PDB-6all: Crystal structure of a predicted ferric/iron (III) hydroxymate si...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6all

タイトル

Crystal structure of a predicted ferric/iron (III) hydroxymate siderophore substrate binding protein from Bacillus anthracis

要素

Fe(3+)-citrate-binding protein yfmC

キーワード

METAL TRANSPORT / structural genomics / NIAID / national institute of allergy and infectious diseases / PERIPLASMIC LIGAND BINDING PROTEIN / SUBSTRATE BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORT PROTEIN / alpha/beta protein / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a predicted ferric/iron (III) hydroxymate siderophore substrate binding protein from Bacillus anthracis
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2017年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6all.cif.gz	245.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6all.ent.gz	198.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6all.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/6all ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/6all	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1efdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sja-d 2pbp-1 2g06-d 6mb4-2 4d4v-d 5wfn-2 3vok-1 5wfn-1 4utv-d 3qri-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04370

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fe(3+)-citrate-binding protein yfmC

B: Fe(3+)-citrate-binding protein yfmC

ヘテロ分子

74.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.505, 125.505, 60.262
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-510- HOH

#1: タンパク質	Fe(3+)-citrate-binding protein yfmC / Iron compound ABC transporter / iron compound-binding protein 分子量: 36125.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌) 遺伝子: yfmC, GBAA_4766, BASH2_01198 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q81L65
#2: 化合物	ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略) 分子量: 634.751 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₅₈O₁₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 MgCl2, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→30 Å / Num. obs: 19698 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 41.07
反射シェル	解像度: 2.47→2.51 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.929 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 980 / CC_1/2: 0.745 / R_pim(I) all: 0.378 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2733	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EFD

1efd

解像度: 2.47→29.036 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.21

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2903	980	4.98 %	RANDOM
R_work	0.2375	-	-	-
obs	0.24	19677	99.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→29.036 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4481	0	33	49	4563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4583
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	6169
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.288	1741
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	706
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	787

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4658-2.5957	0.4366	138	0.375	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5957-2.7582	0.4	140	0.3422	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7582-2.971	0.376	137	0.3154	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.971-3.2696	0.3577	144	0.3009	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2696-3.7418	0.3146	140	0.2534	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7418-4.7111	0.256	140	0.2079	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7111-29.0379	0.2438	141	0.1973	2739	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8611	0.1918	-0.6972	3.9248	-1.5238	4.8232	0.5241	-0.7013	0.6051	0.6404	-0.3736	-0.0333	-0.6492	0.8369	-0.1824	0.5388	-0.2994	0.0443	0.7298	-0.0736	0.9838	43.8684	43.6579	43.8654
2	1.7434	0.6302	-1.9051	8.1025	-1.1533	7.5452	0.1549	0.381	0.1612	-0.2449	-0.3557	0.356	0.0931	-0.2727	0.1552	0.303	0.0541	-0.0493	0.5834	0.0751	0.6774	36.8262	31.9364	22.2646
3	7.6576	4.1376	5.1755	2.9808	4.2333	9.0746	-2.3274	0.3464	-1.1504	-0.0105	0.1459	-1.1928	-0.7932	1.1272	1.6094	1.7477	-0.0106	0.0199	1.8982	0.4306	1.5304	54.2954	26.4365	21.851
4	4.8147	0.2152	0.951	9.7813	-3.3588	1.8783	0.3652	0.377	-0.5998	-2.6576	-0.589	-0.7744	1.8883	0.4895	0.483	1.1193	0.3731	0.4697	0.9149	0.2904	0.8565	43.9971	26.9159	11.5925
5	8.077	1.6134	-0.7497	5.0501	-1.9751	2.1915	0.288	0.0532	0.7717	-0.307	-0.478	-0.363	-0.6537	1.4847	0.1789	0.6173	-0.1189	0.0788	0.693	0.1551	1.1259	44.6433	43.2094	24.5648
6	6.0676	0.2883	1.2209	7.4988	4.2269	6.1419	0.2118	0.3342	0.1164	-0.8971	-0.1181	-0.8678	0.1408	-0.0833	-0.0966	1.0812	0.1545	0.1189	0.5518	0.0663	0.6104	39.2074	1.0767	18.5715
7	7.2064	-0.3938	-0.4683	6.5473	1.7307	7.275	0.3889	0.465	-0.0495	-0.5838	-0.6035	0.9742	0.9266	-0.5532	0.1258	1.1647	-0.0555	-0.0921	0.5713	-0.0411	0.4706	28.3055	1.512	21.1857
8	5.9742	2.7581	0.6067	8.1785	0.2353	6.6579	-0.2813	-0.693	0.1199	0.7057	-0.2022	0.6471	1.6854	-0.1678	0.3147	0.9553	0.1065	0.1328	0.6022	0.0141	0.4238	32.8441	6.4198	44.8932
9	6.2972	2.5794	4.0138	6.0116	2.3967	6.4251	-0.0529	-0.3494	0.6326	0.3969	-0.7312	0.0915	0.4708	-0.1904	0.83	0.7922	0.0884	-0.0542	0.5164	-0.0377	0.5176	34.6779	14.6141	42.8518
10	3.0985	-0.6566	-1.3569	4.5965	-1.4165	5.8627	0.0975	-0.4592	0.0303	1.249	-0.5284	-0.5626	2.2233	0.8616	0.3986	1.194	0.1582	-0.0726	0.6478	0.0681	0.5155	38.5132	7.6184	47.9594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 37:191)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 192:266)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 267:274)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 275:296)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 297:322)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 36:128)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 129:176)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 177:215)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 216:276)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 277:324)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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