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- PDB-6ami: Engineered tryptophan synthase b-subunit from Pyrococcus furiosus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ami
タイトルEngineered tryptophan synthase b-subunit from Pyrococcus furiosus, PfTrpB4D11 with Trp non-covalently bound
要素Tryptophan synthase beta chain 1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP Type II / Tryptophan Synthase / Engineered / Allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Tryptophan synthase beta chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Buller, A.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM110851 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / : 2018
タイトル: Directed Evolution Mimics Allosteric Activation by Stepwise Tuning of the Conformational Ensemble.
著者: Buller, A.R. / van Roye, P. / Cahn, J.K.B. / Scheele, R.A. / Herger, M. / Arnold, F.H.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase beta chain 1
B: Tryptophan synthase beta chain 1
C: Tryptophan synthase beta chain 1
D: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,71113
ポリマ-174,7794
非ポリマー9329
3,945219
1
A: Tryptophan synthase beta chain 1
B: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8446
ポリマ-87,3902
非ポリマー4544
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
2
C: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子

B: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8677
ポリマ-87,3902
非ポリマー4775
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_558x+1/2,-y+1/2,-z+31
Buried area1380 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
3
C: Tryptophan synthase beta chain 1
D: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8677
ポリマ-87,3902
非ポリマー4775
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
4
C: Tryptophan synthase beta chain 1
D: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase beta chain 1
B: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,71113
ポリマ-174,7794
非ポリマー9329
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_558x+1/2,-y+1/2,-z+31
Buried area8740 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area49090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.682, 109.921, 160.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Tryptophan synthase beta chain 1


分子量: 43694.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase
#2: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.85 / 詳細: 15-25% PEG3350 and 0.1 M Na HEPES pH 7.85

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→40 Å / Num. obs: 106192 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 5207 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 1.338 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.97→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 14.844 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25089 5311 5 %RANDOM
Rwork0.21536 ---
obs0.21713 100105 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0 Å20 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11518 0 65 219 11802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01911841
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.96516060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.898325669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62551535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24223.908476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.684151830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8621557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1690.8296167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1690.8286166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.3121.2387690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.3121.2387691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1120.8515674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1110.8515674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.2091.2798370
