioredoxin[U-95% 13C; U-95% 15N]2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
25 mMsodium phosphatenatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
100 % v/vD2Onatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 6 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AnalysisCCPN精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AnalysisCCPNchemical shift assignment
AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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