PDB-6am7: Engineered tryptophan synthase b-subunit from Pyrococcus furiosus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6am7

タイトル

Engineered tryptophan synthase b-subunit from Pyrococcus furiosus, PfTrpB2B9

要素

Tryptophan synthase beta chain 1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP Type II / Tryptophan Synthase / Engineered / Allostery

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Buller, A.R. / van Roye, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Directed Evolution Mimics Allosteric Activation by Stepwise Tuning of the Conformational Ensemble.
著者: Buller, A.R. / van Roye, P. / Cahn, J.K.B. / Scheele, R.A. / Herger, M. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2017年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6am7.cif.gz	598.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6am7.ent.gz	491.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6am7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6am7_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6am7_full_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示
XML形式データ	6am7_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	6am7_validation.cif.gz	87.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6am7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6am7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vm5C 6am8C 6am9C 6amcC 6amhC 6amiC 5dvzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5t6m-2 6cuv-1 5vm5-1 5dvz-1 5t6m-1 6ami-1 6cuv-2 5dw0-1 6am9-1 6amc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
87.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.952, 107.822, 159.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 1 分子量: 43618.719 Da / 分子数: 4 / 変異: I16V, E17G, I68V, F95L, F274S, T292S, T321A, V384A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.85 / 詳細: 15-25% PEG3350 and 0.1 M Na HEPES pH 7.85

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→40 Å / Num. obs: 243063 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.47→1.49 Å / 冗長度: 4.8 % / Num. unique obs: 9310 / CC_1/2: 0.284 / % possible all: 77.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DVZ