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.8927.05813202
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.8836.94813153
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 383 -
Rwork0.389 6890 -
obs--93.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56520.76581.23372.83721.64643.2089-0.13760.36610.144-0.41970.111-0.1362-0.38550.46610.02660.4822-0.0830.08350.73560.13220.057693.74828.965183.798
20.95650.346-0.3263.70810.35751.64690.10110.257-0.0070.0345-0.0821-0.28280.08310.2774-0.0190.38030.04250.01930.64330.0270.236693.18211.424204.645
32.63591.6996-0.44041.8139-0.28893.50310.01890.05-0.0809-0.1633-0.1498-0.1101-0.46680.28150.13090.51540.02560.03160.5620.11740.172785.58430.611196.784
43.50640.74531.11396.65961.14.75620.03820.1682-0.1222-0.2176-0.06250.29730.1478-0.32860.02430.44410.0931-0.02720.55320.04140.216272.54225.177199.478
50.2705-0.47420.10652.7952-0.4161.7945-0.01520.26140.1089-0.4499-0.03590.0632-0.25170.10380.0510.49890.0156-0.01220.64980.10790.114684.28924.836190.466
62.80121.3113-0.87923.21890.10020.7305-0.04140.45770.0517-0.34140.0609-0.30710.1770.1767-0.01960.44740.13280.06650.732-0.0030.11395.1396.26192.242
79.23056.0126-2.09835.6615-4.18275.07560.12920.0523-0.0723-0.2196-0.1719-0.01680.40350.23370.04260.55850.0949-0.0430.6944-0.08280.101578.3159.102181.057
80.3054-0.84530.13072.85561.46258.54850.13850.06880.03-0.5031-0.16430.0762-0.1666-0.51680.02580.4702-0.0118-0.12680.76270.04740.241274.85911.045185.047
91.16660.0387-0.79011.0332-0.68363.7910.01650.3376-0.1634-0.2564-0.03490.08130.3913-0.02560.01830.45190.0514-0.01940.6093-0.06420.165985.064.082194.333
103.2309-0.7178-1.0353.18930.02062.25570.01660.3655-0.2376-0.1497-0.12450.14230.3077-0.04510.10790.44110.0167-0.03010.6071-0.05720.164685.7361.958201.883
111.0753-0.6309-1.09521.85431.4453.3688-0.1057-0.2023-0.09960.50030.0923-0.14280.48360.49740.01340.52090.0836-0.06040.53170.04860.207393.0376.052242.209
121.50020.0102-0.21881.8101-0.2192.20550.02340.19910.04830.0966-0.0366-0.1660.03880.35190.01310.40420.0074-0.0120.61140.0260.214392.78314.357220.416
132.9309-1.05-0.67252.17680.17464.38730.00290.0161-0.07350.1365-0.11620.24750.2608-0.38260.11330.4253-0.0650.00630.4725-0.03830.261475.7765.641224.651
141.14950.7846-0.51753.7197-0.93522.4999-0.1062-0.085-0.07660.22190.0324-0.09230.4630.25350.07380.48020.041-0.04010.51920.00510.260790.2087.647232.589
151.3062-1.33310.62021.66240.07882.5996-0.06530.05370.33940.08240.0451-0.453-0.47030.63360.02020.4503-0.1365-0.04980.58250.02110.294996.51127.887227.973
162.7009-3.30421.48265.1083-3.61045.22140.0088-0.1838-0.00220.20530.12790.2121-0.441-0.2188-0.13670.49530.00090.01080.4735-0.02080.218178.47423.207240.545
175.0756-1.08595.87161.8907-1.264320.65250.1404-1.06260.35540.16720.3229-0.06130.6803-0.4236-0.46330.6269-0.1140.04660.83310.02020.400671.89519.503243.613
181.7152-0.1450.5141.0302-0.29373.8496-0.0099-0.02110.28090.1339-0.0312-0.0061-0.3426-0.0150.04120.4716-0.0073-0.00170.41970.01660.296583.04227.887227.387
1910.43441.80773.60565.341-2.46133.33-0.25240.55730.35110.21940.0815-0.3896-0.34280.15680.17090.7031-0.08080.08380.360.05240.481891.21742.185223.241
204.8410.31781.06962.2978-0.08322.21010.13640.1710.3113-0.2064-0.13870.2262-0.1558-0.10410.00230.48370.0301-0.00480.51780.03560.301779.58726.023217.069
213.417-1.7771-1.21184.2894-0.60984.8195-0.3756-0.845-0.02910.54420.7890.2204-0.0101-0.7831-0.41340.38870.05760.05571.09580.07820.0883115.74743.198222.457
222.5251-1.61170.62322.2475-0.26992.21290.1204-0.0329-0.3087-0.19750.04030.28420.2975-0.4791-0.16070.4334-0.1429-0.02150.58290.0320.2507116.66932.557196.928
231.652-0.15080.15441.7489-0.25092.92830.0657-0.03960.23950.03620.0158-0.04730.0525-0.2896-0.08140.43750.00660.00050.50710.01220.2387122.36745.507202.801
242.2785-0.73040.7122.9207-0.47723.1-0.1959-0.32990.41260.31220.1384-0.2082-0.22810.19270.05760.41020.0335-0.03090.4383-0.04750.2728129.29451.702209.434
