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- PDB-6al6: Crystal structure HpiC1 in P42 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6al6
タイトルCrystal structure HpiC1 in P42 space group
要素12-epi-hapalindole C/U synthase
キーワードISOMERASE / cyclase
機能・相同性metal ion binding / 12-epi-hapalindole C/U synthase
機能・相同性情報
生物種Fischerella sp. ATCC 43239 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.088 Å
データ登録者Newmister, S.A. / Li, S. / Garcia-Borras, M. / Sanders, J.N. / Yang, S. / Lowell, A.N. / Yu, F. / Smith, J.L. / Williams, R.M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1205646 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA70375 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118101 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM076477 米国
National Science Foundation (NSF, United States)OCI-1053575 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of the Cope rearrangement and cyclization in hapalindole biogenesis.
著者: Newmister, S.A. / Li, S. / Garcia-Borras, M. / Sanders, J.N. / Yang, S. / Lowell, A.N. / Yu, F. / Smith, J.L. / Williams, R.M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
履歴
登録2017年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-epi-hapalindole C/U synthase
B: 12-epi-hapalindole C/U synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2918
ポリマ－49,0502
非ポリマー2406
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.339, 71.339, 80.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-303-

CA

21B-449-

HOH

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要素

#1: タンパク質 12-epi-hapalindole C/U synthase / HpiU5


分子量: 24525.115 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 26-227 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella sp. ATCC 43239 (バクテリア)
遺伝子: hpiU5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076NBW8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEG 4000, 200 mM CaCl2, 100 mM Tris pH 8.5, 5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月9日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→42.76 Å / Num. obs: 24033 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.5 % / Net I/σ(I): 18.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WPP

5wpp


解像度: 2.088→42.764 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 1215 5.06 %
Rwork0.2064 22814 -
obs0.2089 24029 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.72 Å2 / Biso mean: 46.0328 Å2 / Biso min: 25.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.088→42.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2953 0 6 107 3066
Biso mean--45.92 47.04 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9754149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.6661748
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0883-2.17190.40981350.32222486262199
2.1719-2.27070.35381380.306325152653100
2.2707-2.39040.34351110.290325822693100
2.3904-2.54020.37881180.277525242642100
2.5402-2.73630.321590.269424962655100
2.7363-3.01150.2981320.239925452677100
3.0115-3.44720.28521100.212625542664100
3.4472-4.34240.2211490.171225412690100
4.3424-42.77250.18451630.154425712734100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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