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- PDB-6anl: Structure-based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6anl
タイトルStructure-based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Imidazo[1,2-b]pyridazine-based p38 MAP Kinase Inhibitors
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / cellular response to UV-B / positive regulation of muscle cell differentiation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / Platelet sensitization by LDL / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / fatty acid oxidation / MAP kinase kinase activity / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / skeletal muscle tissue development / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of D-glucose import / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / response to insulin / placenta development / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / spindle pole / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / osteoblast differentiation / cellular senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / angiogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TAK-715 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Snell, G.P. / Okada, K. / Bragstad, K. / Sang, B.-C.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-based design, synthesis, and biological evaluation of imidazo[1,2-b]pyridazine-based p38 MAP kinase inhibitors.
著者: Kaieda, A. / Takahashi, M. / Takai, T. / Goto, M. / Miyazaki, T. / Hori, Y. / Unno, S. / Kawamoto, T. / Tanaka, T. / Itono, S. / Takagi, T. / Hamada, T. / Shirasaki, M. / Okada, K. / Snell, G. ...著者: Kaieda, A. / Takahashi, M. / Takai, T. / Goto, M. / Miyazaki, T. / Hori, Y. / Unno, S. / Kawamoto, T. / Tanaka, T. / Itono, S. / Takagi, T. / Hamada, T. / Shirasaki, M. / Okada, K. / Snell, G. / Bragstad, K. / Sang, B.C. / Uchikawa, O. / Miwatashi, S.
履歴
登録2017年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1142
ポリマ－41,7151
非ポリマー4001
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.954, 69.703, 74.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / ...MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 41714.520 Da / 分子数: 1 / 変異: C119S, C162S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / プラスミド: pFastBacHT
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-T75 / TAK-715 / N-{4-[2-ETHYL-4-(3-METHYLPHENYL)-1,3-THIAZOL-5-YL]PYRIDIN-2-YL}BENZAMIDE / TAK-715


分子量: 399.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 % / Mosaicity: 0.624 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 15.% PEG 8000, 0.08M NP_HEPES, 0.02M NP_HEPES_Na

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月11日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 25087 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.0540.25716241.033198.5
2.05-2.14.30.21416271.021199.8
2.1-2.154.40.18916311.0461100
2.15-2.224.40.15716591.0311100
2.22-2.294.40.13816521.0261100
2.29-2.374.40.12116581.0331100
2.37-2.474.40.10716531.031100
2.47-2.584.40.08916501.0131100
2.58-2.714.40.07916521.0351100
2.71-2.884.40.07116901.021100
2.88-3.114.40.06916711.021100
3.11-3.424.30.06516861.012199.9
3.42-3.914.20.05817101.0351100
3.91-4.934.10.04717140.988199.9
4.93-504.10.04518101.011199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.014 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2634 1278 5.1 %RANDOM
Rwork0.2058 ---
obs0.2087 23762 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.05 Å2 / Biso mean: 37.713 Å2 / Biso min: 16.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å2-0 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2722 0 29 230 2981
Biso mean--32.72 39.77 -
残基数----338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.9753848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7065338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93623.985133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70815486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7911518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212152
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 99 -
Rwork0.228 1655 -
all-1754 -
obs--96.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.82453.5697-0.42127.3291-1.720810.1343-0.1554-0.15240.76410.13020.12920.383-1.557-0.40860.02620.38230.1266-0.09560.18720.04560.196318.01918.056-5.656
21.419-0.18251.10862.55072.2224.1834-0.0619-0.14250.2213-0.26530.00880.0525-0.4584-0.11230.05310.07340.00060.01880.11950.00990.089625.3659.382.017
32.55550.97830.71063.3031.08263.2034-0.0244-0.08680.1933-0.1569-0.07080.2534-0.2272-0.29240.09520.02220.018-0.00720.07980.00340.032120.493-9.357-6.541
418.04464.94942.68781.655-0.891310.07090.3397-2.65870.70390.2822-0.66820.1249-0.768-0.32460.32840.24530.1215-0.03110.6057-0.16380.147819.954-16.28910.241
51.6025-0.1560.39711.56230.40863.19430.0622-0.4312-0.23480.14510.0661-0.00150.2564-0.3548-0.12820.0408-0.0441-0.01690.17940.04160.069416.105-23.1657.354
62.63240.46514.01491.40061.888.59230.3295-0.8778-0.37010.4537-0.07040.03471.7677-1.4823-0.25920.742-0.21180.09370.3660.03110.225815.686-30.7615.876
70.89220.10910.2032.25441.16340.9304-0.0115-0.01660.0140.00470.1314-0.2508-0.04880.1169-0.11990.02910.004-0.00370.13390.0040.066430.963-7.141-0.411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3A119 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4A184 - 203
5X-RAY DIFFRACTION5A204 - 254
6X-RAY DIFFRACTION6A255 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7A281 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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