252.029-0.8713-0.10911.79551.44731.76820.0821-0.0831-0.35460.1967-0.05960.2810.5094-0.4462-0.02250.5973-0.1773-0.01850.56750.09230.2316118.45828.819206.148
267.27151.83841.3242.1246-0.17442.2921-0.0465-0.6483-0.2850.18420.07310.06030.3975-0.1995-0.02660.56780.04210.00660.4220.0410.2844130.29626.063213.311
2711.79-2.74641.76260.865-0.73263.8893-0.2244-0.60690.18520.18730.1546-0.3123-0.02990.11710.06980.52290.0153-0.05710.5276-0.02540.4027131.76337.455224.71
283.0469-0.2361-0.84862.2113-0.50145.14270.1121-0.59180.22270.12590.0837-0.12210.15530.1224-0.19580.50990.0411-0.04480.48750.01320.2207132.17134.459215.37
291.9459-0.4434-0.29071.6767-0.50732.7760.0554-0.024-0.3518-0.0679-0.0469-0.03370.55630.2064-0.00850.62220.0673-0.03830.3975-0.00390.2076134.94225.06202.797
303.50680.0851-0.66715.2160.19771.12540.12530.2234-0.264-0.0379-0.0983-0.23740.23810.1454-0.02690.58470.0345-0.06930.4911-0.01480.2112134.11527.422198.036
311.1333-0.2638-0.62041.8119-1.15733.26030.11360.3662-0.174-0.3656-0.08240.12540.90830.0124-0.03120.6766-0.0011-0.11080.5526-0.13330.0628125.56925.754166.422
321.5125-0.50030.09931.8077-0.67042.9822-0.00020.27380.15250.00110.07170.21940.232-0.3492-0.07160.4594-0.0022-0.03340.58860.02760.1948118.51743.857183.509
332.52461.0664-0.81841.62351.49556.0647-0.06830.3847-0.158-0.15780.0567-0.1030.06150.12890.01160.71450.1641-0.05070.5569-0.05480.0853134.38827.29174.222
343.32541.1519-1.21868.87740.9163.93260.03590.31670.0608-0.5424-0.0983-0.2079-0.32980.45950.06240.61520.1163-0.03360.5715-0.01560.0466141.27433.01180.773
351.9318-0.74210.78358.14174.19764.13020.46270.64440.1717-1.6823-0.3252-0.6053-0.56820.7316-0.13750.88230.20050.1630.88940.02590.0742143.5430.685168.441
360.8455-0.38420.65550.8280.31553.05870.12910.441-0.0217-0.2524-0.09440.16920.3449-0.2972-0.03470.4725-0.0049-0.05480.74750.04090.1211118.17740.505170.911
371.64083.05290.105811.00635.7786.10180.04710.20410.1417-0.07490.07220.0442-0.1290.1156-0.11930.42720.04070.00950.83960.16180.0966133.56849.813160.359
380.7497-0.21950.72452.08060.47464.12530.03280.3480.1659-0.39560.0051-0.2973-0.0790.4739-0.03790.4170.02960.03640.82340.12780.0798131.31947.222164.717
391.2706-0.21810.48861.17330.29024.06120.02810.29490.3419-0.0642-0.03840.1165-0.3647-0.20460.01030.36560.05970.00040.54330.14310.2948120.88353.5178.5
4014.08684.2573.07519.7917-0.32464.4489-0.06060.23030.93220.27680.1011-0.1737-0.29840.8877-0.04050.4424-0.0002-0.02170.57090.04550.3691136.40651.012187.096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3A87 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4A123 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5A146 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6A213 - 255
7X-RAY DIFFRACTION7A256 - 279
8X-RAY DIFFRACTION8A280 - 301
9X-RAY DIFFRACTION9A302 - 352
10X-RAY DIFFRACTION10A353 - 385
11X-RAY DIFFRACTION11B1 - 29
12X-RAY DIFFRACTION12B30 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13B115 - 166
14X-RAY DIFFRACTION14B167 - 209
15X-RAY DIFFRACTION15B210 - 253
16X-RAY DIFFRACTION16B254 - 282
17X-RAY DIFFRACTION17B283 - 292
18X-RAY DIFFRACTION18B293 - 352
19X-RAY DIFFRACTION19B353 - 363
20X-RAY DIFFRACTION20B364 - 388
21X-RAY DIFFRACTION21C1 - 27
22X-RAY DIFFRACTION22C28 - 68
23X-RAY DIFFRACTION23C69 - 132
24X-RAY DIFFRACTION24C133 - 187
25X-RAY DIFFRACTION25C188 - 236
26X-RAY DIFFRACTION26C237 - 269
27X-RAY DIFFRACTION27C270 - 288
28X-RAY DIFFRACTION28C289 - 312
29X-RAY DIFFRACTION29C313 - 356
30X-RAY DIFFRACTION30C357 - 386
31X-RAY DIFFRACTION31D1 - 46
32X-RAY DIFFRACTION32D47 - 87
33X-RAY DIFFRACTION33D88 - 115
34X-RAY DIFFRACTION34D116 - 147
35X-RAY DIFFRACTION35D148 - 181
36X-RAY DIFFRACTION36D182 - 255
37X-RAY DIFFRACTION37D256 - 284
38X-RAY DIFFRACTION38D286 - 313
39X-RAY DIFFRACTION39D314 - 373
40X-RAY DIFFRACTION40D374 - 385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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