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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ame | ||||||
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タイトル | TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12 M21A | ||||||
![]() | PROTEIN (ANTIFREEZE PROTEIN TYPE III) | ||||||
![]() | ANTIFREEZE PROTEIN / MUTANT / ICE BINDING PROTEIN / THERMAL HYSTERESIS PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Graether, S.P. / Deluca, C.I. / Baardsnes, J. / Hill, G.A. / Davies, P.L. / Jia, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Quantitative and qualitative analysis of type III antifreeze protein structure and function. 著者: Graether, S.P. / DeLuca, C.I. / Baardsnes, J. / Hill, G.A. / Davies, P.L. / Jia, Z. #1: ![]() タイトル: The Effects of Steric Mutations on the Structure of Type III Antifreeze Protein and its Interaction with Ice 著者: Deluca, C.I. / Davies, P.L. / Ye, Q. / Jia, Z. #2: ![]() タイトル: Structural Basis for the Binding of a Globular Antifreeze Protein to Ice 著者: Jia, Z. / Deluca, C.I. / Chao, H. / Davies, P.L. #3: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies on Type III Antifreeze Protein 著者: Jia, Z. / Deluca, C.I. / Davies, P.L. #4: ![]() タイトル: Use of Proline Mutants to Help Solve the NMR Solution Structure of Type III Antifreeze Protein 著者: Chao, H. / Davies, P.L. / Sykes, B.D. / Sonnichsen, F.D. #5: ![]() タイトル: Multiple Genes Provide the Basis for Antifreeze Protein Diversity and Dosage in the Ocean Pout, Macrozoarces Americanus 著者: Hew, C.L. / Wang, N.C. / Joshi, S. / Fletcher, G.L. / Scott, G.K. / Hayes, P.H. / Buettner, B. / Davies, P.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 29.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 361.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 361.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1b7iC ![]() 1b7jC ![]() 1b7kC ![]() 1eklC ![]() 1jabC ![]() 1msjC ![]() 2ameC ![]() 2jiaC ![]() 2msjC ![]() 2spgC ![]() 3ameC ![]() 4ameC ![]() 7ameC ![]() 8ameC ![]() 8msiC ![]() 9ameC ![]() 9msiC ![]() 1msiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6919.115 Da / 分子数: 1 / 変異: M21A, P64A, P65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jia, Z., (1995) Protein Sci., 4, 1236. / PH range low: 4.5 / PH range high: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 3554 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.155 / % possible all: 91.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 11961 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: 1MSI 解像度: 2.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.04
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 14.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.193 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.194 |