PDB-6ao8: Crystal structure of arginyl-tRNA_synthetase from Neisseria gonor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ao8

タイトル

Crystal structure of arginyl-tRNA_synthetase from Neisseria gonorrhoeae in complex with arginine

要素

Arginine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Neisseria gonorrhoeae / Arginine--tRNA ligase / Arginine / argS / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine-tRNA ligase / arginine-tRNA ligase activity / arginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of arginyl-tRNA_synthetase from Neisseria gonorrhoeae in complex with arginine
著者: Bowatte, K. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ao8.cif.gz	246.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ao8.ent.gz	192.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ao8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ao8_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ao8_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	6ao8_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	6ao8_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6ao8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6ao8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4obyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5yym-2 5yym-1 5jld-d 1iq0-d 4us2-d 4q2y-1 3nte-d 4urv-d 4uru-d 1y0z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NegoA.00164.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginine--tRNA ligase

ヘテロ分子

64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.900, 93.470, 78.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.070, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arginine--tRNA ligase / Arginyl-tRNA synthetase / ArgRS 分子量: 63724.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌) 株: NCCP11945 / 遺伝子: argS, WHOL_01148, WHOL_01250 / プラスミド: NegoA.00164.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1D3F609, UniProt: B4RL22*PLUS, arginine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 mg/mL NegoA.00164.a.B1.PS38233 against Microlytic MCSG1 G6 (0.1 M sodium acetate/hydrochloric acid, pH 4.5, 25% w/v PEG3350) + 2 mM magnesium chloride, 2 mM AMPPNP, 2 mM arginine, Tray 290716 G6, puck PRP0-2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月14日

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→34.182 Å / Num. obs: 81144 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.777 % / B_iso Wilson estimate: 25.11 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.03 / R_rim(I) all: 0.035 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 22.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	3.768	0.513	2.38	6023	0.903	0.599	99.8
1.74-1.79	3.788	0.379	3.19	5800	0.939	0.442	100
1.79-1.84	3.789	0.284	4.21	5666	0.966	0.331	100
1.84-1.9	3.798	0.216	5.6	5502	0.978	0.253	99.9
1.9-1.96	3.785	0.163	7.45	5369	0.986	0.19	99.6
1.96-2.03	3.803	0.117	10.3	5156	0.993	0.136	99.8
2.03-2.11	3.797	0.088	13.58	4980	0.995	0.103	99.8
2.11-2.19	3.799	0.069	17	4815	0.997	0.08	99.6
2.19-2.29	3.79	0.058	20.82	4601	0.997	0.068	99.7
2.29-2.4	3.799	0.047	24.58	4404	0.998	0.055	99.8
2.4-2.53	3.795	0.039	28.91	4189	0.998	0.046	99.8
2.53-2.69	3.78	0.034	34.33	3979	0.999	0.039	99.7
2.69-2.87	3.763	0.029	38.98	3720	0.999	0.034	99.6
2.87-3.1	3.753	0.025	44.67	3483	0.999	0.029	99.8
3.1-3.4	3.738	0.022	50.57	3213	0.999	0.026	99.6
3.4-3.8	3.759	0.019	56.78	2880	0.999	0.022	99.8
3.8-4.39	3.751	0.016	59.11	2551	0.999	0.019	99.7
4.39-5.38	3.763	0.015	60.69	2212	1	0.018	99.6
5.38-7.6	3.726	0.016	59.34	1676	1	0.019	99.5
7.6-50	3.431	0.018	61.26	925	0.999	0.021	97

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		精密化
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4OBY in 3 domains as suggested by MORDA

4oby

解像度: 1.7→34.182 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.46

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1839	2010	2.48 %	0
R_work	0.1622	-	-	-
obs	0.1627	81057	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.69 Å² / B_iso mean: 34.6851 Å² / B_iso min: 14.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→34.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4268	0	18	623	4909
B_iso mean	-	-	31.34	44.56	-
残基数	-	-	-	-	569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.868	6067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	694
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	799
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.057	2658

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7-1.7425	0.2962	152	0.2607	5632	5784
1.7425-1.7896	0.2626	150	0.2278	5571	5721
1.7896-1.8423	0.2323	143	0.2029	5609	5752
1.8423-1.9017	0.2308	142	0.1903	5634	5776
1.9017-1.9697	0.2263	147	0.1812	5626	5773
1.9697-2.0486	0.2265	129	0.1703	5657	5786
2.0486-2.1418	0.2274	132	0.1695	5639	5771
2.1418-2.2547	0.1979	124	0.1612	5672	5796
2.2547-2.3959	0.2093	169	0.1671	5603	5772
2.3959-2.5808	0.178	137	0.169	5663	5800
2.5808-2.8404	0.1971	141	0.1668	5671	5812
2.8404-3.2512	0.2157	148	0.169	5656	5804
3.2512-4.0951	0.1389	139	0.1428	5681	5820
4.0951-34.1893	0.1478	157	0.144	5733	5890

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7046	-0.215	0.4572	0.7458	0.003	1.4956	-0.0216	0.0679	-0.0761	0.0054	0.033	0.0006	-0.1381	0.121	0.0036	0.2185	0.0017	0.0161	0.2031	0.0013	0.2529	-31.0276	-23.4786	18.7871
2	0.975	-0.1881	-0.2433	1.0198	0.3274	1.4464	0.0403	0.0709	0.191	-0.1619	0.0369	-0.1736	-0.2556	0.2875	-0.0208	0.206	-0.0459	0.0161	0.2135	0.0013	0.1922	5.3647	2.087	5.7098
3	0.7255	0.6443	-0.5012	1.7059	-0.9385	1.3874	0.0778	-0.1033	0.0561	0.2143	0.0089	0.1415	-0.1529	0.031	-0.0852	0.2016	0.0267	0.0031	0.1867	-0.0174	0.2022	-15.9101	-6.9707	32.5322

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 113 )	A	-1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 412 )	A	114 - 412
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 413 through 572 )	A	413 - 572

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