ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.9_1692精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ANO 解像度: 2.581→36.216 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2487 | 575 | 4.98 % |
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Rwork | 0.2138 | - | - |
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obs | 0.2156 | 11536 | 99.58 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.581→36.216 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1389 | 0 | 0 | 10 | 1399 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.003 | 1412 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.534 | 1890 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.973 | 562 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.021 | 216 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 244 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.5808-2.8405 | 0.3426 | 144 | 0.2799 | 2699 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.8405-3.2513 | 0.2718 | 147 | 0.2659 | 2776 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.2513-4.0953 | 0.2828 | 142 | 0.1998 | 2738 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.0953-36.2197 | 0.1889 | 142 | 0.1869 | 2748 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.937 | 2.513 | -1.7852 | 9.0412 | -6.2262 | 5.431 | -0.1973 | 0.032 | -0.0713 | -0.6055 | -0.092 | -0.2442 | 0.1908 | 0.1449 | 0.2673 | 0.2774 | 0.0494 | -0.03 | 0.4283 | 0.005 | 0.4468 | 126.6171 | 13.9151 | 142.616 | 2 | 7.4551 | -0.406 | -1.474 | 7.0526 | 4.145 | 4.435 | 0.3723 | -0.2417 | -0.6144 | -0.3945 | 0.2448 | -0.3692 | -0.2256 | 2.2772 | -0.5549 | 1.0205 | 0.0486 | -0.0562 | 0.9769 | -0.3304 | 0.7829 | 137.7753 | 51.954 | 111.0051 | 3 | 0.2592 | 1.3287 | -0.926 | 6.1801 | -5.3372 | 4.3818 | -0.0825 | 0.2767 | -0.0727 | 0.5387 | 0.3368 | -0.0222 | -0.1672 | -0.4085 | -0.3566 | 0.4312 | -0.04 | 0.0478 | 0.3879 | -0.0062 | 0.3498 | 120.2477 | 4.7849 | 149.0035 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'B' and (resid 52 through 139 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 56 through 67 )3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 68 through 140 ) | | |
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