5dvz

解像度: 1.47→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.003 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21368	12028	5 %	RANDOM
R_work	0.19926	-	-	-
obs	0.19998	230004	98.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.493 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.47→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11567	0	27	854	12448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	11917
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.141	1.975	16162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.865	3	25874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.405	5	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.698	23.875	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.523	15	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.904	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	13439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.184	1.074	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.184	1.074	6143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.345	1.609	7680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.345	1.609	7681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.117	1.083	5773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.115	1.078	5758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.218	1.611	8445
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.117	13.455	13474
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.062	12.959	13281
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.469→1.507 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	654	-
R_work	0.362	13674	-
obs	-	-	79.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1178	-0.077	-0.6871	2.379	0.6809	4.8095	0.0695	-0.0096	0.0269	-0.422	-0.0019	-0.0556	-0.6991	0.4646	-0.0676	0.2373	-0.132	0.029	0.2158	0.0495	0.0427	10.3486	49.7771	-1.5442
2	0.8891	-0.0351	0.0372	2.2727	0.5444	1.4738	0.0247	0.0385	0.0156	0.0177	0.0076	-0.1676	-0.1837	0.1712	-0.0323	0.0565	-0.0158	0.0065	0.1508	-0.0131	0.1261	12.1133	36.4982	23.8584
3	0.8446	-0.5569	-0.3521	1.7652	0.8162	2.0547	0.0781	0.0638	0.094	-0.1774	-0.0913	0.0121	-0.4501	-0.0257	0.0132	0.2215	-0.0017	0.0181	0.1112	0.0079	0.1162	3.8291	50.27	15.5302
4	8.2589	4.3612	4.2573	4.9649	3.0956	5.6524	0.0459	0.386	0.1935	0.0686	-0.1469	0.1951	-0.4355	-0.1992	0.101	0.2325	0.0853	0.0348	0.11	-0.005	0.0365	-5.8969	54.0883	13.4084
5	2.6993	-0.2871	-1.1505	1.8179	0.9855	4.7625	-0.1155	0.4443	-0.1926	-0.2462	-0.172	0.2368	-0.5148	-0.9791	0.2875	0.2219	0.1134	-0.0205	0.2274	-0.0625	0.0441	-8.031	51.6972	10.7846
6	0.4824	0.1539	0.1404	1.1173	-0.2689	1.7496	-0.0155	0.1052	-0.0772	-0.1844	0.0234	-0.1701	-0.0353	0.1608	-0.0079	0.0789	-0.0124	0.0338	0.14	-0.0188	0.1196	12.1061	33.6884	11.7126
7	3.7258	4.229	-2.3867	5.5471	-3.9665	4.0797	-0.1798	0.1728	-0.0064	-0.5009	0.269	0.1233	0.4016	-0.3615	-0.0892	0.2368	0.0012	-0.1076	0.1555	-0.0227	0.0649	-4.3741	31.1781	0.0862
8	0.1562	-0.206	1.0108	0.3339	-1.5615	7.4585	0.0156	-0.0795	-0.0539	0.0177	0.2506	0.0649	-0.1644	-0.991	-0.2662	0.1725	0.0167	-0.0738	0.3553	0.034	0.073	-6.7042	33.5426	2.3569
9	0.8409	0.169	-0.1708	0.9012	-0.5266	1.6166	-0.0002	0.0661	-0.1212	-0.152	0.0122	-0.0101	0.1211	-0.0318	-0.012	0.062	-0.0141	-0.0152	0.1128	-0.0249	0.1168	2.9083	24.681	16.4099
10	4.1161	-2.9415	-0.6019	6.4306	1.1929	7.2643	0.053	0.1343	-0.0147	-0.253	-0.1023	0.5366	-0.0584	-0.1964	0.0492	0.1708	-0.0208	0.0078	0.2411	0.0083	0.213	-14.7091	30.9206	24.0771
11	0.8666	-0.8858	-0.5288	2.2685	0.7918	3.8285	-0.0608	-0.1392	-0.1209	0.2259	0.117	-0.0862	0.3636	0.1836	-0.0563	0.1059	0.0263	-0.0273	0.1397	0.0063	0.0722	5.9231	28.9454	61.1954
12	0.5244	0.2919	-0.2152	0.7575	0.087	1.2185	0.0104	-0.0259	-0.029	-0.0033	0.019	-0.0256	0.0318	0.1098	-0.0294	0.0556	0.0124	-0.0173	0.1271	-0.0112	0.1396	5.1426	35.1774	40.0758
13	2.933	-0.5973	-1.3636	1.755	0.5277	4.7791	0.0731	0.0381	0.2356	-0.1522	-0.0577	0.1873	-0.1939	-0.47	-0.0154	0.0345	-0.0125	-0.026	0.1259	-0.0167	0.1256	-13.0621	29.9087	38.9553
14	7.5325	-5.8198	2.2813	7.6471	-0.1172	3.4077	-0.1053	-0.6966	0.028	0.494	-0.0468	0.1312	0.2446	-0.8259	0.1521	0.126	-0.0791	-0.0015	0.2248	-0.0407	0.018	-10.2593	25.9179	54.1817
15	0.4454	0.2106	-0.2021	1.3428	-0.548	1.4228	-0.01	-0.1044	0.0027	0.0517	0.0145	-0.104	0.0615	0.1861	-0.0045	0.0473	0.0032	-0.0205	0.1406	-0.0148	0.1206	8.1111	36.5923	49.5637
16	2.1206	-0.1456	-0.0564	1.1645	-0.2085	1.4448	-0.0042	-0.1438	0.1643	0.0567	0.0393	-0.1031	-0.2918	0.1325	-0.0351	0.1249	-0.0203	-0.0162	0.1351	-0.036	0.1353	7.04	51.3651	48.9914
17	2.8187	-1.6297	1.5391	2.6883	-2.8	3.7622	-0.2105	-0.1411	0.2024	0.3561	0.2632	0.0193	-0.3808	-0.3916	-0.0527	0.0718	0.0687	0.011	0.1744	0.0032	0.0514	-6.4759	44.9045	59.8731
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19	0.6115	-0.0891	0.1744	1.0163	-0.4301	1.8437	-0.0022	-0.0631	0.159	0.0119	0.0049	-0.0606	-0.3787	0.0362	-0.0027	0.1202	0.0058	0.0081	0.0954	-0.0261	0.1283	1.5499	54.1847	43.7457
20	10.629	-4.307	1.6986	6.0566	-0.6225	5.7902	0.1347	0.1529	-0.1487	-0.413	0.115	0.3931	-0.1417	-0.4392	-0.2497	0.1334	0.0214	-0.0512	0.1613	-0.0035	0.1319	-11.8339	46.2965	32.6487
21	6.2804	0.5987	0.3384	10.2793	0.358	4.4519	-0.0946	0.4268	-0.0526	-0.4519	0.2912	0.2535	-0.086	-0.2908	-0.1966	0.137	-0.0317	-0.0224	0.1485	0.0428	0.0734	35.8597	19.2633	14.5012
22	0.7533	0.3881	0.5421	1.0108	0.7309	2.0789	0.0195	-0.0316	-0.0448	-0.0156	-0.034	0.0785	0.0672	-0.2216	0.0145	0.0188	-0.0025	-0.0125	0.1079	0.015	0.1611	27.2722	13.339	32.8966
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26	0.7278	0.41	0.4417	1.1801	0.5834	1.4272	-0.0505	0.0399	0.0964	-0.0516	0.0416	0.0613	-0.185	0.0408	0.009	0.0646	-0.0192	-0.0055	0.1175	0.0123	0.1543	36.4693	24.4715	31.3301
27	7.1645	1.7775	1.517	2.1026	0.8933	2.8494	-0.0607	0.2228	0.1394	-0.0737	0.113	-0.2608	-0.1178	0.4632	-0.0522	0.0762	-0.0308	0.0264	0.1732	-0.0313	0.0909	50.8716	17.7232	19.4872
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29	1.6169	0.021	1.543	1.068	0.0995	2.9239	-0.0731	0.1541	0.1023	-0.1852	0.0975	-0.1533	-0.2183	0.3656	-0.0244	0.0518	-0.0615	0.0357	0.1415	-0.0134	0.1159	49.084	26.3437	29.7733
30	0.9604	0.2254	-0.0257	1.9798	0.3628	1.476	-0.0415	-0.0012	0.0275	0.0198	0.0437	-0.1684	-0.0245	0.2413	-0.0022	0.0423	-0.0421	-0.0046	0.1605	-0.0171	0.1454	49.6483	27.7769	41.1902
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33	1.5368	-0.2532	0.1422	3.593	1.4184	3.4884	-0.1007	-0.0252	0.0058	0.3473	0.1014	0.0018	-0.0518	0.2921	-0.0007	0.1125	-0.0624	0.018	0.1336	-0.0326	0.079	51.1568	27.2783	64.038
34	1.4005	-0.1879	0.9677	5.7914	-0.2826	6.386	-0.0805	0.0687	-0.1683	0.4469	0.3882	-0.3718	0.4408	1.2091	-0.3077	0.1053	0.0873	-0.0243	0.3531	-0.1031	0.0627	59.397	20.3219	60.9947
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36	0.9996	0.5632	0.5369	1.3244	0.5836	1.9606	-0.0478	-0.0832	0.1232	0.0919	0.0571	0.0293	-0.2342	0.0113	-0.0093	0.1188	0.007	0.0109	0.1526	-0.0035	0.0981	40.2167	24.5397	70.1236
37	1.5821	-0.2966	0.0749	1.8836	0.131	1.9427	0.0211	-0.1451	-0.0154	0.1704	0.0399	0.1909	0.1966	-0.3061	-0.061	0.111	-0.0433	0.0096	0.2006	0.0402	0.1025	29.6253	11.1766	68.808
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39	0.7074	0.0556	0.2859	0.608	0.8882	2.9316	0.0564	-0.1219	-0.1759	0.1909	-0.0071	0.0785	0.5945	-0.1137	-0.0493	0.1817	-0.0179	-0.0196	0.1	0.0541	0.1039	36.2133	3.5415	65.9632
40	4.3418	-0.2636	-1.625	1.6685	0.3624	2.9314	0.0182	0.0038	-0.2788	0.0168	0.0444	-0.0676	0.4065	0.0958	-0.0627	0.135	0.0234	-0.0473	0.1	0.0214	0.0706	39.0227	5.4982	57.1436

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	133 - 180
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	181 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	255 - 278
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	279 - 305
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	306 - 378
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	379 - 384
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 31
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	32 - 132
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	133 - 155
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	156 - 178
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	179 - 212
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	213 - 260
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	261 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	281 - 304
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	305 - 374
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	375 - 384
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	8 - 55
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	56 - 115
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	116 - 153
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	154 - 178
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	179 - 255
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	256 - 283
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	284 - 301
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	302 - 335
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	336 - 384
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	1 - 30
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	31 - 93
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	94 - 120
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	121 - 155
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	156 - 173
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	174 - 212
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	213 - 255
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	256 - 301
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	302 - 361
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	362 - 384

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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